Protein–RNA interactions for Protein: Q96MW1

CCDC43, Coiled-coil domain-containing protein 43, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 224 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC43Q96MW1 LDLRAD3-203ENST00000528989 1879 ntTSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC43Q96MW1 ZSWIM6-201ENST00000252744 5501 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC43Q96MW1 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC43Q96MW1 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC43Q96MW1 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC43Q96MW1 TIMM29-201ENST00000270502 1425 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.49■■□□□ 1.99
CCDC43Q96MW1 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC43Q96MW1 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC43Q96MW1 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.48■■□□□ 1.99
CCDC43Q96MW1 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC43Q96MW1 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC27.47■■□□□ 1.99
CCDC43Q96MW1 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC43Q96MW1 SLCO3A1-201ENST00000318445 5115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC43Q96MW1 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC43Q96MW1 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC43Q96MW1 PHYH-201ENST00000263038 1577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.46■■□□□ 1.99
CCDC43Q96MW1 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC27.45■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 MDFIC-206ENST00000448022 484 ntTSL 2 BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 RNF175-201ENST00000347063 1604 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 AL359504.2-201ENST00000605506 1601 ntBASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 PBX1-202ENST00000367897 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.44■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 TBL1X-201ENST00000217964 5871 ntTSL 1 (best) BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC27.43■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 ZNF276-202ENST00000443381 2267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 QKI-207ENST00000453779 5685 ntTSL 1 (best) BASIC27.42■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 CAMK1D-203ENST00000615792 1725 ntTSL 5 BASIC27.41■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 SLC35A2-207ENST00000445167 1739 ntTSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 C1QTNF5-202ENST00000528368 1356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
CCDC43Q96MW1 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.38■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 MIR3960-201ENST00000583311 91 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 AP004609.3-201ENST00000610705 1884 ntBASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 RSPH1-201ENST00000291536 1430 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 MAGI2-217ENST00000629359 6704 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 HOXC9-201ENST00000303450 1516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 PFN2-211ENST00000489155 636 ntTSL 4 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 PQLC3-204ENST00000441908 1784 ntTSL 2 BASIC27.35■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 POTEF-201ENST00000361163 1586 ntTSL 5 BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 ECHDC3-201ENST00000379215 1649 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 AC142472.1-201ENST00000612013 1741 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
CCDC43Q96MW1 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 SP8-202ENST00000418710 1618 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 BARX1-202ENST00000401724 1323 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 VEGFA-209ENST00000425836 1575 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 RCOR3-202ENST00000367006 2525 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 ARHGEF7-AS2-201ENST00000425094 1239 ntTSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 SSTR5-201ENST00000293897 1362 ntAPPRIS P1 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 TM6SF1-204ENST00000379390 1638 ntTSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC27.28■■□□□ 1.96
CCDC43Q96MW1 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC27.28■■□□□ 1.96
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 166.4 ms