RNA–Protein interactions for RNA: YOR054C

VHS3, Transcript of Negative regulatory subunit of protein phosphatase 1 Ppz1p, yeast

Gene VHS3, Length 2,025 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VHS3	YOR054C	RFC2	P40348	353 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	MRPS18	P42847	217 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	NUP85	P46673	744 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	ALY2	P47029	1046 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	ECM27	P47144	725 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	PMT5	P52867	743 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	SOK2	P53438	785 aa	Predicted RBP	3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	SIW14	P53965	281 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	STP1	Q00947	519 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	GRX5	Q02784	150 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	NEJ1	Q06148	342 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	CDA2	Q06703	312 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	GRS2	Q06817	618 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	YDL086W	Q07505	273 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	WHI4	Q07655	649 aa	Known RBP	3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	ESA1	Q08649	445 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	FMP40	Q08968	688 aa	Predicted RBP	3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	SLF1	Q12034	447 aa	Known RBP	3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	SAS5	Q99314	248 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	RPL25	P04456	142 aa	Known RBP	3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	YCR101C	P25607	182 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	CSM1	P25651	190 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	PPZ1	P26570	692 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	CTS1	P29029	562 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	NTG1	P31378	399 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	COQ2	P32378	372 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	DPH2	P32461	534 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	NGR1	P32831	672 aa	Known RBP	3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	HIS7	P33734	552 aa	Known RBP	3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	ZRT3	P34240	503 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	MRPL7	P36519	292 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	YBL028C	P38202	106 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	ALG14	P38242	237 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	RIM11	P38615	370 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	FSH1	P38777	243 aa	Known RBP	3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	PMC1	P38929	1173 aa	Predicted RBP	3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	PNT1	P38969	423 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	PTI1	P39927	425 aa	Predicted RBP	3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	MAD2	P40958	196 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	LSB6	P42951	607 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	RPE1	P46969	238 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	SEH1	P53011	349 aa	Known RBP	3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	JAC1	P53193	184 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	CUL3	P53202	744 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	NOP13	P53883	403 aa	Known RBP RIP-Chip data	3.99	□□□□□ -1.77	not detected
VHS3	YOR054C	ECM9	Q02202	377 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	MAK3	Q03503	176 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	CSM3	Q04659	317 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	INM2	Q05533	292 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	YLR224W	Q05947	369 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	ARO10	Q06408	635 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	GPN3	Q06543	272 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	SWA2	Q06677	668 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	YPR091C	Q06833	770 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	ZEO1	Q08245	113 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	YOL159C	Q08300	171 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	SLD7	Q08457	257 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	ENV7	Q12003	364 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	YOR283W	Q12040	230 aa	Known RBP	3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	OSW2	Q12202	724 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	RBD2	Q12270	262 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	TY1A-DR3	Q12441	440 aa		3.99	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	MOD5	P07884	428 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	YFR010W-A	P0C5N0	62 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	PHO8	P11491	566 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	APA1	P16550	321 aa	Known RBP	3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	PPH22	P23595	377 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	SED4	P25365	1065 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	PGS1	P25578	521 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	KRR1	P25586	316 aa	Predicted RBP	3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	SYP1	P25623	870 aa	Known RBP	3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	RSC6	P25632	483 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	DOA4	P32571	926 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	SIP1	P32578	815 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	ISC10	P32645	267 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	ABD1	P32783	436 aa	Predicted RBP	3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	SKG6	P32900	734 aa	Predicted RBP	3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	ASH1	P34233	588 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	MRPL37	P36532	105 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	YBR197C	P38306	217 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	MSC7	P38694	644 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	PTC2	P39966	464 aa	Known RBP	3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	NIT1	P40447	199 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	YIR035C	P40579	254 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	YJL045W	P47052	634 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	ARP4	P80428	489 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	ELP4	Q02884	456 aa	Known RBP	3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	EFR3	Q03653	782 aa	Known RBP	3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	IVY1	Q04934	453 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	ACK1	Q07622	623 aa	Predicted RBP	3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	RCL1	Q08096	367 aa	Predicted RBP	3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	FRE3	Q08905	711 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	AEP3	Q12089	606 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	NSL1	Q12143	216 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	PSF3	Q12146	194 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	YPR063C	Q12160	140 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	YGK3	Q12222	375 aa	Predicted RBP	3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	GLO4	Q12320	285 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	YGL194C-A	Q2V2P6	80 aa		3.98	□□□□□ -1.77
VHS3	YOR054C	ISN1	Q99312	450 aa		3.98	□□□□□ -1.77

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