RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000640499.1

VEGFA-231, Transcript of vascular endothelial growth factor A, human

APPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC

Gene VEGFA, Length 1,188 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
VEGFA-231	ENST00000640499	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		42.25	■■■■■ 4.35
VEGFA-231	ENST00000640499	MAP3K1	Q13233	1512 aa		42.25	■■■■■ 4.35
VEGFA-231	ENST00000640499	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	42.24	■■■■■ 4.35
VEGFA-231	ENST00000640499	DENND4B	O75064	1496 aa	Predicted RBP	42.21	■■■■■ 4.35
VEGFA-231	ENST00000640499	ADGRL1	O94910	1474 aa		42.2	■■■■■ 4.35
VEGFA-231	ENST00000640499	KANK4	Q5T7N3	995 aa	Predicted RBP	42.2	■■■■■ 4.35
VEGFA-231	ENST00000640499	RICTOR	Q6R327	1708 aa		42.2	■■■■■ 4.35
VEGFA-231	ENST00000640499	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		42.19	■■■■■ 4.34
VEGFA-231	ENST00000640499	SCAPER	Q9BY12	1400 aa		42.18	■■■■■ 4.34
VEGFA-231	ENST00000640499	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		42.12	■■■■■ 4.33
VEGFA-231	ENST00000640499	NCOA2	Q15596	1464 aa		42.11	■■■■■ 4.33
VEGFA-231	ENST00000640499	POGZ	Q7Z3K3	1410 aa		42.08	■■■■■ 4.33
VEGFA-231	ENST00000640499	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		42.08	■■■■■ 4.33
VEGFA-231	ENST00000640499	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	42.08	■■■■■ 4.33
VEGFA-231	ENST00000640499	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		42.04	■■■■■ 4.32
VEGFA-231	ENST00000640499	ABCC1	P33527	1531 aa		42.04	■■■■■ 4.32
VEGFA-231	ENST00000640499	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	42.02	■■■■■ 4.32
VEGFA-231	ENST00000640499	ZMYM4	Q5VZL5	1548 aa		42.01	■■■■■ 4.32
VEGFA-231	ENST00000640499	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	42	■■■■■ 4.31
VEGFA-231	ENST00000640499	AFAP1	Q8N556	730 aa		41.99	■■■■■ 4.31
VEGFA-231	ENST00000640499	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		41.96	■■■■■ 4.31
VEGFA-231	ENST00000640499	APLP2	Q06481	763 aa		41.95	■■■■■ 4.31
VEGFA-231	ENST00000640499	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		41.95	■■■■■ 4.31
VEGFA-231	ENST00000640499	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	41.94	■■■■■ 4.3
VEGFA-231	ENST00000640499	KDM5C	P41229	1560 aa		41.92	■■■■■ 4.3
VEGFA-231	ENST00000640499	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		41.92	■■■■■ 4.3
VEGFA-231	ENST00000640499	KDM4F	A0A1W2PPD8	638 aa		41.91	■■■■■ 4.3
VEGFA-231	ENST00000640499	YEATS2	Q9ULM3	1422 aa		41.91	■■■■■ 4.3
VEGFA-231	ENST00000640499	ARHGEF40	Q8TER5	1519 aa		41.89	■■■■■ 4.3
VEGFA-231	ENST00000640499	MAGI2	Q86UL8	1455 aa		41.88	■■■■■ 4.29
VEGFA-231	ENST00000640499	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	41.88	■■■■■ 4.29	1e-12	■■■■■ 34.3
VEGFA-231	ENST00000640499	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		41.88	■■■■■ 4.29
VEGFA-231	ENST00000640499	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		41.87	■■■■■ 4.29
VEGFA-231	ENST00000640499	ZFYVE16	Q7Z3T8	1539 aa		41.85	■■■■■ 4.29
VEGFA-231	ENST00000640499	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		41.81	■■■■■ 4.28
VEGFA-231	ENST00000640499	MBD5	Q9P267	1494 aa		41.79	■■■■■ 4.28
VEGFA-231	ENST00000640499	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		41.78	■■■■■ 4.28
VEGFA-231	ENST00000640499	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		41.76	■■■■■ 4.28
VEGFA-231	ENST00000640499	MYOM3	Q5VTT5	1437 aa		41.75	■■■■■ 4.27
VEGFA-231	ENST00000640499	HECW2	Q9P2P5	1572 aa		41.75	■■■■■ 4.27
VEGFA-231	ENST00000640499	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		41.73	■■■■■ 4.27
VEGFA-231	ENST00000640499	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		41.69	■■■■■ 4.26
VEGFA-231	ENST00000640499	ATP10A	O60312	1499 aa		41.69	■■■■■ 4.26
VEGFA-231	ENST00000640499	MIA2	Q96PC5	1412 aa		41.67	■■■■■ 4.26
VEGFA-231	ENST00000640499	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		41.67	■■■■■ 4.26
VEGFA-231	ENST00000640499	ABCA6	Q8N139	1617 aa		41.66	■■■■■ 4.26
VEGFA-231	ENST00000640499	AEBP2	Q6ZN18	517 aa	Predicted RBP	41.65	■■■■■ 4.26
