RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000264039.6

GPC1-201, Transcript of glypican 1, humanhuman

APPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC

Gene GPC1, Length 3,713 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytosol, Ribosome .

RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
GPC1-201ENST00000264039 NISCHQ9Y2I1 1504 aa28.14■■■□□ 2.1
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GPC1-201ENST00000264039 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa27.11■■□□□ 1.93
GPC1-201ENST00000264039 PPARGC1BQ86YN6 1023 aaKnown RBP26.95■■□□□ 1.9
GPC1-201ENST00000264039 HRCP23327 699 aa26.92■■□□□ 1.9
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GPC1-201ENST00000264039 PELP1Q8IZL8 1130 aaKnown RBP26.38■■□□□ 1.81
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GPC1-201ENST00000264039 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa25.9■■□□□ 1.74
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GPC1-201ENST00000264039 TTBK1Q5TCY1 1321 aaPredicted RBP25.42■■□□□ 1.66
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GPC1-201ENST00000264039 MYO15BQ96JP2 1530 aa25.38■■□□□ 1.65
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GPC1-201ENST00000264039 HNRNPUL2Q1KMD3 747 aaKnown RBP24.21■■□□□ 1.47
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GPC1-201ENST00000264039 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa24.17■■□□□ 1.46
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GPC1-201ENST00000264039 APLP2Q06481 763 aa23.94■■□□□ 1.42
GPC1-201ENST00000264039 BCL11AQ9H165 835 aa23.94■■□□□ 1.42
GPC1-201ENST00000264039 NEFLP07196 543 aa23.79■■□□□ 1.4
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GPC1-201ENST00000264039 SUPT16HQ9Y5B9 1047 aaKnown RBP23.63■■□□□ 1.37
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GPC1-201ENST00000264039 TSHZ2Q9NRE2 1034 aa23.5■■□□□ 1.35
GPC1-201ENST00000264039 TRIM52Q96A61 297 aa23.3■■□□□ 1.32
GPC1-201ENST00000264039 IRX6P78412 446 aaPredicted RBP23.21■■□□□ 1.31
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GPC1-201ENST00000264039 SENP3-EIF4A1A0A087X0R7 540 aa22.69■■□□□ 1.22
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GPC1-201ENST00000264039 SOGA1O94964 1423 aa22.66■■□□□ 1.22
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GPC1-201ENST00000264039 TNIKQ9UKE5 1360 aa22.6■■□□□ 1.21
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GPC1-201ENST00000264039 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP22.39■■□□□ 1.17
GPC1-201ENST00000264039 LAS1LQ9Y4W2 734 aaKnown RBP22.38■■□□□ 1.17
GPC1-201ENST00000264039 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP22.37■■□□□ 1.17
GPC1-201ENST00000264039 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa22.36■■□□□ 1.17
GPC1-201ENST00000264039 SALL2Q9Y467 1007 aaPredicted RBP22.36■■□□□ 1.17
GPC1-201ENST00000264039 P3H3Q8IVL6 736 aa22.36■■□□□ 1.17
GPC1-201ENST00000264039 GOLGA3Q08378 1498 aa22.34■■□□□ 1.17
GPC1-201ENST00000264039 PPP4R2Q9NY27 417 aa22.3■■□□□ 1.16
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