Protein–RNA interactions for Protein: Q9HCM9

TRIM39, E3 ubiquitin-protein ligase TRIM39, humanhuman

Predictions only

Length 518 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM39Q9HCM9 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
TRIM39Q9HCM9 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC24.24■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC24.23■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 CCDC136-202ENST00000378685 1689 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 TSGA13-204ENST00000456951 2046 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 ST7L-206ENST00000369666 1815 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 TMEM150A-201ENST00000306353 1484 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
TRIM39Q9HCM9 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 MXD3-208ENST00000513063 861 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 PLSCR3-214ENST00000619711 2066 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 MAGI2-215ENST00000628980 6212 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 FUS-202ENST00000380244 1818 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 VSTM2L-202ENST00000373461 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 EPHB2-207ENST00000544305 1709 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 STOML1-202ENST00000316911 1891 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC24.17■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 MXD3-201ENST00000423571 1534 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 RUNX1-205ENST00000399240 1590 ntTSL 3 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC24.16■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 TYMP-203ENST00000395680 1608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 TYMP-204ENST00000395681 1604 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
TRIM39Q9HCM9 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC24.15■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 35.8 ms