RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000631023.2

CLN3-240, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 5 BASIC

Gene CLN3, Length 1,586 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-240ENST00000631023 ZFYVE9O95405 1425 aa30.6■■■□□ 2.49
CLN3-240ENST00000631023 PPP1R15AO75807 674 aaPredicted RBP30.59■■■□□ 2.49
CLN3-240ENST00000631023 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP30.59■■■□□ 2.49
CLN3-240ENST00000631023 CERKQ8TCT0 537 aa30.58■■■□□ 2.49
CLN3-240ENST00000631023 LTBP4Q8N2S1 1624 aa30.57■■■□□ 2.48
CLN3-240ENST00000631023 ZNF326Q5BKZ1 582 aaKnown RBP30.57■■■□□ 2.48
CLN3-240ENST00000631023 BCANQ96GW7 911 aa30.55■■■□□ 2.48
CLN3-240ENST00000631023 TRIM26Q12899 539 aaPredicted RBP30.54■■■□□ 2.48
CLN3-240ENST00000631023 CCDC144AA2RUR9 1427 aa30.54■■■□□ 2.48
CLN3-240ENST00000631023 PLEKHG1Q9ULL1 1385 aa30.51■■■□□ 2.48
CLN3-240ENST00000631023 NUTM2DQ5VT03 806 aaPredicted RBP30.49■■■□□ 2.47
CLN3-240ENST00000631023 CPS1P31327 1500 aa30.47■■■□□ 2.47
CLN3-240ENST00000631023 SLC26A8Q96RN1 970 aa30.46■■■□□ 2.47
CLN3-240ENST00000631023 SENP3Q9H4L4 574 aaPredicted RBP30.43■■■□□ 2.46
CLN3-240ENST00000631023 RPGRIP1LQ68CZ1 1315 aa30.43■■■□□ 2.46
CLN3-240ENST00000631023 STRCP1A6NGW2 1772 aa30.42■■■□□ 2.46
CLN3-240ENST00000631023 NEXMIFQ5QGS0 1516 aa30.42■■■□□ 2.46
CLN3-240ENST00000631023 IQSEC2Q5JU85 1478 aa30.42■■■□□ 2.46
CLN3-240ENST00000631023 FBXO41Q8TF61 875 aa30.41■■■□□ 2.46
CLN3-240ENST00000631023 VGFO15240 615 aaPredicted RBP30.39■■■□□ 2.46
CLN3-240ENST00000631023 TBX22Q9Y458 520 aa30.39■■■□□ 2.46
CLN3-240ENST00000631023 PPLO60437 1756 aa30.38■■■□□ 2.45
CLN3-240ENST00000631023 ANKRD30BQ9BXX2 1392 aa30.38■■■□□ 2.45
CLN3-240ENST00000631023 DIP2AQ14689 1571 aa30.37■■■□□ 2.45
CLN3-240ENST00000631023 RGL3Q3MIN7 710 aa30.37■■■□□ 2.45
CLN3-240ENST00000631023 SPATA31E1Q6ZUB1 1445 aa30.36■■■□□ 2.45
CLN3-240ENST00000631023 KCNA6P17658 529 aa30.35■■■□□ 2.45
CLN3-240ENST00000631023 CHD2O14647 1828 aaKnown RBP30.35■■■□□ 2.45
CLN3-240ENST00000631023 ADAMTS13Q76LX8 1427 aa30.34■■■□□ 2.45
CLN3-240ENST00000631023 SETBP1Q9Y6X0 1596 aa30.33■■■□□ 2.45
CLN3-240ENST00000631023 ILDR1Q86SU0 546 aaPredicted RBP30.32■■■□□ 2.44
CLN3-240ENST00000631023 NRXN3Q9Y4C0 1643 aa30.3■■■□□ 2.44
CLN3-240ENST00000631023 PIK3R4Q99570 1358 aa30.29■■■□□ 2.44
CLN3-240ENST00000631023 IFT172Q9UG01 1749 aa30.29■■■□□ 2.44
CLN3-240ENST00000631023 LRRC7Q96NW7 1537 aa30.29■■■□□ 2.44
CLN3-240ENST00000631023 NWD1Q149M9 1564 aa30.27■■■□□ 2.44
CLN3-240ENST00000631023 NKTRP30414 1462 aaKnown RBP30.24■■■□□ 2.43
CLN3-240ENST00000631023 PROSER2Q86WR7 435 aaPredicted RBP30.24■■■□□ 2.43
CLN3-240ENST00000631023 XIRP1Q702N8 1843 aaKnown RBP30.22■■■□□ 2.43
CLN3-240ENST00000631023 UBAP1LF5GYI3 381 aa30.2■■■□□ 2.43
CLN3-240ENST00000631023 ADGRF5Q8IZF2 1346 aa30.19■■■□□ 2.42
CLN3-240ENST00000631023 AMOTL2Q9Y2J4 779 aa30.18■■■□□ 2.42
CLN3-240ENST00000631023 ALKQ9UM73 1620 aa30.17■■■□□ 2.42
CLN3-240ENST00000631023 TOM1O60784 492 aa30.16■■■□□ 2.42
CLN3-240ENST00000631023 TMEM94Q12767 1356 aa30.16■■■□□ 2.42
CLN3-240ENST00000631023 METP08581 1390 aa30.15■■■□□ 2.42
CLN3-240ENST00000631023 SETD1AO15047 1707 aaKnown RBP30.14■■■□□ 2.42
CLN3-240ENST00000631023 PTPRUQ92729 1446 aa30.13■■■□□ 2.41