VEGFA-231	ENST00000640499	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		41.62	■■■■■ 4.25
VEGFA-231	ENST00000640499	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	41.62	■■■■■ 4.25
VEGFA-231	ENST00000640499	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		41.61	■■■■■ 4.25
VEGFA-231	ENST00000640499	ARID4B	Q4LE39	1312 aa	Predicted RBP	41.58	■■■■■ 4.25
VEGFA-231	ENST00000640499	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	41.58	■■■■■ 4.25
VEGFA-231	ENST00000640499	BCORL1	Q5H9F3	1711 aa		41.57	■■■■■ 4.25
VEGFA-231	ENST00000640499	ATP7A	Q04656	1500 aa		41.55	■■■■■ 4.24
VEGFA-231	ENST00000640499	ADAMTSL3	P82987	1691 aa		41.55	■■■■■ 4.24
VEGFA-231	ENST00000640499	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		41.54	■■■■■ 4.24
VEGFA-231	ENST00000640499	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		41.53	■■■■■ 4.24
VEGFA-231	ENST00000640499	RERE	Q9P2R6	1566 aa		41.52	■■■■■ 4.24
VEGFA-231	ENST00000640499	PPARGC1B	Q86YN6	1023 aa	Known RBP	41.52	■■■■■ 4.24
VEGFA-231	ENST00000640499	FGD6	Q6ZV73	1430 aa		41.52	■■■■■ 4.24
VEGFA-231	ENST00000640499	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		41.51	■■■■■ 4.24
VEGFA-231	ENST00000640499	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		41.5	■■■■■ 4.23
VEGFA-231	ENST00000640499	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	41.46	■■■■■ 4.23
VEGFA-231	ENST00000640499	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		41.45	■■■■■ 4.23
VEGFA-231	ENST00000640499	AGL	P35573	1532 aa		41.4	■■■■■ 4.22
VEGFA-231	ENST00000640499	MLEC	Q14165	292 aa		41.4	■■■■■ 4.22
VEGFA-231	ENST00000640499	MADD	Q8WXG6	1647 aa		41.4	■■■■■ 4.22
VEGFA-231	ENST00000640499	A2M	P01023	1474 aa		41.35	■■■■■ 4.21
VEGFA-231	ENST00000640499	PLXNC1	O60486	1568 aa		41.35	■■■■■ 4.21
VEGFA-231	ENST00000640499	ABCC5	O15440	1437 aa		41.35	■■■■■ 4.21
VEGFA-231	ENST00000640499	TSPY4	P0CV99	314 aa		41.34	■■■■■ 4.21
VEGFA-231	ENST00000640499	TSPY10	P0CW01	314 aa		41.34	■■■■■ 4.21
VEGFA-231	ENST00000640499	MAST1	Q9Y2H9	1570 aa		41.33	■■■■■ 4.21
VEGFA-231	ENST00000640499	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		41.32	■■■■■ 4.2
VEGFA-231	ENST00000640499	PTPRM	P28827	1452 aa		41.28	■■■■■ 4.2
VEGFA-231	ENST00000640499	DNMT1	P26358	1616 aa	Known RBP	41.26	■■■■■ 4.2
VEGFA-231	ENST00000640499	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	41.26	■■■■■ 4.2
VEGFA-231	ENST00000640499	DAPK1	P53355	1430 aa		41.26	■■■■■ 4.19
VEGFA-231	ENST00000640499	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	41.25	■■■■■ 4.19
VEGFA-231	ENST00000640499	CROCC2	H7BZ55	1655 aa		41.24	■■■■■ 4.19
VEGFA-231	ENST00000640499	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		41.22	■■■■■ 4.19
VEGFA-231	ENST00000640499	FAM50A	Q14320	339 aa	Known RBP	41.2	■■■■■ 4.19
VEGFA-231	ENST00000640499	SHANK2	Q9UPX8	1470 aa		41.19	■■■■■ 4.18
VEGFA-231	ENST00000640499	CHIC2	Q9UKJ5	165 aa		41.07	■■■■■ 4.17
VEGFA-231	ENST00000640499	PTPRK	Q15262	1439 aa		41.07	■■■■■ 4.16
VEGFA-231	ENST00000640499	KIF3B	O15066	747 aa		41.05	■■■■■ 4.16
VEGFA-231	ENST00000640499	GGT6	Q6P531	493 aa		41.05	■■■■■ 4.16
VEGFA-231	ENST00000640499	RRP7BP	Q9NSQ0	103 aa		41.03	■■■■■ 4.16
VEGFA-231	ENST00000640499	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	41.02	■■■■■ 4.16
VEGFA-231	ENST00000640499	DROSHA	Q9NRR4	1374 aa	Known RBP eCLIP	41.01	■■■■■ 4.16	3e-7	■■□□□ 14.3
VEGFA-231	ENST00000640499	KIF15	Q9NS87	1388 aa		41.01	■■■■■ 4.16
VEGFA-231	ENST00000640499	NCOA1	Q15788	1441 aa		41.01	■■■■■ 4.15
VEGFA-231	ENST00000640499	RRBP1	Q9P2E9	1410 aa	Known RBP	41.01	■■■■■ 4.15
VEGFA-231	ENST00000640499	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		41	■■■■■ 4.15
VEGFA-231	ENST00000640499	DUOX2	Q9NRD8	1548 aa		40.99	■■■■■ 4.15
VEGFA-231	ENST00000640499	ADGRL2	O95490	1459 aa		40.98	■■■■■ 4.15
VEGFA-231	ENST00000640499	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		40.96	■■■■■ 4.15
VEGFA-231	ENST00000640499	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		40.93	■■■■■ 4.14
VEGFA-231	ENST00000640499	C3	P01024	1663 aa		40.93	■■■■■ 4.14
VEGFA-231	ENST00000640499	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	40.92	■■■■■ 4.14

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