RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000355233.9

PTPRD-201, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type D, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRD, Length 8,251 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Cytosol, Nucleus .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRD-201ENST00000355233 RRP12Q5JTH9 1297 aaKnown RBP5.89□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 JAKMIP3Q5VZ66 844 aa5.89□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 SOS1Q07889 1333 aaPredicted RBP5.89□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 MICALCLQ6ZW33 695 aa5.89□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 CD109Q6YHK3 1445 aa5.89□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 SHROOM2Q13796 1616 aa5.89□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 FMNL3Q8IVF7 1028 aa5.89□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 SHANK2Q9UPX8 1470 aa5.89□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa5.89□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 CTAGE5O15320 804 aa5.89□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 PDE4AP27815 886 aa5.89□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 PRIMPOLQ96LW4 560 aa5.89□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 PLXNC1O60486 1568 aa5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 PDCL3Q9H2J4 239 aa5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 PBRM1Q86U86 1689 aa5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 TXNDC2Q86VQ3 553 aa5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 DNAI2Q9GZS0 605 aa5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 TULP1O00294 542 aaPredicted RBP5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 C1orf141Q5JVX7 400 aa5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 CCDC83Q8IWF9 413 aa5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 AMOTL1Q8IY63 956 aa5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 SALL2Q9Y467 1007 aaPredicted RBP5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 UVSSAQ2YD98 709 aa5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 ZNF771Q7L3S4 317 aaPredicted RBP5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 ZNF396Q96N95 335 aaPredicted RBP5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 VIRMAQ69YN4 1812 aaKnown RBP5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 U2AF1L5P0DN76 240 aaPredicted RBP5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 U2AF1Q01081 240 aaKnown RBP eCLIP5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 TUBB2AQ13885 445 aa5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 CC2D1BQ5T0F9 858 aaKnown RBP5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 TUBB2BQ9BVA1 445 aa5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 PRKRIP1Q9H875 184 aaPredicted RBP5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 BRMS1Q9HCU9 246 aa5.88□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP5.87□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 SASS6Q6UVJ0 657 aa5.87□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 WDR63Q8IWG1 891 aa5.87□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 DYNC1I1O14576 645 aa5.87□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 NASPP49321 788 aaPredicted RBP5.87□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 DDX49Q9Y6V7 483 aaKnown RBP5.87□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 TRIM29Q14134 588 aa5.87□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 SYNE3Q6ZMZ3 975 aa5.87□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 LUZP1Q86V48 1076 aa5.87□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 PHF23Q9BUL5 403 aaPredicted RBP5.87□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 V9GYY5 206 aaPredicted RBP5.87□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 SOX12O15370 315 aa5.87□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 SF3B2Q13435 895 aaKnown RBP5.87□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 OLFM4Q6UX06 510 aa5.87□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 DDX58O95786 925 aaKnown RBP5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 DNAAF4Q8WXU2 420 aa5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 DENND4BO75064 1496 aaPredicted RBP5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 RUNDC1Q96C34 613 aa5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 GOLGA6L10A6NI86 522 aa5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 L3MBTL2Q969R5 705 aa5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 CGNQ9P2M7 1197 aaKnown RBP5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 GNAI1P63096 354 aa5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 NEUROD2Q15784 382 aa5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 TTC5Q8N0Z6 440 aa5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 ZSCAN31Q96LW9 406 aaPredicted RBP5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 WDR33Q9C0J8 1336 aaKnown RBP5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 H3BQV1 296 aa5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 KRT32Q14532 448 aa5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 IFFO2Q5TF58 517 aa5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 TRAK1Q9UPV9 953 aa5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 CDC45O75419 566 aa5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 SAFBQ15424 915 aaKnown RBP eCLIP5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 FILIP1LQ4L180 1135 aa5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 SRRTQ9BXP5 876 aaKnown RBP5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 PCF11O94913 1555 aaKnown RBP5.86□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 EPB41L2O43491 1005 aaKnown RBP5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 IVLP07476 585 aa5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 CCDC73Q6ZRK6 1079 aa5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 USH1CQ9Y6N9 552 aa5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 MYO1BO43795 1136 aa5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 KIAA0754O94854 1291 aa5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 GTF2E1P29083 439 aaPredicted RBP5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 MYO5CQ9NQX4 1742 aa5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 G3V3G9 751 aa5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 RGS3P49796 1198 aa5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 GSDMDP57764 484 aa5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 DCAF8Q5TAQ9 597 aa5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 AFAP1Q8N556 730 aa5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 CFAP45Q9UL16 551 aa5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 PAXBP1Q9Y5B6 917 aa5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 SMTNL1A8MU46 457 aa5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 CCDC192P0DO97 292 aa5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 CEP128Q6ZU80 1094 aa5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 SF3A1Q15459 793 aaKnown RBP5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 TPD52L1Q16890 204 aaPredicted RBP5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 CDKL5O76039 1030 aa5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 AKAP17AQ02040 695 aaKnown RBP5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 B4GALNT3Q6L9W6 998 aa5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 ZNF692Q9BU19 519 aaPredicted RBP5.85□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 KDM5DQ9BY66 1539 aa5.84□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 EHBP1Q8NDI1 1231 aa5.84□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 RAPGEF4Q8WZA2 1011 aa5.84□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 PUS7Q96PZ0 661 aaKnown RBP5.84□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP5.84□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 RAPGEF6Q8TEU7 1601 aa5.84□□□□□ -1.47
PTPRD-201ENST00000355233 AXDND1Q5T1B0 1012 aaPredicted RBP5.84□□□□□ -1.47
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 9.6 ms