RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000482507.5

ATG4B-220, Transcript of autophagy related 4B cysteine peptidase, humanhuman

TSL 1 (best)

Gene ATG4B, Length 2,414 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
ATG4B-220ENST00000482507 NISCHQ9Y2I1 1504 aa31.85■■■□□ 2.69
ATG4B-220ENST00000482507 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa27.67■■■□□ 2.02
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ATG4B-220ENST00000482507 ABCC9O60706 1549 aa26.81■■□□□ 1.88
ATG4B-220ENST00000482507 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP26.66■■□□□ 1.86
ATG4B-220ENST00000482507 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa26.31■■□□□ 1.8
ATG4B-220ENST00000482507 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa26.16■■□□□ 1.78
ATG4B-220ENST00000482507 NACADO15069 1562 aa25.95■■□□□ 1.74
ATG4B-220ENST00000482507 MYO15BQ96JP2 1530 aa25.93■■□□□ 1.74
ATG4B-220ENST00000482507 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa25.81■■□□□ 1.72
ATG4B-220ENST00000482507 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP25.8■■□□□ 1.72
ATG4B-220ENST00000482507 SCRIBQ14160 1630 aa25.68■■□□□ 1.7
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ATG4B-220ENST00000482507 CHIC1Q5VXU3 224 aa25.16■■□□□ 1.62
ATG4B-220ENST00000482507 BICRAQ9NZM4 1560 aa25.11■■□□□ 1.61
ATG4B-220ENST00000482507 CECR2Q9BXF3 1484 aa24.92■■□□□ 1.58
ATG4B-220ENST00000482507 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP24.69■■□□□ 1.54
ATG4B-220ENST00000482507 MROH2BQ7Z745 1585 aa24.67■■□□□ 1.54
ATG4B-220ENST00000482507 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP24.56■■□□□ 1.52
ATG4B-220ENST00000482507 SMARCA4P51532 1647 aa24.49■■□□□ 1.51
ATG4B-220ENST00000482507 HRCP23327 699 aa24.49■■□□□ 1.51
ATG4B-220ENST00000482507 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa24.43■■□□□ 1.5
ATG4B-220ENST00000482507 WIZO95785 1651 aa24.43■■□□□ 1.5
ATG4B-220ENST00000482507 PCGF6Q9BYE7 350 aa24.42■■□□□ 1.5
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ATG4B-220ENST00000482507 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa24.25■■□□□ 1.47
ATG4B-220ENST00000482507 PEG3Q9GZU2 1588 aa24.12■■□□□ 1.45
ATG4B-220ENST00000482507 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa24.12■■□□□ 1.45
ATG4B-220ENST00000482507 SMARCA2P51531 1590 aa24.11■■□□□ 1.45
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ATG4B-220ENST00000482507 NCAPD3P42695 1498 aa24.04■■□□□ 1.44
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ATG4B-220ENST00000482507 TRIM41Q8WV44 630 aa23.99■■□□□ 1.43
ATG4B-220ENST00000482507 CCDC88BA6NC98 1476 aa23.96■■□□□ 1.43
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ATG4B-220ENST00000482507 HMGXB3Q12766 1538 aa23.88■■□□□ 1.41
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ATG4B-220ENST00000482507 EHMT2Q96KQ7 1210 aa23.65■■□□□ 1.38
ATG4B-220ENST00000482507 CADPSQ9ULU8 1353 aa23.48■■□□□ 1.35
ATG4B-220ENST00000482507 NESP48681 1621 aa23.46■■□□□ 1.35
ATG4B-220ENST00000482507 CFTRP13569 1480 aa23.45■■□□□ 1.34
ATG4B-220ENST00000482507 ABCC8Q09428 1581 aa23.4■■□□□ 1.34
ATG4B-220ENST00000482507 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP23.35■■□□□ 1.33
ATG4B-220ENST00000482507 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP23.23■■□□□ 1.31
ATG4B-220ENST00000482507 FANCD2Q9BXW9 1451 aa23.21■■□□□ 1.31
ATG4B-220ENST00000482507 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa23.18■■□□□ 1.3
ATG4B-220ENST00000482507 SOGA1O94964 1423 aa23.13■■□□□ 1.29
ATG4B-220ENST00000482507 PDS5BQ9NTI5 1447 aa23.12■■□□□ 1.29
ATG4B-220ENST00000482507 SYNJ1O43426 1573 aa23.11■■□□□ 1.29
