Protein–RNA interactions for Protein: Q9H0D2

ZNF541, Zinc finger protein 541, humanhuman

Predictions only

Length 1,346 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ZNF541Q9H0D2 SLC52A2-201ENST00000329994 1896 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 RASL10A-201ENST00000216101 1490 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 TMEM191C-206ENST00000432134 1129 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.12■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC30.12■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 FBRSL1-201ENST00000434748 5568 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 SDHAF1-201ENST00000378887 1117 ntAPPRIS P1 BASIC30.11■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 AP002893.1-201ENST00000528885 684 ntTSL 2 BASIC30.11■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 TMPO-AS1-201ENST00000546421 738 ntTSL 5 BASIC30.11■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 GALR2-201ENST00000329003 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.11■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.1■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC30.1■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC30.1■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 KCNK3-202ENST00000620977 1956 ntTSL 1 (best) BASIC30.09■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC30.08■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 PQLC3-201ENST00000295083 1830 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.08■■■□□ 2.41
ZNF541Q9H0D2 WTAP-207ENST00000631126 1430 ntTSL 3 BASIC30.07■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 ARHGDIA-203ENST00000541078 1517 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC30.07■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC30.07■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 NKX2-5-204ENST00000521848 1027 ntTSL 2 BASIC30.07■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 ZBTB7A-202ENST00000601588 2083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.07■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 C12orf75-201ENST00000443585 1366 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.06■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.06■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC30.05■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.05■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 AC019171.1-201ENST00000601251 1056 ntBASIC30.04■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.04■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC30.03■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC30.03■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 AC010913.1-201ENST00000608612 420 ntTSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.03■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC30.03■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.02■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 ALKAL1-201ENST00000358543 1217 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC30.01■■■□□ 2.4
ZNF541Q9H0D2 ZAR1-201ENST00000327939 1460 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.01■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 C5orf38-202ENST00000397835 681 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 HERC2P9-201ENST00000507787 1023 ntTSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 LINC01925-201ENST00000579492 500 ntTSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 FOXD3-201ENST00000371116 2086 ntAPPRIS P1 BASIC30■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 TMEM171-202ENST00000454765 1535 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC30■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 EMX1-201ENST00000258106 2188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.99■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 MYDGF-201ENST00000262947 1018 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 NDEL1-219ENST00000585098 454 ntTSL 3 BASIC29.98■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 FXYD7-204ENST00000588265 636 ntTSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 ST7-AS1-201ENST00000456775 1889 ntBASIC29.98■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 RNASET2-210ENST00000508775 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.98■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.98■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC29.98■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 TMEM158-201ENST00000503771 1813 ntAPPRIS P1 BASIC29.98■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC29.97■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 SMUG1-203ENST00000401977 1082 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.97■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 AC087393.1-201ENST00000582896 145 ntBASIC29.96■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 ZFAND5-202ENST00000343431 1073 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.96■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 FAM173A-207ENST00000569529 1052 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.96■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 ARL8A-201ENST00000272217 1793 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.39
ZNF541Q9H0D2 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC29.95■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC29.95■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 HM13-AS1-201ENST00000412178 489 ntTSL 3 BASIC29.95■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC29.95■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 FKBP1A-204ENST00000400137 1622 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.94■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC29.93■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.92■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 TST-201ENST00000249042 1211 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.92■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 AC079305.3-201ENST00000455416 218 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC29.92■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.91■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 UNC93B8-201ENST00000511903 705 ntBASIC29.91■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC29.91■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 EBPL-205ENST00000378284 967 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 EME2-205ENST00000568449 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 LSM7-204ENST00000587502 575 ntTSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 MLST8-219ENST00000565250 1588 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC29.9■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 NAT14-201ENST00000205194 1536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 GLT8D1-201ENST00000266014 1849 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.9■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 WDR38-202ENST00000613760 1323 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.89■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC29.89■■■□□ 2.38
ZNF541Q9H0D2 AC103702.2-201ENST00000433510 1270 ntTSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
ZNF541Q9H0D2 LONRF2P2-201ENST00000439212 571 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
ZNF541Q9H0D2 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC29.88■■■□□ 2.37
ZNF541Q9H0D2 MIR4787-201ENST00000607364 84 ntBASIC29.88■■■□□ 2.37
ZNF541Q9H0D2 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.88■■■□□ 2.37
ZNF541Q9H0D2 MRPS34-202ENST00000397375 1024 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
ZNF541Q9H0D2 FAM107A-203ENST00000447756 1432 ntTSL 1 (best) BASIC29.87■■■□□ 2.37
ZNF541Q9H0D2 RBFOX2-209ENST00000438146 1356 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.86■■■□□ 2.37
ZNF541Q9H0D2 ZSCAN18-202ENST00000421612 1488 ntTSL 4 BASIC29.86■■■□□ 2.37
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 93 ms