RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	SNT1	P25357	1226 aa		2.38	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	SPT10	P35208	640 aa		2.38	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	LYS14	P40971	790 aa		2.38	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	NCS2	P53923	493 aa	Predicted RBP	2.38	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	NMD4	Q12129	218 aa		2.38	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	HUA2	Q12134	243 aa		2.38	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	IZH2	Q12442	317 aa		2.38	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	RPL31B	P0C2H9	113 aa	Known RBP	2.37	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	FLC2	P39719	783 aa		2.37	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	SGN1	P40561	250 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.37	□□□□□ -2.03	not detected
VAR1	Q0140	DUO1	P53168	247 aa	Known RBP	2.37	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	MKC7	P53379	596 aa		2.37	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	CTI6	Q08923	506 aa		2.37	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	AHC1	Q12433	566 aa		2.37	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	AVL9	Q12500	764 aa		2.37	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	WBP1	P33767	430 aa	Known RBP	2.36	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	YER186C	P40101	306 aa		2.36	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	FLC3	P53121	802 aa		2.36	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	YNR048W	P53740	393 aa		2.36	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	YJR112W-A	Q3E743	109 aa		2.36	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	GAL80	P04387	435 aa		2.35	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	ECM25	P32525	599 aa		2.35	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	RML2	P32611	393 aa		2.35	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	GYP6	P32806	458 aa		2.35	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	YGL108C	P53139	140 aa		2.35	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	FRE4	P53746	719 aa		2.35	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	ADA2	Q02336	434 aa		2.35	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	YRM1	Q12340	786 aa		2.35	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	YDL007C-A	Q2V2Q0	85 aa		2.35	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	TEF1	P02994	458 aa	Known RBP	2.34	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	ATP10	P18496	279 aa		2.34	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	REC114	P32841	428 aa		2.34	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	THI2	P38141	450 aa		2.34	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	MDE1	P47095	244 aa		2.34	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	ECM27	P47144	725 aa		2.34	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	CRH1	P53301	507 aa		2.34	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	MRPS16	Q02608	121 aa		2.34	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	NDE2	Q07500	545 aa		2.34	□□□□□ -2.03
VAR1	Q0140	CYS4	P32582	507 aa	Known RBP	2.33	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	IES6	P32617	166 aa		2.33	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	RTC2	P38279	296 aa		2.33	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	YGR066C	P53242	292 aa		2.33	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	ARE2	P53629	642 aa	Known RBP	2.33	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	DSL1	P53847	754 aa		2.33	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	YML131W	Q03102	365 aa		2.33	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	YDR387C	Q04162	555 aa		2.33	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	DNL4	Q08387	944 aa	Predicted RBP	2.33	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	JID1	Q12350	301 aa		2.33	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	ARG4	P04076	463 aa	Predicted RBP	2.32	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	CBP6	P07253	162 aa	Predicted RBP	2.32	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	CDC16	P09798	840 aa		2.32	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	AAT2	P23542	418 aa	Known RBP	2.32	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	SMY1	P32364	656 aa	Known RBP	2.32	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	FMT1	P32785	401 aa		2.32	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	PFS2	P42841	465 aa	Known RBP	2.32	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	HST1	P53685	503 aa		2.32	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	ATG16	Q03818	150 aa		2.32	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	LIP2	Q06005	328 aa		2.32	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	COX4	P04037	155 aa		2.31	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	NAM2	P11325	894 aa		2.31	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	HIR2	P32480	875 aa		2.31	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	MRE11	P32829	692 aa		2.31	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	YGR018C	P53211	109 aa		2.31	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	MTQ1	P53944	314 aa		2.31	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	RHO2	P06781	192 aa		2.3	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	APE2	P32454	952 aa	Known RBP	2.3	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	LYS1	P38998	373 aa	RIP-Chip data	2.3	□□□□□ -2.04	not detected
VAR1	Q0140	IOC4	Q04213	475 aa		2.3	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	RTP1	Q12751	981 aa		2.3	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	ADH1	P00330	348 aa	Known RBP	2.29	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	HIS4	P00815	799 aa	Known RBP	2.29	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	CCT2	P39076	527 aa	Known RBP	2.29	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	TFG2	P41896	400 aa	Predicted RBP	2.29	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	HSP31	Q04432	237 aa		2.29	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	SGT1	Q08446	395 aa		2.29	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	SEC53	P07283	254 aa	Known RBP	2.28	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	RPI1	P23250	407 aa	Known RBP	2.28	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	PRR1	P28708	518 aa		2.28	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	DTR1	P38125	572 aa		2.28	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	PET130	P47065	347 aa		2.28	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	RMD9	P53140	646 aa	Known RBP	2.28	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	SEC39	Q12745	709 aa		2.28	□□□□□ -2.04
VAR1	Q0140	AFG1	P32317	509 aa		2.27	□□□□□ -2.05
VAR1	Q0140	PRP21	P32524	280 aa	Predicted RBP	2.27	□□□□□ -2.05
VAR1	Q0140	RCK2	P38623	610 aa		2.27	□□□□□ -2.05
VAR1	Q0140	JLP2	P40206	208 aa		2.27	□□□□□ -2.05
VAR1	Q0140	ATP22	P50273	684 aa	Predicted RBP	2.27	□□□□□ -2.05
VAR1	Q0140	RHO5	P53879	331 aa	Known RBP	2.27	□□□□□ -2.05
VAR1	Q0140	TAP42	Q04372	366 aa		2.27	□□□□□ -2.05
VAR1	Q0140	RCN2	Q12044	265 aa		2.27	□□□□□ -2.05
VAR1	Q0140	DFR1	P07807	211 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.26	□□□□□ -2.05	not detected
VAR1	Q0140	DPH2	P32461	534 aa		2.26	□□□□□ -2.05
VAR1	Q0140	OXA1	P39952	402 aa		2.26	□□□□□ -2.05
VAR1	Q0140	AZR1	P50080	613 aa		2.26	□□□□□ -2.05
VAR1	Q0140	KTR5	P53966	522 aa	Predicted RBP	2.26	□□□□□ -2.05
VAR1	Q0140	NUP116	Q02630	1113 aa		2.26	□□□□□ -2.05
VAR1	Q0140	ORT1	Q12375	292 aa		2.26	□□□□□ -2.05
VAR1	Q0140	RAD14	P28519	371 aa		2.25	□□□□□ -2.05
VAR1	Q0140	IME2	P32581	645 aa		2.25	□□□□□ -2.05
VAR1	Q0140	BAT1	P38891	393 aa	Known RBP	2.25	□□□□□ -2.05

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