RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000491292.5

ERCC3-208, Transcript of ERCC excision repair 3, TFIIH core complex helicase subunit, human

TSL 2

Gene ERCC3, Length 4,018 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
ERCC3-208	ENST00000491292	NISCH	Q9Y2I1	1504 aa		17.69	■□□□□ 0.42
ERCC3-208	ENST00000491292	SUPT5H	O00267	1087 aa	Known RBP	16.74	■□□□□ 0.27
ERCC3-208	ENST00000491292	SHROOM4	Q9ULL8	1493 aa		16.69	■□□□□ 0.26
ERCC3-208	ENST00000491292	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		16.37	■□□□□ 0.21
ERCC3-208	ENST00000491292	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		16.33	■□□□□ 0.2
ERCC3-208	ENST00000491292	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	16.2	■□□□□ 0.18
ERCC3-208	ENST00000491292	HRC	P23327	699 aa		16.19	■□□□□ 0.18
ERCC3-208	ENST00000491292	EHMT2	Q96KQ7	1210 aa		15.92	■□□□□ 0.14
ERCC3-208	ENST00000491292	CHIC1	Q5VXU3	224 aa		15.84	■□□□□ 0.13
ERCC3-208	ENST00000491292	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		15.8	■□□□□ 0.12
ERCC3-208	ENST00000491292	FAM9A	Q8IZU1	332 aa	Predicted RBP	15.65	■□□□□ 0.1
ERCC3-208	ENST00000491292	MYO15B	Q96JP2	1530 aa		15.57	■□□□□ 0.08
ERCC3-208	ENST00000491292	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	15.54	■□□□□ 0.08
ERCC3-208	ENST00000491292	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	15.53	■□□□□ 0.08
ERCC3-208	ENST00000491292	TTBK1	Q5TCY1	1321 aa	Predicted RBP	15.45	■□□□□ 0.06
ERCC3-208	ENST00000491292	ZEB1	P37275	1124 aa	Predicted RBP	15.38	■□□□□ 0.05
ERCC3-208	ENST00000491292	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	15.32	■□□□□ 0.04
ERCC3-208	ENST00000491292	TRIM41	Q8WV44	630 aa		15.29	■□□□□ 0.04
ERCC3-208	ENST00000491292	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	15.27	■□□□□ 0.04
ERCC3-208	ENST00000491292	YTHDC1	Q96MU7	727 aa	Known RBP	15.22	■□□□□ 0.03
ERCC3-208	ENST00000491292	HNRNPUL2-BSCL2	H3BQZ7	746 aa	Predicted RBP	15.19	■□□□□ 0.02
ERCC3-208	ENST00000491292	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	15.17	■□□□□ 0.02
ERCC3-208	ENST00000491292	GTF3C3	Q9Y5Q9	886 aa		15.13	■□□□□ 0.01
ERCC3-208	ENST00000491292	DCAF1	Q9Y4B6	1507 aa		15.09	■□□□□ 0.01
ERCC3-208	ENST00000491292	NEUROD1	Q13562	356 aa		15.05	■□□□□ 0
ERCC3-208	ENST00000491292	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	15.03	■□□□□ -0
ERCC3-208	ENST00000491292	DIEXF	Q68CQ4	756 aa	Known RBP	15.02	□□□□□ -0.01
ERCC3-208	ENST00000491292	ZCCHC6	Q5VYS8	1495 aa	Known RBP	14.9	□□□□□ -0.02
ERCC3-208	ENST00000491292	MYT1	Q01538	1121 aa		14.89	□□□□□ -0.03
ERCC3-208	ENST00000491292	RANGAP1	P46060	587 aa	Predicted RBP	14.82	□□□□□ -0.04
