RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000412568.6

PTPRF-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 5

Gene PTPRF, Length 4,154 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-204	ENST00000412568	NFE2L2	Q16236	605 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PTPRF-204	ENST00000412568	NEXN	Q0ZGT2	675 aa		13.83	□□□□□ -0.19
PTPRF-204	ENST00000412568	GTF2E1	P29083	439 aa	Predicted RBP	13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	HDGFL1	Q5TGJ6	251 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	ACE	P12821	1306 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	RARS	P54136	660 aa	Known RBP	13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	TMEM57	Q8N5G2	664 aa		13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	DDX54	Q8TDD1	881 aa	Known RBP	13.83	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	ABCC10	Q5T3U5	1492 aa		13.82	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	HSP90AB2P	Q58FF8	381 aa		13.82	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	RIC3	Q7Z5B4	369 aa		13.82	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	TEX14	Q8IWB6	1497 aa		13.81	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	MBD5	Q9P267	1494 aa		13.81	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		13.81	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	MVP	Q14764	893 aa	Known RBP	13.81	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	UBTFL1	P0CB47	393 aa	Predicted RBP	13.8	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	GPATCH3	Q96I76	525 aa		13.8	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		13.8	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	ERCC6L2	Q5T890	1561 aa		13.8	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	PLEKHO1	Q53GL0	409 aa	Predicted RBP	13.8	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	TNR	Q92752	1358 aa		13.8	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	HDAC5	Q9UQL6	1122 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	ADGRL2	O95490	1459 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	ANO2	Q9NQ90	1003 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	CFAP44	Q96MT7	982 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	PRDM11	Q9NQV5	511 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	FAM177B	A6PVY3	158 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	SURF6	O75683	361 aa	Known RBP	13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	CCDC30	Q5VVM6	783 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	GEMIN5	Q8TEQ6	1508 aa	Known RBP eCLIP	13.79	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	GOLGA6L4	A6NEF3	574 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	TOM1L2	Q6ZVM7	507 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	L1TD1	Q5T7N2	865 aa	Known RBP	13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	AEBP1	Q8IUX7	1158 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	MYL6B	P14649	208 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	SPINK5	Q9NQ38	1064 aa	Predicted RBP	13.78	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	GBP4	Q96PP9	640 aa		13.77	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	TNN	Q9UQP3	1299 aa		13.77	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568	PARD3	Q8TEW0	1356 aa		13.77	□□□□□ -0.2
PTPRF-204	ENST00000412568		F6X3S4	739 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	DDX58	O95786	925 aa	Known RBP	13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	C22orf23	Q9BZE7	217 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	NUTM2B	A6NNL0	878 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	NUTM2E	B1AL46	878 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	IFIT2	P09913	472 aa	Known RBP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	NUTM2A	Q8IVF1	878 aa	Predicted RBP	13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	NFKBIB	Q15653	356 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	GSE1	Q14687	1217 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	ZRSR1	Q15695	479 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	ZMYM3	Q14202	1370 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	MPRIP	Q6WCQ1	1025 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	TAT	P17735	454 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	AAMP	Q13685	434 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	RBM42	Q9BTD8	480 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	DIAPH3	Q9NSV4	1193 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	UHRF1BP1L	A0JNW5	1464 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	RIMS2	Q9UQ26	1411 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	FRAT2	O75474	233 aa	Predicted RBP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	G3BP1	Q13283	466 aa	Known RBP eCLIP	13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	POLK	Q9UBT6	870 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	ST18	O60284	1047 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	ABCA8	O94911	1581 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	TRIM27	P14373	513 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	TULP1	O00294	542 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	HSPA2	P54652	639 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	NEUROD6	Q96NK8	337 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	TOMM22	Q9NS69	142 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	ISY1	Q9ULR0	285 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	PLEKHH1	Q9ULM0	1364 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	ATP7A	Q04656	1500 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	HSP90B1	P14625	803 aa	Known RBP	13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	CHRNA2	Q15822	529 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	SPATA31E1	Q6ZUB1	1445 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	KCNA6	P17658	529 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	SIL1	Q9H173	461 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	BTBD11	A6QL63	1104 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	PIP4K2B	P78356	416 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	PHACTR3	Q96KR7	559 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	ARID3A	Q99856	593 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	GNAT3	A8MTJ3	354 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	PTCD1	O75127	700 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	IL1RAPL2	Q9NP60	686 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	EXOC6B	Q9Y2D4	811 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	ANKRD36B	Q8N2N9	1353 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	ANXA1	P04083	346 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	MAP4K4	O95819	1239 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	IGHD	P01880	384 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	GNAI3	P08754	354 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	KRT24	Q2M2I5	525 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	TTC21B	Q7Z4L5	1316 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568		A0A1W2PP64	1363 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PTPRF-204	ENST00000412568	GNAI2	P04899	355 aa		13.71	□□□□□ -0.22
PTPRF-204	ENST00000412568	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	13.71	□□□□□ -0.22
PTPRF-204	ENST00000412568	GOLGA6L3	A6NEY3	463 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-204	ENST00000412568	MBIP	Q9NS73	344 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PTPRF-204	ENST00000412568	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		13.7	□□□□□ -0.22

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