RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000462335.1

PKP4-208, Transcript of plakophilin 4, human

TSL 4

Gene PKP4, Length 561 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Cytosol .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PKP4-208	ENST00000462335	CERK	Q8TCT0	537 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PKP4-208	ENST00000462335	SLC26A8	Q96RN1	970 aa		13.96	□□□□□ -0.17
PKP4-208	ENST00000462335	SLIT1	O75093	1534 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PKP4-208	ENST00000462335	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	13.95	□□□□□ -0.18
PKP4-208	ENST00000462335	TRPM2	O94759	1503 aa		13.95	□□□□□ -0.18
PKP4-208	ENST00000462335	TMEM131L	A2VDJ0	1609 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PKP4-208	ENST00000462335	MYO5B	Q9ULV0	1848 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PKP4-208	ENST00000462335	IQGAP1	P46940	1657 aa		13.94	□□□□□ -0.18
PKP4-208	ENST00000462335	ARHGAP23	Q9P227	1491 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PKP4-208	ENST00000462335	RPGRIP1L	Q68CZ1	1315 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PKP4-208	ENST00000462335	MED14	O60244	1454 aa		13.93	□□□□□ -0.18
PKP4-208	ENST00000462335	CLTCL1	P53675	1640 aa		13.92	□□□□□ -0.18
PKP4-208	ENST00000462335	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		13.91	□□□□□ -0.18
PKP4-208	ENST00000462335	PLEKHG1	Q9ULL1	1385 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PKP4-208	ENST00000462335	NEURL4	Q96JN8	1562 aa		13.9	□□□□□ -0.18
PKP4-208	ENST00000462335	C14orf37	Q86TY3	774 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PKP4-208	ENST00000462335	PROSER2	Q86WR7	435 aa	Predicted RBP	13.89	□□□□□ -0.19
PKP4-208	ENST00000462335	TBX22	Q9Y458	520 aa		13.89	□□□□□ -0.19
PKP4-208	ENST00000462335	KCNA6	P17658	529 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PKP4-208	ENST00000462335	ZFYVE9	O95405	1425 aa		13.88	□□□□□ -0.19
PKP4-208	ENST00000462335	SCAF1	Q9H7N4	1312 aa	Known RBP	13.87	□□□□□ -0.19
PKP4-208	ENST00000462335	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PKP4-208	ENST00000462335	FBXO41	Q8TF61	875 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PKP4-208	ENST00000462335	KDM2A	Q9Y2K7	1162 aa		13.86	□□□□□ -0.19
PKP4-208	ENST00000462335	CPS1	P31327	1500 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PKP4-208	ENST00000462335	ANKRD30B	Q9BXX2	1392 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PKP4-208	ENST00000462335	TOM1	O60784	492 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PKP4-208	ENST00000462335	NEUROD1	Q13562	356 aa		13.85	□□□□□ -0.19
PKP4-208	ENST00000462335	DCAF11	Q8TEB1	546 aa		13.84	□□□□□ -0.19
PKP4-208	ENST00000462335	AMOTL2	Q9Y2J4	779 aa		13.82	□□□□□ -0.2
PKP4-208	ENST00000462335	STAC3	Q96MF2	364 aa		13.81	□□□□□ -0.2
PKP4-208	ENST00000462335	NEXMIF	Q5QGS0	1516 aa		13.8	□□□□□ -0.2
PKP4-208	ENST00000462335	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		13.8	□□□□□ -0.2
PKP4-208	ENST00000462335	PIP4K2B	P78356	416 aa		13.8	□□□□□ -0.2
PKP4-208	ENST00000462335	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	13.8	□□□□□ -0.2
PKP4-208	ENST00000462335	PIK3R4	Q99570	1358 aa		13.8	□□□□□ -0.2
PKP4-208	ENST00000462335	RBM33	Q96EV2	1170 aa	Known RBP	13.79	□□□□□ -0.2
PKP4-208	ENST00000462335	SPATA31E1	Q6ZUB1	1445 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PKP4-208	ENST00000462335	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PKP4-208	ENST00000462335	DIP2A	Q14689	1571 aa		13.79	□□□□□ -0.2
PKP4-208	ENST00000462335	STK26	Q9P289	416 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PKP4-208	ENST00000462335	ADGRF5	Q8IZF2	1346 aa		13.78	□□□□□ -0.2
