Protein–RNA interactions for Protein: Q01581

HMGCS1, Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase, cytoplasmic, humanhuman

Predictions only

Length 520 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HMGCS1Q01581 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HMGCS1Q01581 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
HMGCS1Q01581 BOD1-201ENST00000285908 1286 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
HMGCS1Q01581 PRSS41-201ENST00000399677 1127 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HMGCS1Q01581 BOD1-206ENST00000480951 814 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
HMGCS1Q01581 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HMGCS1Q01581 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HMGCS1Q01581 C14orf80-205ENST00000392523 1845 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
HMGCS1Q01581 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
HMGCS1Q01581 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
HMGCS1Q01581 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.2■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 PPP1R35-201ENST00000292330 1031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 U2AF1L5-201ENST00000610664 897 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 C2orf88-204ENST00000409870 1441 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 AC021231.2-201ENST00000594613 730 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 C8orf58-202ENST00000409586 2021 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.17■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 AC009097.4-201ENST00000566738 777 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 BBC3-204ENST00000449228 1827 ntTSL 1 (best) BASIC24.16■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC24.16■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 CCDC149-203ENST00000502801 1079 ntTSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.15■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.15■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.46
HMGCS1Q01581 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 MRPL9-201ENST00000368829 882 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 CCDC136-206ENST00000464832 1720 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 AL589765.4-201ENST00000512280 382 ntTSL 3 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.14■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 RRNAD1-201ENST00000368216 2254 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.14■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.13■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 CMC4-202ENST00000369484 1107 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.13■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.12■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC24.12■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 HINT2-201ENST00000259667 628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 NME2-202ENST00000393190 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 DUX4L29-201ENST00000425409 679 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 COPRS-202ENST00000378634 1041 ntTSL 2 BASIC24.08■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
HMGCS1Q01581 NRARP-201ENST00000356628 1770 ntAPPRIS P1 BASIC24.08■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 IRAK1-205ENST00000429936 2127 ntTSL 5 BASIC24.07■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 CDPF1-201ENST00000314567 1875 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.06■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 ZDHHC16-201ENST00000345745 1519 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 AC116407.1-201ENST00000398832 1599 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 KLC1-225ENST00000557575 2188 ntTSL 5 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 BHLHE23-201ENST00000370346 1057 ntAPPRIS P1 BASIC24.04■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 SLC35D2-202ENST00000375257 889 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC24.03■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 GSC-201ENST00000238558 1264 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
HMGCS1Q01581 ANKRD16-201ENST00000191063 1567 ntTSL 3 BASIC24.01■■□□□ 1.43
HMGCS1Q01581 NPHP3-202ENST00000383282 782 ntTSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
HMGCS1Q01581 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HMGCS1Q01581 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
HMGCS1Q01581 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 152.5 ms