Protein–RNA interactions for Protein: O95343

SIX3, Homeobox protein SIX3, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 332 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SIX3O95343 EVA1C-203ENST00000401402 1558 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
SIX3O95343 HOXA4-204ENST00000610970 1728 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SIX3O95343 IL17RE-203ENST00000421412 2158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SIX3O95343 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
SIX3O95343 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SIX3O95343 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SIX3O95343 TMEM221-201ENST00000341130 1930 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SIX3O95343 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SIX3O95343 DACT1-206ENST00000556859 2239 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.64■■□□□ 1.37
SIX3O95343 NFKBIE-201ENST00000275015 2581 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SIX3O95343 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
SIX3O95343 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SIX3O95343 CYS1-201ENST00000381813 2738 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SIX3O95343 RNF166-201ENST00000312838 1883 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SIX3O95343 LHX3-201ENST00000371746 2403 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
SIX3O95343 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC23.62■■□□□ 1.37
SIX3O95343 AKT1S1-203ENST00000391831 2025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SIX3O95343 PMS1-205ENST00000409985 1882 ntTSL 2 BASIC23.62■■□□□ 1.37
SIX3O95343 SCN1B-201ENST00000262631 1670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SIX3O95343 NXNL1-201ENST00000301944 946 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SIX3O95343 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SIX3O95343 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SIX3O95343 WNT5A-AS1-201ENST00000469484 500 ntTSL 3 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SIX3O95343 MIR7108-201ENST00000614319 87 ntBASIC23.61■■□□□ 1.37
SIX3O95343 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SIX3O95343 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SIX3O95343 VAX1-202ENST00000369206 1723 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
SIX3O95343 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
SIX3O95343 CRACR2B-201ENST00000450448 1663 ntTSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SIX3O95343 KCNG1-201ENST00000371571 2211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SIX3O95343 LINC01918-201ENST00000436841 797 ntTSL 2 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SIX3O95343 RPARP-AS1-205ENST00000596045 431 ntTSL 3 BASIC23.6■■□□□ 1.37
SIX3O95343 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SIX3O95343 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.6■■□□□ 1.37
SIX3O95343 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SIX3O95343 RINL-202ENST00000591812 1910 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.59■■□□□ 1.37
SIX3O95343 TAF10-201ENST00000299424 1215 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SIX3O95343 FOXF2-201ENST00000259806 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
SIX3O95343 PLEKHA8-201ENST00000258679 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SIX3O95343 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SIX3O95343 GTPBP3-203ENST00000361619 1894 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SIX3O95343 FAM118A-205ENST00000441876 1776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SIX3O95343 TTBK2-205ENST00000567274 1777 ntTSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SIX3O95343 CAPZB-203ENST00000375142 1686 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.37
SIX3O95343 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
SIX3O95343 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.58■■□□□ 1.36
SIX3O95343 ITGB3-202ENST00000571680 1668 ntTSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SIX3O95343 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
SIX3O95343 ZC3H14-202ENST00000302216 2560 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SIX3O95343 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
SIX3O95343 PORCN-203ENST00000359882 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SIX3O95343 PIP5K1C-203ENST00000539785 2289 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SIX3O95343 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC23.56■■□□□ 1.36
SIX3O95343 PAIP1-208ENST00000514514 1603 ntTSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SIX3O95343 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SIX3O95343 BAX-202ENST00000345358 793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
SIX3O95343 PVT1-219ENST00000523427 938 ntTSL 3 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SIX3O95343 TMEM185A-208ENST00000611119 2662 ntTSL 2 BASIC23.55■■□□□ 1.36
SIX3O95343 PURG-202ENST00000475541 2875 ntAPPRIS P1 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SIX3O95343 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SIX3O95343 RDH14-201ENST00000381249 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SIX3O95343 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SIX3O95343 HSD17B12-202ENST00000395700 994 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SIX3O95343 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SIX3O95343 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SIX3O95343 PCYT2-204ENST00000570388 1474 ntTSL 2 BASIC23.54■■□□□ 1.36
SIX3O95343 HAS2-AS1-201ENST00000514180 1656 ntTSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
SIX3O95343 SNAI3-AS1-204ENST00000567997 2048 ntBASIC23.54■■□□□ 1.36
SIX3O95343 ANKS3-204ENST00000585773 1946 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
SIX3O95343 BIN1-206ENST00000352848 2209 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SIX3O95343 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
SIX3O95343 KRT72-202ENST00000354310 1764 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SIX3O95343 C8orf58-201ENST00000289989 2016 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SIX3O95343 SNX21-204ENST00000372542 1824 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SIX3O95343 FKBP8-213ENST00000608443 1849 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SIX3O95343 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SIX3O95343 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SIX3O95343 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC23.52■■□□□ 1.36
SIX3O95343 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SIX3O95343 SRPK3-205ENST00000393786 1900 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SIX3O95343 NR2F1-AS1-214ENST00000607831 1963 ntTSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SIX3O95343 MAPKAP1-207ENST00000394060 1586 ntTSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.36
SIX3O95343 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC23.52■■□□□ 1.36
SIX3O95343 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.52■■□□□ 1.35
SIX3O95343 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SIX3O95343 USP2-204ENST00000525735 1704 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SIX3O95343 NRG1-210ENST00000520407 1955 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SIX3O95343 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
SIX3O95343 SH2B1-205ENST00000538342 1532 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SIX3O95343 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SIX3O95343 BANF1-208ENST00000533166 1135 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
SIX3O95343 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SIX3O95343 AC022211.4-201ENST00000625094 2161 ntBASIC23.5■■□□□ 1.35
SIX3O95343 ARRB2-210ENST00000572457 1660 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SIX3O95343 MED17-227ENST00000640521 2047 ntTSL 5 BASIC23.5■■□□□ 1.35
SIX3O95343 GAL3ST2-201ENST00000192314 1370 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SIX3O95343 REEP6-201ENST00000233596 1794 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SIX3O95343 RING1-201ENST00000374656 1752 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SIX3O95343 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
SIX3O95343 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 21.7 ms