RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000623495.1

LETMD1-238, Transcript of LETM1 domain containing 1, human

Gene LETMD1, Length 2,948 nt, Biotype TEC.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LETMD1-238	ENST00000623495	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		16.1	■□□□□ 0.17
LETMD1-238	ENST00000623495	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		14.6	□□□□□ -0.07
LETMD1-238	ENST00000623495	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	14.54	□□□□□ -0.08
LETMD1-238	ENST00000623495	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		14.34	□□□□□ -0.11
LETMD1-238	ENST00000623495	ABCC9	O60706	1549 aa		14.22	□□□□□ -0.13
LETMD1-238	ENST00000623495	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		13.9	□□□□□ -0.18
LETMD1-238	ENST00000623495	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	13.56	□□□□□ -0.24
LETMD1-238	ENST00000623495	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		13.55	□□□□□ -0.24
LETMD1-238	ENST00000623495	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	13.38	□□□□□ -0.27
LETMD1-238	ENST00000623495	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		13.3	□□□□□ -0.28
LETMD1-238	ENST00000623495	SCRIB	Q14160	1630 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LETMD1-238	ENST00000623495	NACAD	O15069	1562 aa		13.23	□□□□□ -0.29
LETMD1-238	ENST00000623495	PHF23	Q9BUL5	403 aa	Predicted RBP	13.09	□□□□□ -0.31
LETMD1-238	ENST00000623495	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		13.02	□□□□□ -0.32
LETMD1-238	ENST00000623495	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		13	□□□□□ -0.33
LETMD1-238	ENST00000623495	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		12.96	□□□□□ -0.34
LETMD1-238	ENST00000623495	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	12.88	□□□□□ -0.35
LETMD1-238	ENST00000623495	BICRA	Q9NZM4	1560 aa		12.86	□□□□□ -0.35
LETMD1-238	ENST00000623495	UNC13A	Q9UPW8	1703 aa		12.84	□□□□□ -0.35
LETMD1-238	ENST00000623495	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		12.77	□□□□□ -0.37
LETMD1-238	ENST00000623495	EIF4G1	Q04637	1599 aa	Known RBP	12.62	□□□□□ -0.39
LETMD1-238	ENST00000623495	CC2D2A	Q9P2K1	1620 aa		12.57	□□□□□ -0.4
LETMD1-238	ENST00000623495	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		12.54	□□□□□ -0.4
LETMD1-238	ENST00000623495	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	12.46	□□□□□ -0.41
LETMD1-238	ENST00000623495	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	12.45	□□□□□ -0.42
LETMD1-238	ENST00000623495	ATAD2B	Q9ULI0	1458 aa		12.44	□□□□□ -0.42
LETMD1-238	ENST00000623495	BAZ1B	Q9UIG0	1483 aa	Known RBP	12.42	□□□□□ -0.42
LETMD1-238	ENST00000623495	SMARCA4	P51532	1647 aa		12.42	□□□□□ -0.42
LETMD1-238	ENST00000623495	WIZ	O95785	1651 aa		12.38	□□□□□ -0.43
LETMD1-238	ENST00000623495	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	12.35	□□□□□ -0.43
LETMD1-238	ENST00000623495	NCAPD3	P42695	1498 aa		12.31	□□□□□ -0.44
LETMD1-238	ENST00000623495	SMARCA2	P51531	1590 aa		12.3	□□□□□ -0.44
LETMD1-238	ENST00000623495	NES	P48681	1621 aa		12.29	□□□□□ -0.44
LETMD1-238	ENST00000623495	ERCC6	Q03468	1493 aa		12.24	□□□□□ -0.45
LETMD1-238	ENST00000623495	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		12.17	□□□□□ -0.46
LETMD1-238	ENST00000623495	MYT1	Q01538	1121 aa		12.15	□□□□□ -0.46
LETMD1-238	ENST00000623495	CADPS	Q9ULU8	1353 aa		12.13	□□□□□ -0.47
LETMD1-238	ENST00000623495	HMGXB3	Q12766	1538 aa		12.13	□□□□□ -0.47
LETMD1-238	ENST00000623495	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		12.13	□□□□□ -0.47
LETMD1-238	ENST00000623495	TOP2A	P11388	1531 aa	Known RBP	12.11	□□□□□ -0.47
LETMD1-238	ENST00000623495	PEG3	Q9GZU2	1588 aa		12.07	□□□□□ -0.48
LETMD1-238	ENST00000623495	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		12.06	□□□□□ -0.48
LETMD1-238	ENST00000623495	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		12.04	□□□□□ -0.48
LETMD1-238	ENST00000623495	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	12.02	□□□□□ -0.49
LETMD1-238	ENST00000623495	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		12	□□□□□ -0.49
LETMD1-238	ENST00000623495	FBLN2	P98095	1184 aa		12	□□□□□ -0.49
LETMD1-238	ENST00000623495	CFTR	P13569	1480 aa		11.96	□□□□□ -0.5
LETMD1-238	ENST00000623495	TRIM41	Q8WV44	630 aa		11.95	□□□□□ -0.5
