Protein–RNA interactions for Protein: Q9H2Z4

NKX2-4, Homeobox protein Nkx-2.4, humanhuman

Predictions only

Length 354 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NKX2-4Q9H2Z4 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC27.4■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.4■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.39■■□□□ 1.98
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.38■■□□□ 1.97
NKX2-4Q9H2Z4 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC27.38■■□□□ 1.97
NKX2-4Q9H2Z4 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
NKX2-4Q9H2Z4 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
NKX2-4Q9H2Z4 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC27.37■■□□□ 1.97
NKX2-4Q9H2Z4 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
NKX2-4Q9H2Z4 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NKX2-4Q9H2Z4 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NKX2-4Q9H2Z4 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC27.36■■□□□ 1.97
NKX2-4Q9H2Z4 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
NKX2-4Q9H2Z4 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NKX2-4Q9H2Z4 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
NKX2-4Q9H2Z4 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
NKX2-4Q9H2Z4 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
NKX2-4Q9H2Z4 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
NKX2-4Q9H2Z4 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
NKX2-4Q9H2Z4 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
NKX2-4Q9H2Z4 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC27.32■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC27.32■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 CISD3-204ENST00000613478 2074 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC27.31■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.31■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.29■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.28■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC27.27■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC27.27■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
NKX2-4Q9H2Z4 QDPR-202ENST00000428702 1278 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.24■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 U2AF1-202ENST00000380276 940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC27.23■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC27.23■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 KHDRBS3-201ENST00000355849 1977 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC27.22■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 RAET1E-AS1-203ENST00000606915 1210 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 YBX1P4-201ENST00000392794 808 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC27.21■■□□□ 1.95
NKX2-4Q9H2Z4 TMEM54-201ENST00000329151 871 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC27.2■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 RHOBTB3-206ENST00000506817 1432 ntTSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC27.18■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 MIR935-201ENST00000401179 91 ntBASIC27.17■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 PLA2G10-201ENST00000438167 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 SSBP4-201ENST00000270061 1768 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 FOXP1-201ENST00000318779 843 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 C9orf47-202ENST00000375850 859 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.16■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
NKX2-4Q9H2Z4 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 36.1 ms