RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000272638.13

UBXN4-201, Transcript of UBX domain protein 4, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene UBXN4, Length 4,006 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
UBXN4-201ENST00000272638 NISCHQ9Y2I1 1504 aa24.15■■□□□ 1.46
UBXN4-201ENST00000272638 DCAF8L2P0C7V8 631 aa22.47■■□□□ 1.19
UBXN4-201ENST00000272638 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa22.21■■□□□ 1.15
UBXN4-201ENST00000272638 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP22.01■■□□□ 1.11
UBXN4-201ENST00000272638 EHMT2Q96KQ7 1210 aa20.94■□□□□ 0.94
UBXN4-201ENST00000272638 FAM9AQ8IZU1 332 aaPredicted RBP20.61■□□□□ 0.89
UBXN4-201ENST00000272638 PCGF6Q9BYE7 350 aa20.55■□□□□ 0.88
UBXN4-201ENST00000272638 CHIC1Q5VXU3 224 aa20.47■□□□□ 0.87
UBXN4-201ENST00000272638 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa20.37■□□□□ 0.85
UBXN4-201ENST00000272638 TRIM41Q8WV44 630 aa20.2■□□□□ 0.82
UBXN4-201ENST00000272638 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP20.2■□□□□ 0.82
UBXN4-201ENST00000272638 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP20.16■□□□□ 0.82
UBXN4-201ENST00000272638 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP20.06■□□□□ 0.8
UBXN4-201ENST00000272638 ABCC9O60706 1549 aa20.05■□□□□ 0.8
UBXN4-201ENST00000272638 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa19.84■□□□□ 0.77
UBXN4-201ENST00000272638 MYO15BQ96JP2 1530 aa19.83■□□□□ 0.76
UBXN4-201ENST00000272638 HRCP23327 699 aa19.83■□□□□ 0.76
UBXN4-201ENST00000272638 RANGAP1P46060 587 aaPredicted RBP19.81■□□□□ 0.76
UBXN4-201ENST00000272638 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP19.69■□□□□ 0.742e-6■■□□□ 13.9
UBXN4-201ENST00000272638 SCRIBQ14160 1630 aa19.68■□□□□ 0.74
UBXN4-201ENST00000272638 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP19.64■□□□□ 0.73
UBXN4-201ENST00000272638 UBTFP17480 764 aaKnown RBP19.58■□□□□ 0.73
UBXN4-201ENST00000272638 CCER1Q8TC90 406 aaPredicted RBP19.46■□□□□ 0.71
UBXN4-201ENST00000272638 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP19.36■□□□□ 0.69
UBXN4-201ENST00000272638 APLP2Q06481 763 aa19.34■□□□□ 0.69
UBXN4-201ENST00000272638 HNRNPUL2-BSCL2H3BQZ7 746 aaPredicted RBP19.33■□□□□ 0.68
UBXN4-201ENST00000272638 ZEB1P37275 1124 aaPredicted RBP19.23■□□□□ 0.67
UBXN4-201ENST00000272638 CECR2Q9BXF3 1484 aa19.22■□□□□ 0.67
UBXN4-201ENST00000272638 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa19.16■□□□□ 0.66
UBXN4-201ENST00000272638 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP19.14■□□□□ 0.65
UBXN4-201ENST00000272638 ATP1B4Q9UN42 357 aaPredicted RBP19.09■□□□□ 0.65
UBXN4-201ENST00000272638 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa19.02■□□□□ 0.63
UBXN4-201ENST00000272638 ITGAEP38570 1179 aa18.98■□□□□ 0.63
UBXN4-201ENST00000272638 YTHDC1Q96MU7 727 aaKnown RBP18.98■□□□□ 0.63
UBXN4-201ENST00000272638 MROH2BQ7Z745 1585 aa18.95■□□□□ 0.62
UBXN4-201ENST00000272638 CSRNP3Q8WYN3 585 aa18.94■□□□□ 0.62
UBXN4-201ENST00000272638 NACADO15069 1562 aa18.86■□□□□ 0.61
UBXN4-201ENST00000272638 WIZO95785 1651 aa18.74■□□□□ 0.59
UBXN4-201ENST00000272638 DIEXFQ68CQ4 756 aaKnown RBP18.72■□□□□ 0.59
UBXN4-201ENST00000272638 ABCC8Q09428 1581 aa18.67■□□□□ 0.58
UBXN4-201ENST00000272638 CENPBP07199 599 aaPredicted RBP18.67■□□□□ 0.58
UBXN4-201ENST00000272638 SOGA1O94964 1423 aa18.66■□□□□ 0.58
UBXN4-201ENST00000272638 P3H3Q8IVL6 736 aa18.62■□□□□ 0.57
UBXN4-201ENST00000272638 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP18.61■□□□□ 0.57
UBXN4-201ENST00000272638 CCDC88BA6NC98 1476 aa18.61■□□□□ 0.57
UBXN4-201ENST00000272638 CEP162Q5TB80 1403 aa18.57■□□□□ 0.56
UBXN4-201ENST00000272638 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP18.5■□□□□ 0.55