CLN3-240ENST00000631023 MYOM2P54296 1465 aa30.12■■■□□ 2.41
CLN3-240ENST00000631023 STAC3Q96MF2 364 aa30.11■■■□□ 2.41
CLN3-240ENST00000631023 XRN1Q8IZH2 1706 aaKnown RBP30.11■■■□□ 2.41
CLN3-240ENST00000631023 DHX57Q6P158 1386 aaKnown RBP30.1■■■□□ 2.41
CLN3-240ENST00000631023 RBM33Q96EV2 1170 aaKnown RBP30.1■■■□□ 2.41
CLN3-240ENST00000631023 PIK3C2GO75747 1445 aa30.1■■■□□ 2.41
CLN3-240ENST00000631023 DCAF11Q8TEB1 546 aa30.09■■■□□ 2.41
CLN3-240ENST00000631023 NCOA3Q9Y6Q9 1424 aa30.08■■■□□ 2.41
CLN3-240ENST00000631023 NRXN1Q9ULB1 1477 aa30.06■■■□□ 2.4
CLN3-240ENST00000631023 KDM2AQ9Y2K7 1162 aa30.06■■■□□ 2.4
CLN3-240ENST00000631023 C14orf37Q86TY3 774 aa30.05■■■□□ 2.4
CLN3-240ENST00000631023 PCGF6Q9BYE7 350 aa30.05■■■□□ 2.4
CLN3-240ENST00000631023 MSH6P52701 1360 aa30.05■■■□□ 2.4
CLN3-240ENST00000631023 LAMC1P11047 1609 aa30.03■■■□□ 2.4
CLN3-240ENST00000631023 SCAF1Q9H7N4 1312 aaKnown RBP30.03■■■□□ 2.4
CLN3-240ENST00000631023 C14orf93Q9H972 538 aaKnown RBP30.03■■■□□ 2.4
CLN3-240ENST00000631023 PIP4K2BP78356 416 aa30.02■■■□□ 2.4
CLN3-240ENST00000631023 C19orf44Q9H6X5 657 aa29.98■■■□□ 2.39
CLN3-240ENST00000631023 SIN3AQ96ST3 1273 aa29.98■■■□□ 2.39
CLN3-240ENST00000631023 CFAP70Q5T0N1 1121 aa29.97■■■□□ 2.39
CLN3-240ENST00000631023 PTCH1Q13635 1447 aa29.96■■■□□ 2.39
CLN3-240ENST00000631023 NEUROD1Q13562 356 aa29.96■■■□□ 2.39
CLN3-240ENST00000631023 TMEM132EQ6IEE7 984 aa29.96■■■□□ 2.39
CLN3-240ENST00000631023 PRAG1Q86YV5 1406 aa29.96■■■□□ 2.39
CLN3-240ENST00000631023 SIPA1L2Q9P2F8 1722 aaPredicted RBP29.95■■■□□ 2.39
CLN3-240ENST00000631023 STK26Q9P289 416 aa29.94■■■□□ 2.38
CLN3-240ENST00000631023 LRPPRCP42704 1394 aaKnown RBP29.93■■■□□ 2.38
CLN3-240ENST00000631023 ROBO2Q9HCK4 1378 aa29.92■■■□□ 2.38
CLN3-240ENST00000631023 ATF3P18847 181 aa29.92■■■□□ 2.38
CLN3-240ENST00000631023 CADPS2Q86UW7 1296 aa29.92■■■□□ 2.38
CLN3-240ENST00000631023 ASXL1Q8IXJ9 1541 aa29.92■■■□□ 2.38
CLN3-240ENST00000631023 KNDC1Q76NI1 1749 aa29.91■■■□□ 2.38
CLN3-240ENST00000631023 YTHDC2Q9H6S0 1430 aaKnown RBP29.91■■■□□ 2.38
CLN3-240ENST00000631023 ABCC11Q96J66 1382 aa29.91■■■□□ 2.38
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CLN3-240ENST00000631023 TECPR2O15040 1411 aa29.89■■■□□ 2.37
CLN3-240ENST00000631023 L3MBTL2Q969R5 705 aa29.87■■■□□ 2.37
CLN3-240ENST00000631023 DCCP43146 1447 aa29.87■■■□□ 2.37
CLN3-240ENST00000631023 ADGRL3Q9HAR2 1447 aa29.86■■■□□ 2.37
CLN3-240ENST00000631023 NALCNQ8IZF0 1738 aa29.86■■■□□ 2.37
CLN3-240ENST00000631023 FAM135BQ49AJ0 1406 aa29.84■■■□□ 2.37
CLN3-240ENST00000631023 KIAA1210Q9ULL0 1709 aa29.83■■■□□ 2.37
CLN3-240ENST00000631023 SIRT1Q96EB6 747 aa29.83■■■□□ 2.37
CLN3-240ENST00000631023 ADGRB1O14514 1584 aa29.82■■■□□ 2.36
CLN3-240ENST00000631023 ROBO1Q9Y6N7 1651 aa29.81■■■□□ 2.36
CLN3-240ENST00000631023 HSPA1LP34931 641 aa29.8■■■□□ 2.36
CLN3-240ENST00000631023 WAPLQ7Z5K2 1190 aa29.8■■■□□ 2.36
CLN3-240ENST00000631023 DLC1Q96QB1 1528 aa29.76■■■□□ 2.35
CLN3-240ENST00000631023 TONSLQ96HA7 1378 aa29.76■■■□□ 2.35
CLN3-240ENST00000631023 TRAK1Q9UPV9 953 aa29.74■■■□□ 2.35
CLN3-240ENST00000631023 POGKQ9P215 609 aa29.73■■■□□ 2.35
CLN3-240ENST00000631023 PLEKHH1Q9ULM0 1364 aa29.73■■■□□ 2.35
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