Protein–RNA interactions for Protein: Q96BD8

SKA1, Spindle and kinetochore-associated protein 1, humanhuman

Predictions only

Length 255 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SKA1Q96BD8 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC25.24■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.24■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC25.23■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 CFAP99-207ENST00000635017 2298 ntTSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.22■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC25.22■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.22■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC25.21■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.21■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
SKA1Q96BD8 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC25.19■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.18■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC25.17■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 AL449106.1-201ENST00000608517 1980 ntBASIC25.16■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC25.16■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.15■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC25.14■■□□□ 1.62
SKA1Q96BD8 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC25.13■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.13■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25.12■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC25.09■■□□□ 1.61
SKA1Q96BD8 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.5 ms