RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000484101.5

UFD1-208, Transcript of ubiquitin recognition factor in ER associated degradation 1, human

TSL 5

Gene UFD1, Length 751 nt, Biotype processed transcript.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
UFD1-208	ENST00000484101	SLC4A1AP	Q9BWU0	796 aa	Known RBP	13.75	□□□□□ -0.21
UFD1-208	ENST00000484101	STRC	Q7RTU9	1775 aa		13.75	□□□□□ -0.21
UFD1-208	ENST00000484101	IQGAP3	Q86VI3	1631 aa		13.75	□□□□□ -0.21
UFD1-208	ENST00000484101	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		13.74	□□□□□ -0.21
UFD1-208	ENST00000484101	RAPGEF3	O95398	923 aa		13.74	□□□□□ -0.21
UFD1-208	ENST00000484101	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		13.73	□□□□□ -0.21
UFD1-208	ENST00000484101	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		13.73	□□□□□ -0.21
UFD1-208	ENST00000484101	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	13.72	□□□□□ -0.21
UFD1-208	ENST00000484101	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	13.72	□□□□□ -0.21
UFD1-208	ENST00000484101	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		13.72	□□□□□ -0.21
UFD1-208	ENST00000484101	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		13.72	□□□□□ -0.21
UFD1-208	ENST00000484101	FAM135A	Q9P2D6	1515 aa		13.72	□□□□□ -0.21
UFD1-208	ENST00000484101	EIF2AK4	Q9P2K8	1649 aa	Known RBP	13.72	□□□□□ -0.21
UFD1-208	ENST00000484101	FRMPD1	Q5SYB0	1578 aa		13.71	□□□□□ -0.22
UFD1-208	ENST00000484101	FANCA	O15360	1455 aa		13.7	□□□□□ -0.22
UFD1-208	ENST00000484101	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		13.7	□□□□□ -0.22
UFD1-208	ENST00000484101	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		13.7	□□□□□ -0.22
UFD1-208	ENST00000484101	NUP155	O75694	1391 aa		13.7	□□□□□ -0.22
UFD1-208	ENST00000484101	DEPDC5	O75140	1603 aa		13.68	□□□□□ -0.22
UFD1-208	ENST00000484101	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		13.67	□□□□□ -0.22
UFD1-208	ENST00000484101	ATP7A	Q04656	1500 aa		13.67	□□□□□ -0.22
UFD1-208	ENST00000484101	POLR1A	O95602	1720 aa	Predicted RBP	13.67	□□□□□ -0.22
UFD1-208	ENST00000484101	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		13.66	□□□□□ -0.22
UFD1-208	ENST00000484101	CENPB	P07199	599 aa	Predicted RBP	13.66	□□□□□ -0.22
UFD1-208	ENST00000484101	ATP10A	O60312	1499 aa		13.65	□□□□□ -0.22
UFD1-208	ENST00000484101	MED1	Q15648	1581 aa	Predicted RBP	13.65	□□□□□ -0.22
UFD1-208	ENST00000484101	PTPRT	O14522	1441 aa		13.64	□□□□□ -0.23
UFD1-208	ENST00000484101	PKD2	Q13563	968 aa		13.64	□□□□□ -0.23
UFD1-208	ENST00000484101	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		13.64	□□□□□ -0.23
UFD1-208	ENST00000484101	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		13.63	□□□□□ -0.23
UFD1-208	ENST00000484101	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		13.63	□□□□□ -0.23
UFD1-208	ENST00000484101	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		13.63	□□□□□ -0.23
UFD1-208	ENST00000484101	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	13.63	□□□□□ -0.23
UFD1-208	ENST00000484101	NEO1	Q92859	1461 aa		13.62	□□□□□ -0.23
UFD1-208	ENST00000484101	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		13.62	□□□□□ -0.23
UFD1-208	ENST00000484101	KDM5C	P41229	1560 aa		13.62	□□□□□ -0.23
UFD1-208	ENST00000484101	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		13.61	□□□□□ -0.23
UFD1-208	ENST00000484101	TET3	O43151	1660 aa		13.61	□□□□□ -0.23
UFD1-208	ENST00000484101	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		13.61	□□□□□ -0.23
UFD1-208	ENST00000484101	PRDM15	P57071	1507 aa	Predicted RBP	13.6	□□□□□ -0.23
UFD1-208	ENST00000484101	MIER1	Q8N108	512 aa		13.59	□□□□□ -0.23
UFD1-208	ENST00000484101	VWDE	Q8N2E2	1590 aa		13.58	□□□□□ -0.23
