RNA–Protein interactions for RNA: YOR054C

VHS3, Transcript of Negative regulatory subunit of protein phosphatase 1 Ppz1p, yeast

Gene VHS3, Length 2,025 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VHS3	YOR054C	VPS41	P38959	992 aa		4.72	□□□□□ -1.65
VHS3	YOR054C	COQ8	P27697	501 aa		4.72	□□□□□ -1.65
VHS3	YOR054C	GLC3	P32775	704 aa		4.72	□□□□□ -1.65
VHS3	YOR054C	MFT1	P33441	392 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
VHS3	YOR054C	RRP14	P36080	434 aa	Known RBP	4.72	□□□□□ -1.65
VHS3	YOR054C	RRT14	P40470	206 aa		4.72	□□□□□ -1.65
VHS3	YOR054C	YGL081W	P53156	320 aa		4.72	□□□□□ -1.65
VHS3	YOR054C	VPS30	Q02948	557 aa		4.72	□□□□□ -1.65
VHS3	YOR054C	RRP15	Q06511	250 aa	Predicted RBP	4.72	□□□□□ -1.65
VHS3	YOR054C	MDM38	Q08179	573 aa		4.72	□□□□□ -1.65
VHS3	YOR054C	MAM3	Q12296	706 aa		4.72	□□□□□ -1.65
VHS3	YOR054C	SEC39	Q12745	709 aa		4.72	□□□□□ -1.65
VHS3	YOR054C	YIL092W	P40497	633 aa		4.71	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	BDP1	P46678	594 aa		4.71	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	MRX12	P47084	519 aa		4.71	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	YMR1	P47147	688 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.71	□□□□□ -1.66	not detected
VHS3	YOR054C	ERV41	Q04651	352 aa		4.71	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	AIM7	Q12156	149 aa		4.71	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	RAD3	P06839	778 aa		4.7	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	MSH1	P25846	959 aa		4.7	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	BDH2	P39713	417 aa		4.7	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	KRE33	P53914	1056 aa	Known RBP	4.7	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	ARP5	P53946	755 aa		4.7	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	YNL050C	P53952	270 aa		4.7	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	TIM50	Q02776	476 aa		4.7	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	TLG2	Q08144	397 aa		4.7	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	PUP2	P32379	260 aa		4.7	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	SCT1	P32784	759 aa		4.7	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	MNR2	P35724	969 aa		4.7	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	TIF4632	P39936	914 aa	Known RBP	4.7	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	NPA3	P47122	385 aa		4.7	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	YNL035C	P53962	389 aa	Known RBP	4.7	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	NUP145	P49687	1317 aa		4.7	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	MLP1	Q02455	1875 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	TRK1	P12685	1235 aa		4.69	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	ZUO1	P32527	433 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	MAP2	P38174	421 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	IES2	P40154	320 aa		4.69	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	BUD27	P43573	796 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.69	□□□□□ -1.66	not detected
VHS3	YOR054C	RSC8	P43609	557 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	YNR029C	P53729	429 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	IMH1	Q06704	911 aa	Known RBP	4.69	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	TAF5	P38129	798 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	REF2	P42073	533 aa	Predicted RBP	4.68	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	SAP155	P43612	1002 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	PRP31	P49704	494 aa	Predicted RBP	4.68	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	PUF6	Q04373	656 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	ENT1	Q12518	454 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	UBP1	P25037	809 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	MPE1	P35728	441 aa	Known RBP	4.68	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	RSM25	P40496	264 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	SCY1	P53009	804 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	PXR1	P53335	271 aa	Predicted RBP	4.68	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	HST1	P53685	503 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	RIA1	P53893	1110 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	YVC1	Q12324	675 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	YKL068W-A	Q3E826	78 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	KRE5	P22023	1365 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	PSK1	P31374	1356 aa		4.68	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	MRC1	P25588	1096 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	RPS0A	P32905	252 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	VPS29	P38759	282 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	YGL082W	P53155	381 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	ENV9	Q08651	330 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	KEX1	P09620	729 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	DIT2	P21595	489 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	DID4	P36108	232 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	MRPL10	P36520	322 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	VPS20	Q04272	221 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	YPL225W	Q08971	146 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	APC11	Q12157	165 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	TOP1	P04786	769 aa		4.66	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	YEF3	P16521	1044 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	RPC82	P32349	654 aa		4.66	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	DLD1	P32891	587 aa		4.66	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	RIO2	P40160	425 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	NDC80	P40460	691 aa		4.66	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	NUP42	P49686	430 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	CWH41	P53008	833 aa		4.66	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	SSL2	Q00578	843 aa		4.66	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	GYL1	Q04322	720 aa		4.66	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	HRQ1	Q05549	1077 aa		4.66	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	SLP1	Q12232	587 aa		4.66	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	MSB4	Q12317	492 aa		4.66	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	URB1	P34241	1764 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	AUS1	Q08409	1394 aa		4.65	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	PET111	P08468	800 aa		4.65	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	KAR3	P17119	729 aa		4.65	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	HSP104	P31539	908 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	DPH5	P32469	300 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	OLA1	P38219	394 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	GUA1	P38625	525 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	RFC1	P38630	861 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	GTT3	P39996	337 aa		4.65	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	ALD3	P54114	506 aa		4.65	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	DNM1	P54861	757 aa		4.65	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	ORM2	Q06144	216 aa		4.65	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	PEX19	Q07418	342 aa		4.65	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	APL5	Q08951	932 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.66
VHS3	YOR054C	SSA1	P10591	642 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.67

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