PKP4-208	ENST00000462335	ATF3	P18847	181 aa		13.77	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	PPL	O60437	1756 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	ADAMTS13	Q76LX8	1427 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	MSH6	P52701	1360 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	TMEM94	Q12767	1356 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	SIN3A	Q96ST3	1273 aa		13.76	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	SETBP1	Q9Y6X0	1596 aa		13.75	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	LRRC7	Q96NW7	1537 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	MET	P08581	1390 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	CHD2	O14647	1828 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	TMEM132E	Q6IEE7	984 aa		13.74	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	CCER1	Q8TC90	406 aa	Predicted RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	NKTR	P30414	1462 aa	Known RBP	13.74	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	CFAP70	Q5T0N1	1121 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	C19orf44	Q9H6X5	657 aa		13.73	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	ALK	Q9UM73	1620 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	CADPS2	Q86UW7	1296 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	C14orf93	Q9H972	538 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	POGK	Q9P215	609 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	STRCP1	A6NGW2	1772 aa		13.72	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	TONSL	Q96HA7	1378 aa		13.71	□□□□□ -0.21
PKP4-208	ENST00000462335	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		13.7	□□□□□ -0.22
PKP4-208	ENST00000462335	MYOM2	P54296	1465 aa		13.69	□□□□□ -0.22
PKP4-208	ENST00000462335	NRXN3	Q9Y4C0	1643 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PKP4-208	ENST00000462335	IFT172	Q9UG01	1749 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PKP4-208	ENST00000462335	NWD1	Q149M9	1564 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PKP4-208	ENST00000462335	PIK3C2G	O75747	1445 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PKP4-208	ENST00000462335	PTPRU	Q92729	1446 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PKP4-208	ENST00000462335	NCOA3	Q9Y6Q9	1424 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PKP4-208	ENST00000462335	SLAIN2	Q9P270	581 aa		13.68	□□□□□ -0.22
PKP4-208	ENST00000462335	TRAK1	Q9UPV9	953 aa		13.67	□□□□□ -0.22
PKP4-208	ENST00000462335	SAFB2	Q14151	953 aa	Known RBP eCLIP	13.66	□□□□□ -0.22
PKP4-208	ENST00000462335	LRPPRC	P42704	1394 aa	Known RBP	13.66	□□□□□ -0.22
PKP4-208	ENST00000462335	WAPL	Q7Z5K2	1190 aa		13.65	□□□□□ -0.22
PKP4-208	ENST00000462335	YTHDC2	Q9H6S0	1430 aa	Known RBP	13.64	□□□□□ -0.23
PKP4-208	ENST00000462335	LAMC1	P11047	1609 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PKP4-208	ENST00000462335	ABCC11	Q96J66	1382 aa		13.64	□□□□□ -0.23
PKP4-208	ENST00000462335	ROBO2	Q9HCK4	1378 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PKP4-208	ENST00000462335	SIRT1	Q96EB6	747 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PKP4-208	ENST00000462335	PRAM1	Q96QH2	718 aa		13.63	□□□□□ -0.23
PKP4-208	ENST00000462335	PTCH1	Q13635	1447 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PKP4-208	ENST00000462335	CLSPN	Q9HAW4	1339 aa		13.62	□□□□□ -0.23
PKP4-208	ENST00000462335	XRN1	Q8IZH2	1706 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
PKP4-208	ENST00000462335	NRXN1	Q9ULB1	1477 aa		13.61	□□□□□ -0.23
PKP4-208	ENST00000462335	XIRP1	Q702N8	1843 aa	Known RBP	13.61	□□□□□ -0.23
PKP4-208	ENST00000462335	HSPA1L	P34931	641 aa		13.6	□□□□□ -0.23
PKP4-208	ENST00000462335	PRAG1	Q86YV5	1406 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PKP4-208	ENST00000462335	ADGRL3	Q9HAR2	1447 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PKP4-208	ENST00000462335	NUTM2F	A1L443	756 aa		13.59	□□□□□ -0.23
PKP4-208	ENST00000462335	SETD1A	O15047	1707 aa	Known RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PKP4-208	ENST00000462335	SIPA1L2	Q9P2F8	1722 aa	Predicted RBP	13.59	□□□□□ -0.23
PKP4-208	ENST00000462335	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	13.58	□□□□□ -0.23
PKP4-208	ENST00000462335	NBPF1	Q3BBV0	1214 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PKP4-208	ENST00000462335	ESCO1	Q5FWF5	840 aa		13.58	□□□□□ -0.24
PKP4-208	ENST00000462335	MINK1	Q8N4C8	1332 aa	Predicted RBP	13.58	□□□□□ -0.24
PKP4-208	ENST00000462335	DCC	P43146	1447 aa		13.57	□□□□□ -0.24
PKP4-208	ENST00000462335	FAM135B	Q49AJ0	1406 aa		13.57	□□□□□ -0.24

Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 6.3 ms