UFD1-208	ENST00000484101	CCDC144A	A2RUR9	1427 aa		13.58	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		13.58	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	EIF4G2	P78344	907 aa	Known RBP eCLIP	13.58	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	RALGAPB	Q86X10	1494 aa		13.58	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	NEURL4	Q96JN8	1562 aa		13.58	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	RNF17	Q9BXT8	1623 aa	Known RBP	13.57	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	FOXD1	Q16676	465 aa		13.57	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		13.57	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	LAMC1	P11047	1609 aa		13.57	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	KANK1	Q14678	1352 aa		13.57	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	SPHKAP	Q2M3C7	1700 aa		13.56	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		13.56	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	UBAP1L	F5GYI3	381 aa		13.56	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	MLEC	Q14165	292 aa		13.56	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	RICTOR	Q6R327	1708 aa		13.56	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	TRPM2	O94759	1503 aa		13.55	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101		E9PCH4	1651 aa		13.54	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	CEP152	O94986	1710 aa		13.54	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	13.54	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	13.54	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	LMTK2	Q8IWU2	1503 aa		13.53	□□□□□ -0.24
UFD1-208	ENST00000484101	SPATA31E1	Q6ZUB1	1445 aa		13.52	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	MROH1	Q8NDA8	1641 aa		13.51	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	STAC3	Q96MF2	364 aa		13.51	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	TRPM1	Q7Z4N2	1603 aa		13.5	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	HSPA5	P11021	654 aa	Known RBP	13.5	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	HSPA1L	P34931	641 aa		13.5	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	EFCAB6	Q5THR3	1501 aa		13.49	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		13.49	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	A2M	P01023	1474 aa		13.49	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	PLA2R1	Q13018	1463 aa		13.49	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	AFAP1	Q8N556	730 aa		13.49	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	PHF23	Q9BUL5	403 aa	Predicted RBP	13.49	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	ZC3H13	Q5T200	1668 aa	Known RBP	13.48	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	13.47	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	CCER2	I3L3R5	266 aa		13.47	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	ANP32C	O43423	234 aa		13.47	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	NBPF8	Q3BBV2	869 aa		13.47	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	PRAG1	Q86YV5	1406 aa		13.47	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		13.47	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	ABCA6	Q8N139	1617 aa		13.46	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	DDX10	Q13206	875 aa	Known RBP	13.46	□□□□□ -0.25
UFD1-208	ENST00000484101	USP47	Q96K76	1375 aa		13.45	□□□□□ -0.26
UFD1-208	ENST00000484101	CCDC7	Q96M83	1385 aa		13.45	□□□□□ -0.26
UFD1-208	ENST00000484101	GRWD1	Q9BQ67	446 aa	Known RBP eCLIP	13.45	□□□□□ -0.26	6e-6	■□□□□ 11
UFD1-208	ENST00000484101	ROCK2	O75116	1388 aa	Known RBP	13.45	□□□□□ -0.26
UFD1-208	ENST00000484101	KIAA1210	Q9ULL0	1709 aa		13.44	□□□□□ -0.26
UFD1-208	ENST00000484101	ZNF335	Q9H4Z2	1342 aa	Predicted RBP	13.44	□□□□□ -0.26
UFD1-208	ENST00000484101	KIF1B	O60333	1816 aa		13.44	□□□□□ -0.26
UFD1-208	ENST00000484101	GPRASP1	Q5JY77	1395 aa		13.44	□□□□□ -0.26
UFD1-208	ENST00000484101	CLTCL1	P53675	1640 aa		13.43	□□□□□ -0.26
UFD1-208	ENST00000484101	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		13.43	□□□□□ -0.26
UFD1-208	ENST00000484101	WASHC2A	Q641Q2	1341 aa		13.41	□□□□□ -0.26
UFD1-208	ENST00000484101	RERE	Q9P2R6	1566 aa		13.41	□□□□□ -0.26
UFD1-208	ENST00000484101	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		13.41	□□□□□ -0.26
UFD1-208	ENST00000484101	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		13.39	□□□□□ -0.27
UFD1-208	ENST00000484101	IFT172	Q9UG01	1749 aa		13.39	□□□□□ -0.27
UFD1-208	ENST00000484101	KIF3B	O15066	747 aa		13.39	□□□□□ -0.27

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