ERCC3-208	ENST00000491292	CCDC180	Q9P1Z9	1646 aa		14.77	□□□□□ -0.04
ERCC3-208	ENST00000491292	HNRNPUL2	Q1KMD3	747 aa	Known RBP	14.74	□□□□□ -0.05
ERCC3-208	ENST00000491292	UBTF	P17480	764 aa	Known RBP	14.74	□□□□□ -0.05
ERCC3-208	ENST00000491292	ABCC9	O60706	1549 aa		14.65	□□□□□ -0.06
ERCC3-208	ENST00000491292	ZNF316	A6NFI3	1004 aa	Predicted RBP	14.63	□□□□□ -0.07
ERCC3-208	ENST00000491292	APLP2	Q06481	763 aa		14.61	□□□□□ -0.07
ERCC3-208	ENST00000491292	MIER1	Q8N108	512 aa		14.57	□□□□□ -0.08
ERCC3-208	ENST00000491292	BCAN	Q96GW7	911 aa		14.5	□□□□□ -0.09
ERCC3-208	ENST00000491292	ITGAE	P38570	1179 aa		14.4	□□□□□ -0.1
ERCC3-208	ENST00000491292	RSF1	Q96T23	1441 aa	Predicted RBP	14.4	□□□□□ -0.11
ERCC3-208	ENST00000491292	SCRIB	Q14160	1630 aa		14.32	□□□□□ -0.12
ERCC3-208	ENST00000491292	NEFL	P07196	543 aa		14.26	□□□□□ -0.13
ERCC3-208	ENST00000491292	ERICH6	Q7L0X2	663 aa		14.25	□□□□□ -0.13
ERCC3-208	ENST00000491292	RB1CC1	Q8TDY2	1594 aa		14.25	□□□□□ -0.13
ERCC3-208	ENST00000491292	CSRNP3	Q8WYN3	585 aa		14.23	□□□□□ -0.13
ERCC3-208	ENST00000491292	SUPT16H	Q9Y5B9	1047 aa	Known RBP	14.2	□□□□□ -0.14
ERCC3-208	ENST00000491292	FKBP8	Q14318	412 aa		14.17	□□□□□ -0.14
ERCC3-208	ENST00000491292	CEP162	Q5TB80	1403 aa		14.17	□□□□□ -0.14
ERCC3-208	ENST00000491292	ATP1B4	Q9UN42	357 aa	Predicted RBP	14.16	□□□□□ -0.14
ERCC3-208	ENST00000491292	PABPN1	Q86U42	306 aa	Known RBP eCLIP	14.14	□□□□□ -0.15
ERCC3-208	ENST00000491292	ANP32E	Q9BTT0	268 aa		14.13	□□□□□ -0.15
ERCC3-208	ENST00000491292	CECR2	Q9BXF3	1484 aa		14.1	□□□□□ -0.15
ERCC3-208	ENST00000491292	BCL11A	Q9H165	835 aa		14.09	□□□□□ -0.15
ERCC3-208	ENST00000491292	TSHZ2	Q9NRE2	1034 aa		14.08	□□□□□ -0.15
ERCC3-208	ENST00000491292	HIRIP3	Q9BW71	556 aa	Predicted RBP	14.06	□□□□□ -0.16
ERCC3-208	ENST00000491292	TRIM52	Q96A61	297 aa		14.06	□□□□□ -0.16
ERCC3-208	ENST00000491292	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	14.06	□□□□□ -0.16
ERCC3-208	ENST00000491292	SOGA1	O94964	1423 aa		14.04	□□□□□ -0.16
ERCC3-208	ENST00000491292	KCNH8	Q96L42	1107 aa		14.03	□□□□□ -0.16
ERCC3-208	ENST00000491292	CNGB1	Q14028	1251 aa	Predicted RBP	14.02	□□□□□ -0.17
ERCC3-208	ENST00000491292	IRX6	P78412	446 aa	Predicted RBP	13.98	□□□□□ -0.17
ERCC3-208	ENST00000491292	CCDC88B	A6NC98	1476 aa		13.97	□□□□□ -0.17
ERCC3-208	ENST00000491292	ABCC8	Q09428	1581 aa		13.97	□□□□□ -0.17
ERCC3-208	ENST00000491292	TNIK	Q9UKE5	1360 aa		13.96	□□□□□ -0.17
ERCC3-208	ENST00000491292	MROH2B	Q7Z745	1585 aa		13.95	□□□□□ -0.18
ERCC3-208	ENST00000491292	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	13.93	□□□□□ -0.18
ERCC3-208	ENST00000491292	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		13.93	□□□□□ -0.18