UBXN4-201ENST00000272638 FAM50AQ14320 339 aaKnown RBP18.48■□□□□ 0.55
UBXN4-201ENST00000272638 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa18.45■□□□□ 0.54
UBXN4-201ENST00000272638 CLIP1P30622 1438 aa18.4■□□□□ 0.54
UBXN4-201ENST00000272638 ZNF316A6NFI3 1004 aaPredicted RBP18.4■□□□□ 0.54
UBXN4-201ENST00000272638 NEUROD1Q13562 356 aa18.39■□□□□ 0.53
UBXN4-201ENST00000272638 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP18.39■□□□□ 0.53
UBXN4-201ENST00000272638 GTF3C3Q9Y5Q9 886 aa18.39■□□□□ 0.53
UBXN4-201ENST00000272638 ARID3CA6NKF2 412 aa18.38■□□□□ 0.53
UBXN4-201ENST00000272638 TNIKQ9UKE5 1360 aa18.36■□□□□ 0.53
UBXN4-201ENST00000272638 GOLGA3Q08378 1498 aa18.32■□□□□ 0.52
UBXN4-201ENST00000272638 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP18.31■□□□□ 0.52
UBXN4-201ENST00000272638 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP18.29■□□□□ 0.52
UBXN4-201ENST00000272638 SMARCA4P51532 1647 aa18.27■□□□□ 0.52
UBXN4-201ENST00000272638 ACIN1Q9UKV3 1341 aaKnown RBP18.27■□□□□ 0.51
UBXN4-201ENST00000272638 CNGB1Q14028 1251 aaPredicted RBP18.26■□□□□ 0.51
UBXN4-201ENST00000272638 EEA1Q15075 1411 aa18.22■□□□□ 0.51
UBXN4-201ENST00000272638 MIER1Q8N108 512 aa18.19■□□□□ 0.5
UBXN4-201ENST00000272638 SMARCA2P51531 1590 aa18.17■□□□□ 0.5
UBXN4-201ENST00000272638 CEP164Q9UPV0 1460 aa18.17■□□□□ 0.5
UBXN4-201ENST00000272638 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP18.16■□□□□ 0.5
UBXN4-201ENST00000272638 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa18.13■□□□□ 0.49
UBXN4-201ENST00000272638 HIRIP3Q9BW71 556 aaPredicted RBP18.12■□□□□ 0.49
UBXN4-201ENST00000272638 RAPGEF2Q9Y4G8 1499 aa18.09■□□□□ 0.49
UBXN4-201ENST00000272638 POLR3GLQ9BT43 218 aa18.09■□□□□ 0.49
UBXN4-201ENST00000272638 FBLN2P98095 1184 aa18.08■□□□□ 0.48
UBXN4-201ENST00000272638 TRIM52Q96A61 297 aa18.07■□□□□ 0.48
UBXN4-201ENST00000272638 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP18.02■□□□□ 0.48
UBXN4-201ENST00000272638 KIF27Q86VH2 1401 aa18.02■□□□□ 0.48
UBXN4-201ENST00000272638 BCANQ96GW7 911 aa18.02■□□□□ 0.47
UBXN4-201ENST00000272638 CHIC2Q9UKJ5 165 aa18■□□□□ 0.47
UBXN4-201ENST00000272638 VPS8Q8N3P4 1428 aa17.99■□□□□ 0.47
UBXN4-201ENST00000272638 DDX10Q13206 875 aaKnown RBP17.97■□□□□ 0.47
UBXN4-201ENST00000272638 CUX2O14529 1486 aa17.95■□□□□ 0.46
UBXN4-201ENST00000272638 SIN3AQ96ST3 1273 aa17.94■□□□□ 0.46
UBXN4-201ENST00000272638 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP17.88■□□□□ 0.45
UBXN4-201ENST00000272638 NEFLP07196 543 aa17.88■□□□□ 0.45
UBXN4-201ENST00000272638 SYNJ1O43426 1573 aa17.88■□□□□ 0.45
UBXN4-201ENST00000272638 CARMIL1Q5VZK9 1371 aa17.87■□□□□ 0.45
UBXN4-201ENST00000272638 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP17.85■□□□□ 0.45
UBXN4-201ENST00000272638 BICRAQ9NZM4 1560 aa17.84■□□□□ 0.45
UBXN4-201ENST00000272638 RRP7BPQ9NSQ0 103 aa17.83■□□□□ 0.45
UBXN4-201ENST00000272638 MTUS2Q5JR59 1369 aa17.81■□□□□ 0.44
UBXN4-201ENST00000272638 CCNB3Q8WWL7 1395 aa17.8■□□□□ 0.44
UBXN4-201ENST00000272638 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP17.78■□□□□ 0.44
UBXN4-201ENST00000272638 ANP32CO43423 234 aa17.75■□□□□ 0.43
UBXN4-201ENST00000272638 CADPSQ9ULU8 1353 aa17.73■□□□□ 0.43
UBXN4-201ENST00000272638 TONSLQ96HA7 1378 aa17.72■□□□□ 0.43
UBXN4-201ENST00000272638 UNC13AQ9UPW8 1703 aa17.72■□□□□ 0.43
UBXN4-201ENST00000272638 MYT1LQ9UL68 1186 aa17.69■□□□□ 0.42
UBXN4-201ENST00000272638 FHOD3Q2V2M9 1422 aa17.67■□□□□ 0.42
UBXN4-201ENST00000272638 KIF21BO75037 1637 aa17.67■□□□□ 0.42
UBXN4-201ENST00000272638 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa17.66■□□□□ 0.42
UBXN4-201ENST00000272638 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa17.66■□□□□ 0.42
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 9.7 ms