Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP4Q13107 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP4Q13107 AC138207.2-201ENST00000583377 492 ntTSL 2 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP4Q13107 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP4Q13107 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
USP4Q13107 OSCAR-202ENST00000351806 1375 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP4Q13107 CRTAP-202ENST00000449224 1811 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP4Q13107 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP4Q13107 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP4Q13107 HYI-210ENST00000486909 905 ntTSL 5 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP4Q13107 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP4Q13107 AL451085.2-201ENST00000605085 799 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
USP4Q13107 NSMCE4A-202ENST00000369023 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
USP4Q13107 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC25.3■■□□□ 1.64
USP4Q13107 MAPK9-202ENST00000347470 1509 ntTSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP4Q13107 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP4Q13107 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP4Q13107 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
USP4Q13107 PACS2-201ENST00000325438 3708 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP4Q13107 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP4Q13107 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP4Q13107 LAT-201ENST00000354453 1713 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP4Q13107 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC25.29■■□□□ 1.64
USP4Q13107 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP4Q13107 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP4Q13107 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP4Q13107 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
USP4Q13107 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP4Q13107 PRR5-202ENST00000336985 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP4Q13107 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25.27■■□□□ 1.64
USP4Q13107 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
USP4Q13107 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP4Q13107 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP4Q13107 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP4Q13107 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP4Q13107 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP4Q13107 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP4Q13107 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP4Q13107 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP4Q13107 ATP11B-209ENST00000493826 963 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP4Q13107 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP4Q13107 WDR38-203ENST00000618744 1270 ntTSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP4Q13107 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC25.26■■□□□ 1.63
USP4Q13107 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC25.26■■□□□ 1.63
USP4Q13107 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC25.25■■□□□ 1.63
USP4Q13107 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP4Q13107 MMP28-203ENST00000612672 1092 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP4Q13107 PAPOLA-225ENST00000557471 1421 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
USP4Q13107 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP4Q13107 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP4Q13107 PKNOX2-AS1-201ENST00000532316 586 ntTSL 3 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP4Q13107 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP4Q13107 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
USP4Q13107 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP4Q13107 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP4Q13107 PIP4K2B-204ENST00000619039 5734 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP4Q13107 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP4Q13107 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP4Q13107 KCNQ3-202ENST00000519445 2801 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP4Q13107 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
USP4Q13107 MBLAC1-201ENST00000398075 1502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP4Q13107 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP4Q13107 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
USP4Q13107 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP4Q13107 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
USP4Q13107 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
USP4Q13107 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP4Q13107 KMT2E-AS1-201ENST00000453677 736 ntTSL 3 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP4Q13107 MIR4508-201ENST00000584178 70 ntBASIC25.2■■□□□ 1.62
USP4Q13107 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP4Q13107 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP4Q13107 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP4Q13107 PARL-202ENST00000317096 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP4Q13107 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.2■■□□□ 1.62
USP4Q13107 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
USP4Q13107 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP4Q13107 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP4Q13107 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP4Q13107 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP4Q13107 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
USP4Q13107 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP4Q13107 HAGHL-205ENST00000561546 1041 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP4Q13107 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP4Q13107 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
USP4Q13107 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP4Q13107 FAM98C-202ENST00000343358 1006 ntTSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP4Q13107 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP4Q13107 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP4Q13107 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP4Q13107 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC25.18■■□□□ 1.62
USP4Q13107 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP4Q13107 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP4Q13107 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP4Q13107 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP4Q13107 SLC39A2-201ENST00000298681 1379 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP4Q13107 HMGA2-201ENST00000354636 1529 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP4Q13107 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
USP4Q13107 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
USP4Q13107 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
USP4Q13107 TRIR-205ENST00000592273 783 ntTSL 3 BASIC25.16■■□□□ 1.62
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