RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000532029.6

LRRK1-208, Transcript of leucine rich repeat kinase 1, human

TSL 1 (best) BASIC

Gene LRRK1, Length 1,241 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Cytoplasm, Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
LRRK1-208	ENST00000532029	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		33.55	■■■□□ 2.96
LRRK1-208	ENST00000532029	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	33.53	■■■□□ 2.96
LRRK1-208	ENST00000532029	HFM1	A2PYH4	1435 aa		33.51	■■■□□ 2.95
LRRK1-208	ENST00000532029	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		33.51	■■■□□ 2.95
LRRK1-208	ENST00000532029	NAIP	Q13075	1403 aa		33.5	■■■□□ 2.95
LRRK1-208	ENST00000532029	GCC2	Q8IWJ2	1684 aa		33.49	■■■□□ 2.95
LRRK1-208	ENST00000532029	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	33.47	■■■□□ 2.95
LRRK1-208	ENST00000532029	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		33.47	■■■□□ 2.95
LRRK1-208	ENST00000532029	PTPRM	P28827	1452 aa		33.46	■■■□□ 2.95
LRRK1-208	ENST00000532029	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		33.46	■■■□□ 2.95
LRRK1-208	ENST00000532029	DEPDC5	O75140	1603 aa		33.46	■■■□□ 2.95
LRRK1-208	ENST00000532029	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		33.46	■■■□□ 2.95
LRRK1-208	ENST00000532029	KDM5D	Q9BY66	1539 aa		33.45	■■■□□ 2.95
LRRK1-208	ENST00000532029	KANK1	Q14678	1352 aa		33.45	■■■□□ 2.94
LRRK1-208	ENST00000532029	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	33.44	■■■□□ 2.94
LRRK1-208	ENST00000532029	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	33.44	■■■□□ 2.94
LRRK1-208	ENST00000532029	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		33.4	■■■□□ 2.94
LRRK1-208	ENST00000532029	MROH2A	A6NES4	1674 aa		33.39	■■■□□ 2.94
LRRK1-208	ENST00000532029	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	33.39	■■■□□ 2.94
LRRK1-208	ENST00000532029	UNC13B	O14795	1591 aa		33.38	■■■□□ 2.93
LRRK1-208	ENST00000532029	ABCC3	O15438	1527 aa		33.38	■■■□□ 2.93
LRRK1-208	ENST00000532029	ZMYM3	Q14202	1370 aa		33.36	■■■□□ 2.93
LRRK1-208	ENST00000532029	TRIM26	Q12899	539 aa	Predicted RBP	33.36	■■■□□ 2.93
LRRK1-208	ENST00000532029	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	33.33	■■■□□ 2.93
LRRK1-208	ENST00000532029	SETD5	Q9C0A6	1442 aa		33.33	■■■□□ 2.93
LRRK1-208	ENST00000532029	CEP152	O94986	1710 aa		33.33	■■■□□ 2.93
LRRK1-208	ENST00000532029	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		33.32	■■■□□ 2.92
LRRK1-208	ENST00000532029	C3	P01024	1663 aa		33.32	■■■□□ 2.92
LRRK1-208	ENST00000532029	NUP155	O75694	1391 aa		33.3	■■■□□ 2.92
LRRK1-208	ENST00000532029	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		33.28	■■■□□ 2.92
LRRK1-208	ENST00000532029	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		33.27	■■■□□ 2.92
LRRK1-208	ENST00000532029	TRIM52	Q96A61	297 aa		33.26	■■■□□ 2.91
LRRK1-208	ENST00000532029	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		33.24	■■■□□ 2.91
LRRK1-208	ENST00000532029	PZP	P20742	1482 aa		33.23	■■■□□ 2.91
LRRK1-208	ENST00000532029	ACIN1	Q9UKV3	1341 aa	Known RBP	33.21	■■■□□ 2.91
LRRK1-208	ENST00000532029	RAB3GAP2	Q9H2M9	1393 aa		33.21	■■■□□ 2.91
LRRK1-208	ENST00000532029	TET3	O43151	1660 aa		33.19	■■■□□ 2.9
LRRK1-208	ENST00000532029	NPAT	Q14207	1427 aa		33.19	■■■□□ 2.9
LRRK1-208	ENST00000532029	ARHGAP31	Q2M1Z3	1444 aa		33.19	■■■□□ 2.9
LRRK1-208	ENST00000532029	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		33.18	■■■□□ 2.9
LRRK1-208	ENST00000532029	FBXO31	Q5XUX0	539 aa	Predicted RBP	33.15	■■■□□ 2.9
LRRK1-208	ENST00000532029	ERVK-7	P63135	1459 aa		33.1	■■■□□ 2.89
LRRK1-208	ENST00000532029	TNR	Q92752	1358 aa		33.09	■■■□□ 2.89
LRRK1-208	ENST00000532029	HRC	P23327	699 aa		33.09	■■■□□ 2.89
LRRK1-208	ENST00000532029	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	33.09	■■■□□ 2.89
LRRK1-208	ENST00000532029	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	33.08	■■■□□ 2.89
LRRK1-208	ENST00000532029	SPATA31D1	Q6ZQQ2	1576 aa		33.08	■■■□□ 2.89