LETMD1-238	ENST00000623495	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		11.95	□□□□□ -0.5
LETMD1-238	ENST00000623495	SENP3	Q9H4L4	574 aa	Predicted RBP	11.95	□□□□□ -0.5
LETMD1-238	ENST00000623495	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		11.89	□□□□□ -0.51
LETMD1-238	ENST00000623495	ABCC8	Q09428	1581 aa		11.88	□□□□□ -0.51
LETMD1-238	ENST00000623495	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	11.88	□□□□□ -0.51
LETMD1-238	ENST00000623495	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	11.86	□□□□□ -0.51
LETMD1-238	ENST00000623495	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		11.85	□□□□□ -0.51
LETMD1-238	ENST00000623495	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	11.84	□□□□□ -0.51
LETMD1-238	ENST00000623495	MRC2	Q9UBG0	1479 aa		11.83	□□□□□ -0.52
LETMD1-238	ENST00000623495	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		11.82	□□□□□ -0.52
LETMD1-238	ENST00000623495	URB2	Q14146	1524 aa	Known RBP	11.82	□□□□□ -0.52
LETMD1-238	ENST00000623495	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	11.81	□□□□□ -0.52
LETMD1-238	ENST00000623495	AQR	O60306	1485 aa	Known RBP eCLIP	11.78	□□□□□ -0.52	2e-6	■■■□□ 18.3
LETMD1-238	ENST00000623495	SOGA1	O94964	1423 aa		11.77	□□□□□ -0.52
LETMD1-238	ENST00000623495	TOPBP1	Q92547	1522 aa		11.76	□□□□□ -0.53
LETMD1-238	ENST00000623495	ZNF608	Q9ULD9	1512 aa	Predicted RBP	11.75	□□□□□ -0.53
LETMD1-238	ENST00000623495	FGD5	Q6ZNL6	1462 aa		11.74	□□□□□ -0.53
LETMD1-238	ENST00000623495	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	11.73	□□□□□ -0.53
LETMD1-238	ENST00000623495	CUX1	P39880	1505 aa		11.71	□□□□□ -0.53
LETMD1-238	ENST00000623495	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	11.71	□□□□□ -0.53
LETMD1-238	ENST00000623495	CUX2	O14529	1486 aa		11.68	□□□□□ -0.54
LETMD1-238	ENST00000623495	THOC2	Q8NI27	1593 aa	Known RBP	11.68	□□□□□ -0.54
LETMD1-238	ENST00000623495	SYNJ1	O43426	1573 aa		11.66	□□□□□ -0.54
LETMD1-238	ENST00000623495	WDR62	O43379	1518 aa		11.64	□□□□□ -0.55
LETMD1-238	ENST00000623495	HRC	P23327	699 aa		11.63	□□□□□ -0.55
LETMD1-238	ENST00000623495	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		11.63	□□□□□ -0.55
LETMD1-238	ENST00000623495	OSCAR	Q8IYS5	282 aa		11.62	□□□□□ -0.55
LETMD1-238	ENST00000623495	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	11.61	□□□□□ -0.55
LETMD1-238	ENST00000623495	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		11.61	□□□□□ -0.55
LETMD1-238	ENST00000623495	IFT140	Q96RY7	1462 aa		11.6	□□□□□ -0.55
LETMD1-238	ENST00000623495	ADRA2B	P18089	450 aa		11.59	□□□□□ -0.55
LETMD1-238	ENST00000623495	P3H3	Q8IVL6	736 aa		11.59	□□□□□ -0.55
LETMD1-238	ENST00000623495	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		11.57	□□□□□ -0.56
LETMD1-238	ENST00000623495	ARID3C	A6NKF2	412 aa		11.57	□□□□□ -0.56
LETMD1-238	ENST00000623495	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		11.57	□□□□□ -0.56
LETMD1-238	ENST00000623495	CYB5RL	Q6IPT4	315 aa		11.55	□□□□□ -0.56
LETMD1-238	ENST00000623495	SNAPC4	Q5SXM2	1469 aa		11.54	□□□□□ -0.56
LETMD1-238	ENST00000623495	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		11.54	□□□□□ -0.56
LETMD1-238	ENST00000623495	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	11.54	□□□□□ -0.56
LETMD1-238	ENST00000623495	KIF27	Q86VH2	1401 aa		11.54	□□□□□ -0.56
LETMD1-238	ENST00000623495	TOP2B	Q02880	1626 aa		11.51	□□□□□ -0.57
LETMD1-238	ENST00000623495	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		11.49	□□□□□ -0.57
LETMD1-238	ENST00000623495	EIF4G3	O43432	1585 aa	Known RBP	11.49	□□□□□ -0.57
LETMD1-238	ENST00000623495	IGF1R	P08069	1367 aa		11.49	□□□□□ -0.57
LETMD1-238	ENST00000623495	CARMIL1	Q5VZK9	1371 aa		11.48	□□□□□ -0.57
LETMD1-238	ENST00000623495	GRIN2B	Q13224	1484 aa		11.48	□□□□□ -0.57
LETMD1-238	ENST00000623495	PRDM2	Q13029	1718 aa		11.47	□□□□□ -0.57
LETMD1-238	ENST00000623495	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		11.46	□□□□□ -0.57
LETMD1-238	ENST00000623495	TARBP1	Q13395	1621 aa	Known RBP	11.45	□□□□□ -0.58
LETMD1-238	ENST00000623495	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	11.42	□□□□□ -0.58
LETMD1-238	ENST00000623495	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	11.42	□□□□□ -0.58
LETMD1-238	ENST00000623495	JPH4	Q96JJ6	628 aa		11.42	□□□□□ -0.58

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