Protein–RNA interactions for Protein: P12109

COL6A1, Collagen alpha-1(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 1,028 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A1P12109 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC28.38■■■□□ 2.13
COL6A1P12109 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC28.37■■■□□ 2.13
COL6A1P12109 TRIOBP-205ENST00000407319 2125 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL6A1P12109 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC28.36■■■□□ 2.13
COL6A1P12109 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.34■■■□□ 2.13
COL6A1P12109 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL6A1P12109 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL6A1P12109 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL6A1P12109 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC28.33■■■□□ 2.13
COL6A1P12109 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.32■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 MBOAT7-203ENST00000391754 1797 ntTSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.31■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 FTCD-203ENST00000397746 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 AC116025.2-201ENST00000576632 443 ntTSL 3 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC28.3■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 AC055876.1-201ENST00000430589 895 ntTSL 2 BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 EMID1-201ENST00000334018 2173 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 PANK2-207ENST00000610179 1807 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 LMNTD2-201ENST00000329451 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC28.27■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 AC092647.5-201ENST00000426595 1732 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.12
COL6A1P12109 AC053527.1-201ENST00000502790 685 ntTSL 3 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC28.26■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.25■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 PGM5-201ENST00000396392 1782 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.22■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC28.22■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 RAB26-201ENST00000210187 1675 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.21■■■□□ 2.11
COL6A1P12109 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC28.2■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 AC010980.1-201ENST00000587192 1142 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC28.2■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 RP9P-202ENST00000450133 1212 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC28.19■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.19■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 ZFAND2B-201ENST00000289528 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.18■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 HES6-204ENST00000409182 863 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 PITX3-202ENST00000539804 1187 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC28.16■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 HAUS7-201ENST00000370210 1593 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.16■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 E2F4-201ENST00000379378 2096 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 TPI1-210ENST00000613953 1460 ntTSL 1 (best) BASIC28.15■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC28.14■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 CD63-201ENST00000257857 1070 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 NAXE-203ENST00000368235 1125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 AC103834.1-201ENST00000520383 144 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 BHLHE23-202ENST00000612929 1109 ntBASIC28.14■■■□□ 2.1
COL6A1P12109 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 COL13A1-212ENST00000520133 1833 ntTSL 5 BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 AL135925.1-201ENST00000605920 1701 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
COL6A1P12109 GUSBP5-201ENST00000418136 578 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 47.5 ms