RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000486549.5

USP4-212, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, humanhuman

TSL 5

Gene USP4, Length 749 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4-212ENST00000486549 PPP6R1Q9UPN7 881 aa22.59■■□□□ 1.21
USP4-212ENST00000486549 ADGRL2O95490 1459 aa22.58■■□□□ 1.2
USP4-212ENST00000486549 RNF17Q9BXT8 1623 aaKnown RBP22.57■■□□□ 1.2
USP4-212ENST00000486549 PTPRKQ15262 1439 aa22.57■■□□□ 1.2
USP4-212ENST00000486549 NCOA1Q15788 1441 aa22.57■■□□□ 1.2
USP4-212ENST00000486549 RRBP1Q9P2E9 1410 aaKnown RBP22.57■■□□□ 1.2
USP4-212ENST00000486549 ERBINQ96RT1 1412 aa22.56■■□□□ 1.2
USP4-212ENST00000486549 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP22.54■■□□□ 1.2
USP4-212ENST00000486549 DROSHAQ9NRR4 1374 aaKnown RBP eCLIP22.54■■□□□ 1.2
USP4-212ENST00000486549 KDM5DQ9BY66 1539 aa22.54■■□□□ 1.2
USP4-212ENST00000486549 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa22.54■■□□□ 1.2
USP4-212ENST00000486549 PREX1Q8TCU6 1659 aa22.53■■□□□ 1.2
USP4-212ENST00000486549 HSPA2P54652 639 aa22.53■■□□□ 1.2
USP4-212ENST00000486549 MROH1Q8NDA8 1641 aa22.52■■□□□ 1.2
USP4-212ENST00000486549 ZMYM3Q14202 1370 aa22.51■■□□□ 1.19
USP4-212ENST00000486549 FAM135AQ9P2D6 1515 aa22.5■■□□□ 1.19
USP4-212ENST00000486549 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa22.5■■□□□ 1.19
USP4-212ENST00000486549 CEP152O94986 1710 aa22.49■■□□□ 1.19
USP4-212ENST00000486549 DMRT2Q9Y5R5 561 aa22.49■■□□□ 1.19
USP4-212ENST00000486549 ZC3H13Q5T200 1668 aaKnown RBP22.48■■□□□ 1.19
USP4-212ENST00000486549 NPATQ14207 1427 aa22.48■■□□□ 1.19
USP4-212ENST00000486549 ABCC3O15438 1527 aa22.47■■□□□ 1.19
USP4-212ENST00000486549 PRDM15P57071 1507 aaPredicted RBP22.47■■□□□ 1.19
USP4-212ENST00000486549 DEPDC5O75140 1603 aa22.46■■□□□ 1.19
USP4-212ENST00000486549 ROCK1Q13464 1354 aa22.46■■□□□ 1.19
USP4-212ENST00000486549 ILDR1Q86SU0 546 aaPredicted RBP22.45■■□□□ 1.18
USP4-212ENST00000486549 GRWD1Q9BQ67 446 aaKnown RBP eCLIP22.45■■□□□ 1.187e-6■□□□□ 10.8
USP4-212ENST00000486549 ANKRD50Q9ULJ7 1429 aa22.45■■□□□ 1.18
USP4-212ENST00000486549 CAMSAP1Q5T5Y3 1602 aa22.42■■□□□ 1.18
USP4-212ENST00000486549 PZPP20742 1482 aa22.41■■□□□ 1.18
USP4-212ENST00000486549 KANK1Q14678 1352 aa22.39■■□□□ 1.18
USP4-212ENST00000486549 MYO3AQ8NEV4 1616 aa22.39■■□□□ 1.18
USP4-212ENST00000486549 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP22.37■■□□□ 1.17
USP4-212ENST00000486549 CFAP65Q6ZU64 1925 aaKnown RBP22.36■■□□□ 1.17
USP4-212ENST00000486549 FBXO41Q8TF61 875 aa22.36■■□□□ 1.17
USP4-212ENST00000486549 UNC13BO14795 1591 aa22.35■■□□□ 1.17
USP4-212ENST00000486549 VWDEQ8N2E2 1590 aa22.35■■□□□ 1.17
USP4-212ENST00000486549 GCC2Q8IWJ2 1684 aa22.34■■□□□ 1.17
USP4-212ENST00000486549 ZNF142P52746 1687 aaPredicted RBP22.33■■□□□ 1.16
USP4-212ENST00000486549 TNRQ92752 1358 aa22.32■■□□□ 1.16
USP4-212ENST00000486549 CEP170BQ9Y4F5 1589 aaPredicted RBP22.31■■□□□ 1.16
USP4-212ENST00000486549 LMTK2Q8IWU2 1503 aa22.31■■□□□ 1.16
USP4-212ENST00000486549 PTPRTO14522 1441 aa22.3■■□□□ 1.16
USP4-212ENST00000486549 SPATA31D1Q6ZQQ2 1576 aa22.29■■□□□ 1.16
USP4-212ENST00000486549 ERVK-7P63135 1459 aa22.29■■□□□ 1.16
USP4-212ENST00000486549 EFCAB6Q5THR3 1501 aa22.28■■□□□ 1.16
USP4-212ENST00000486549 NAIPQ13075 1403 aa22.28■■□□□ 1.16
USP4-212ENST00000486549 ARHGAP31Q2M1Z3 1444 aa22.27■■□□□ 1.16