ATG4B-220ENST00000482507 CUX1P39880 1505 aa23.06■■□□□ 1.28
ATG4B-220ENST00000482507 PRDM2Q13029 1718 aa23.04■■□□□ 1.28
ATG4B-220ENST00000482507 CEP164Q9UPV0 1460 aa23.04■■□□□ 1.28
ATG4B-220ENST00000482507 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa23.03■■□□□ 1.28
ATG4B-220ENST00000482507 CEP162Q5TB80 1403 aa23.02■■□□□ 1.28
ATG4B-220ENST00000482507 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP22.99■■□□□ 1.27
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ATG4B-220ENST00000482507 ERCC6Q03468 1493 aa22.96■■□□□ 1.27
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ATG4B-220ENST00000482507 CSRNP3Q8WYN3 585 aa22.94■■□□□ 1.26
ATG4B-220ENST00000482507 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP22.94■■□□□ 1.26
ATG4B-220ENST00000482507 EEA1Q15075 1411 aa22.92■■□□□ 1.26
ATG4B-220ENST00000482507 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP22.9■■□□□ 1.26
ATG4B-220ENST00000482507 TOPBP1Q92547 1522 aa22.9■■□□□ 1.26
ATG4B-220ENST00000482507 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP22.87■■□□□ 1.25
ATG4B-220ENST00000482507 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa22.87■■□□□ 1.25
ATG4B-220ENST00000482507 FGD5Q6ZNL6 1462 aa22.87■■□□□ 1.25
ATG4B-220ENST00000482507 DNMBPQ6XZF7 1577 aa22.83■■□□□ 1.25
ATG4B-220ENST00000482507 UBTFP17480 764 aaKnown RBP22.83■■□□□ 1.25
ATG4B-220ENST00000482507 MRC2Q9UBG0 1479 aa22.82■■□□□ 1.24
ATG4B-220ENST00000482507 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa22.82■■□□□ 1.24
ATG4B-220ENST00000482507 GOLGA3Q08378 1498 aa22.8■■□□□ 1.24
ATG4B-220ENST00000482507 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP22.79■■□□□ 1.24
ATG4B-220ENST00000482507 CUX2O14529 1486 aa22.7■■□□□ 1.22
ATG4B-220ENST00000482507 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP22.67■■□□□ 1.22
ATG4B-220ENST00000482507 WDR62O43379 1518 aa22.66■■□□□ 1.22
ATG4B-220ENST00000482507 KIF21BO75037 1637 aa22.66■■□□□ 1.22
ATG4B-220ENST00000482507 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP22.65■■□□□ 1.22
ATG4B-220ENST00000482507 KIF27Q86VH2 1401 aa22.64■■□□□ 1.22
ATG4B-220ENST00000482507 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP22.64■■□□□ 1.21
ATG4B-220ENST00000482507 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa22.58■■□□□ 1.21
ATG4B-220ENST00000482507 CLIP1P30622 1438 aa22.56■■□□□ 1.2
ATG4B-220ENST00000482507 IGF1RP08069 1367 aa22.55■■□□□ 1.2
ATG4B-220ENST00000482507 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa22.55■■□□□ 1.2
ATG4B-220ENST00000482507 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP22.54■■□□□ 1.23e-7■■■■□ 19.9
ATG4B-220ENST00000482507 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP22.52■■□□□ 1.2
ATG4B-220ENST00000482507 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP22.52■■□□□ 1.19
ATG4B-220ENST00000482507 IFT140Q96RY7 1462 aa22.49■■□□□ 1.19
ATG4B-220ENST00000482507 VPS8Q8N3P4 1428 aa22.48■■□□□ 1.19
ATG4B-220ENST00000482507 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP22.48■■□□□ 1.19
ATG4B-220ENST00000482507 GAPVD1Q14C86 1478 aa22.46■■□□□ 1.19
ATG4B-220ENST00000482507 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP22.42■■□□□ 1.18
ATG4B-220ENST00000482507 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa22.42■■□□□ 1.18
ATG4B-220ENST00000482507 WDR97A6NE52 1622 aa22.41■■□□□ 1.18
ATG4B-220ENST00000482507 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP22.41■■□□□ 1.18
ATG4B-220ENST00000482507 PRXQ9BXM0 1461 aa22.4■■□□□ 1.18
ATG4B-220ENST00000482507 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa22.36■■□□□ 1.17
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