ERCC3-208	ENST00000491292	CLIP1	P30622	1438 aa		13.91	□□□□□ -0.18
ERCC3-208	ENST00000491292	ANP32C	O43423	234 aa		13.89	□□□□□ -0.19
ERCC3-208	ENST00000491292	RUSC2	Q8N2Y8	1516 aa		13.89	□□□□□ -0.19
ERCC3-208	ENST00000491292	RBM19	Q9Y4C8	960 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
ERCC3-208	ENST00000491292	CDK11A	Q9UQ88	783 aa	Predicted RBP	13.86	□□□□□ -0.19
ERCC3-208	ENST00000491292	WIZ	O95785	1651 aa		13.85	□□□□□ -0.19
ERCC3-208	ENST00000491292	NACAD	O15069	1562 aa		13.83	□□□□□ -0.19
ERCC3-208	ENST00000491292	GOLGA3	Q08378	1498 aa		13.83	□□□□□ -0.2
ERCC3-208	ENST00000491292	WRN	Q14191	1432 aa	Predicted RBP eCLIP	13.82	□□□□□ -0.2
ERCC3-208	ENST00000491292	HNRNPU	Q00839	825 aa	Known RBP eCLIP	13.81	□□□□□ -0.2
ERCC3-208	ENST00000491292	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		13.81	□□□□□ -0.2
ERCC3-208	ENST00000491292	POLR3GL	Q9BT43	218 aa		13.8	□□□□□ -0.2
ERCC3-208	ENST00000491292	P3H3	Q8IVL6	736 aa		13.79	□□□□□ -0.2
ERCC3-208	ENST00000491292	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	13.79	□□□□□ -0.2
ERCC3-208	ENST00000491292	NBR1	Q14596	966 aa		13.78	□□□□□ -0.2
ERCC3-208	ENST00000491292	SENP3-EIF4A1	A0A087X0R7	540 aa		13.74	□□□□□ -0.21
ERCC3-208	ENST00000491292	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.21
ERCC3-208	ENST00000491292	EEA1	Q15075	1411 aa		13.69	□□□□□ -0.22
ERCC3-208	ENST00000491292	FAM9B	Q8IZU0	186 aa		13.68	□□□□□ -0.22
ERCC3-208	ENST00000491292	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		13.68	□□□□□ -0.22
ERCC3-208	ENST00000491292	RTL5	Q5HYW3	569 aa	Predicted RBP	13.66	□□□□□ -0.22
ERCC3-208	ENST00000491292	CEP164	Q9UPV0	1460 aa		13.66	□□□□□ -0.22
ERCC3-208	ENST00000491292	B4GALNT3	Q6L9W6	998 aa		13.61	□□□□□ -0.23
ERCC3-208	ENST00000491292	NPM2	Q86SE8	214 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
ERCC3-208	ENST00000491292	TONSL	Q96HA7	1378 aa		13.58	□□□□□ -0.24
ERCC3-208	ENST00000491292	DEK	P35659	375 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.24
ERCC3-208	ENST00000491292	RAPGEF2	Q9Y4G8	1499 aa		13.58	□□□□□ -0.24
ERCC3-208	ENST00000491292	BAZ1A	Q9NRL2	1556 aa	Predicted RBP	13.57	□□□□□ -0.24
ERCC3-208	ENST00000491292	RTN4	Q9NQC3	1192 aa	Known RBP	13.56	□□□□□ -0.24
ERCC3-208	ENST00000491292	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		13.56	□□□□□ -0.24
ERCC3-208	ENST00000491292	MSH5	O43196	834 aa		13.55	□□□□□ -0.24
ERCC3-208	ENST00000491292	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		13.54	□□□□□ -0.24
ERCC3-208	ENST00000491292	ZNF326	Q5BKZ1	582 aa	Known RBP	13.52	□□□□□ -0.25

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