USP4-212ENST00000486549 TET3O43151 1660 aa22.26■■□□□ 1.15
USP4-212ENST00000486549 STRCQ7RTU9 1775 aa22.26■■□□□ 1.15
USP4-212ENST00000486549 IQGAP3Q86VI3 1631 aa22.26■■□□□ 1.15
USP4-212ENST00000486549 A2ML1A8K2U0 1454 aa22.26■■□□□ 1.15
USP4-212ENST00000486549 HFM1A2PYH4 1435 aa22.25■■□□□ 1.15
USP4-212ENST00000486549 PKD2Q13563 968 aa22.25■■□□□ 1.15
USP4-212ENST00000486549 CERKQ8TCT0 537 aa22.25■■□□□ 1.15
USP4-212ENST00000486549 NUP155O75694 1391 aa22.24■■□□□ 1.15
USP4-212ENST00000486549 PLA2R1Q13018 1463 aa22.22■■□□□ 1.15
USP4-212ENST00000486549 NLRP1Q9C000 1473 aa22.22■■□□□ 1.15
USP4-212ENST00000486549 E9PCH4 1651 aa22.19■■□□□ 1.14
USP4-212ENST00000486549 UGGT1Q9NYU2 1555 aa22.18■■□□□ 1.14
USP4-212ENST00000486549 SYNMO15061 1565 aa22.17■■□□□ 1.14
USP4-212ENST00000486549 RPRD2Q5VT52 1461 aaKnown RBP22.16■■□□□ 1.14
USP4-212ENST00000486549 THEMISQ8N1K5 641 aaPredicted RBP22.15■■□□□ 1.14
USP4-212ENST00000486549 PIK3C2BO00750 1634 aa22.14■■□□□ 1.14
USP4-212ENST00000486549 TRIM52Q96A61 297 aa22.14■■□□□ 1.13
USP4-212ENST00000486549 UBR1Q8IWV7 1749 aa22.14■■□□□ 1.13
USP4-212ENST00000486549 NOS1P29475 1434 aa22.14■■□□□ 1.13
USP4-212ENST00000486549 NCKAP5LQ9HCH0 1330 aa22.13■■□□□ 1.13
USP4-212ENST00000486549 POLR1AO95602 1720 aaPredicted RBP22.11■■□□□ 1.13
USP4-212ENST00000486549 ANKLE2Q86XL3 938 aa22.09■■□□□ 1.13
USP4-212ENST00000486549 SETD5Q9C0A6 1442 aa22.07■■□□□ 1.12
USP4-212ENST00000486549 IDI1Q13907 227 aa22.07■■□□□ 1.12
USP4-212ENST00000486549 STAG3Q9UJ98 1225 aa22.07■■□□□ 1.12
USP4-212ENST00000486549 SPHKAPQ2M3C7 1700 aa22.06■■□□□ 1.12
USP4-212ENST00000486549 IQSEC2Q5JU85 1478 aa22.06■■□□□ 1.12
USP4-212ENST00000486549 ADGRB3O60242 1522 aa22.05■■□□□ 1.12
USP4-212ENST00000486549 KDM5AP29375 1690 aaKnown RBP22.04■■□□□ 1.12
USP4-212ENST00000486549 NEURL4Q96JN8 1562 aa22.04■■□□□ 1.12
USP4-212ENST00000486549 SLC52A1Q9NWF4 448 aa22.03■■□□□ 1.12
USP4-212ENST00000486549 MYO5BQ9ULV0 1848 aa22.03■■□□□ 1.12
USP4-212ENST00000486549 SLC4A1APQ9BWU0 796 aaKnown RBP22.02■■□□□ 1.12
USP4-212ENST00000486549 LTBP4Q8N2S1 1624 aa22.02■■□□□ 1.11
USP4-212ENST00000486549 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa22■■□□□ 1.11
USP4-212ENST00000486549 SLIT1O75093 1534 aa21.99■■□□□ 1.11
USP4-212ENST00000486549 ARHGAP23Q9P227 1491 aa21.98■■□□□ 1.11
USP4-212ENST00000486549 CHGAP10645 457 aaKnown RBP21.98■■□□□ 1.11
USP4-212ENST00000486549 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP21.98■■□□□ 1.11
USP4-212ENST00000486549 TMEM131LA2VDJ0 1609 aa21.98■■□□□ 1.11
USP4-212ENST00000486549 IQGAP1P46940 1657 aa21.97■■□□□ 1.11
USP4-212ENST00000486549 SCAF11Q99590 1463 aaKnown RBP21.96■■□□□ 1.11
USP4-212ENST00000486549 TMEM2Q9UHN6 1383 aa21.96■■□□□ 1.11
USP4-212ENST00000486549 NPHP4O75161 1426 aaPredicted RBP21.96■■□□□ 1.11
USP4-212ENST00000486549 MED14O60244 1454 aa21.96■■□□□ 1.11
USP4-212ENST00000486549 TRPM2O94759 1503 aa21.96■■□□□ 1.11
USP4-212ENST00000486549 CLTCL1P53675 1640 aa21.95■■□□□ 1.1
USP4-212ENST00000486549 TXNDC2Q86VQ3 553 aa21.94■■□□□ 1.1
USP4-212ENST00000486549 EID1Q9Y6B2 187 aa21.94■■□□□ 1.1
USP4-212ENST00000486549 LTKP29376 864 aa21.93■■□□□ 1.1
USP4-212ENST00000486549 FOXD1Q16676 465 aa21.93■■□□□ 1.1
USP4-212ENST00000486549 MPHOSPH9Q99550 1183 aa21.92■■□□□ 1.1
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