LRRK1-208	ENST00000532029	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		33.07	■■■□□ 2.88
LRRK1-208	ENST00000532029	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		33.05	■■■□□ 2.88
LRRK1-208	ENST00000532029		E9PCH4	1651 aa		33.05	■■■□□ 2.88
LRRK1-208	ENST00000532029	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	33.04	■■■□□ 2.88
LRRK1-208	ENST00000532029	CFAP65	Q6ZU64	1925 aa	Known RBP	33.02	■■■□□ 2.88
LRRK1-208	ENST00000532029	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		33	■■■□□ 2.87
LRRK1-208	ENST00000532029	PKD2	Q13563	968 aa		33	■■■□□ 2.87
LRRK1-208	ENST00000532029	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		33	■■■□□ 2.87
LRRK1-208	ENST00000532029	NOS1	P29475	1434 aa		32.98	■■■□□ 2.87
LRRK1-208	ENST00000532029	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		32.95	■■■□□ 2.87
LRRK1-208	ENST00000532029	NLRP1	Q9C000	1473 aa		32.95	■■■□□ 2.87
LRRK1-208	ENST00000532029	PCGF6	Q9BYE7	350 aa		32.94	■■■□□ 2.86
LRRK1-208	ENST00000532029	SYNM	O15061	1565 aa		32.92	■■■□□ 2.86
LRRK1-208	ENST00000532029	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	32.92	■■■□□ 2.86
LRRK1-208	ENST00000532029	A2ML1	A8K2U0	1454 aa		32.91	■■■□□ 2.86
LRRK1-208	ENST00000532029	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	32.9	■■■□□ 2.86
LRRK1-208	ENST00000532029	SLC52A1	Q9NWF4	448 aa		32.88	■■■□□ 2.85
LRRK1-208	ENST00000532029	SPHKAP	Q2M3C7	1700 aa		32.87	■■■□□ 2.85
LRRK1-208	ENST00000532029	PTPRT	O14522	1441 aa		32.86	■■■□□ 2.85
LRRK1-208	ENST00000532029	FOXD1	Q16676	465 aa		32.86	■■■□□ 2.85
LRRK1-208	ENST00000532029	HSPA2	P54652	639 aa		32.84	■■■□□ 2.85
LRRK1-208	ENST00000532029	IDI1	Q13907	227 aa		32.84	■■■□□ 2.85
LRRK1-208	ENST00000532029	STAG3	Q9UJ98	1225 aa		32.82	■■■□□ 2.84
LRRK1-208	ENST00000532029	UGGT1	Q9NYU2	1555 aa		32.82	■■■□□ 2.84
LRRK1-208	ENST00000532029	TRPM2	O94759	1503 aa		32.82	■■■□□ 2.84
LRRK1-208	ENST00000532029	PIK3C2B	O00750	1634 aa		32.8	■■■□□ 2.84
LRRK1-208	ENST00000532029	THEMIS	Q8N1K5	641 aa	Predicted RBP	32.79	■■■□□ 2.84
LRRK1-208	ENST00000532029	PLA2R1	Q13018	1463 aa		32.78	■■■□□ 2.84
LRRK1-208	ENST00000532029	UBR1	Q8IWV7	1749 aa		32.74	■■■□□ 2.83
LRRK1-208	ENST00000532029	ADGRB3	O60242	1522 aa		32.74	■■■□□ 2.83
LRRK1-208	ENST00000532029	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	32.74	■■■□□ 2.83
LRRK1-208	ENST00000532029	KDM5A	P29375	1690 aa	Known RBP	32.72	■■■□□ 2.83
LRRK1-208	ENST00000532029	CLTCL1	P53675	1640 aa		32.71	■■■□□ 2.83
LRRK1-208	ENST00000532029	CCDC144A	A2RUR9	1427 aa		32.69	■■■□□ 2.82
LRRK1-208	ENST00000532029	TMEM131L	A2VDJ0	1609 aa		32.66	■■■□□ 2.82
LRRK1-208	ENST00000532029	ANKRD30B	Q9BXX2	1392 aa		32.64	■■■□□ 2.82
LRRK1-208	ENST00000532029	TMEM2	Q9UHN6	1383 aa		32.62	■■■□□ 2.81
LRRK1-208	ENST00000532029	DHX57	Q6P158	1386 aa	Known RBP	32.61	■■■□□ 2.81
LRRK1-208	ENST00000532029	ANKLE2	Q86XL3	938 aa		32.61	■■■□□ 2.81
LRRK1-208	ENST00000532029	SLIT1	O75093	1534 aa		32.61	■■■□□ 2.81
LRRK1-208	ENST00000532029	KIF1B	O60333	1816 aa		32.61	■■■□□ 2.81
LRRK1-208	ENST00000532029	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		32.59	■■■□□ 2.81
LRRK1-208	ENST00000532029	ARHGAP23	Q9P227	1491 aa		32.59	■■■□□ 2.81
LRRK1-208	ENST00000532029	MYO5B	Q9ULV0	1848 aa		32.58	■■■□□ 2.81
LRRK1-208	ENST00000532029	ZNF326	Q5BKZ1	582 aa	Known RBP	32.58	■■■□□ 2.81
LRRK1-208	ENST00000532029	EID1	Q9Y6B2	187 aa		32.58	■■■□□ 2.81
LRRK1-208	ENST00000532029	STRC	Q7RTU9	1775 aa		32.55	■■■□□ 2.8
LRRK1-208	ENST00000532029	TXNDC2	Q86VQ3	553 aa		32.55	■■■□□ 2.8
LRRK1-208	ENST00000532029	RIMS2	Q9UQ26	1411 aa		32.54	■■■□□ 2.8
LRRK1-208	ENST00000532029	HDGF	P51858	240 aa	Known RBP	32.54	■■■□□ 2.8
LRRK1-208	ENST00000532029	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	32.53	■■■□□ 2.8
LRRK1-208	ENST00000532029	SCAF11	Q99590	1463 aa	Known RBP	32.53	■■■□□ 2.8
LRRK1-208	ENST00000532029	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		32.52	■■■□□ 2.8

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