RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000637578.1

CLN3-260, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 2

Gene CLN3, Length 1,577 nt, Biotype nonsense mediated decay, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-260ENST00000637578 POGZQ7Z3K3 1410 aa30.85■■■□□ 2.53
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CLN3-260ENST00000637578 MAGI2Q86UL8 1455 aa30.82■■■□□ 2.52
CLN3-260ENST00000637578 ARHGEF40Q8TER5 1519 aa30.8■■■□□ 2.52
CLN3-260ENST00000637578 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa30.8■■■□□ 2.52
CLN3-260ENST00000637578 PREX2Q70Z35 1606 aa30.78■■■□□ 2.52
CLN3-260ENST00000637578 YEATS2Q9ULM3 1422 aa30.75■■■□□ 2.51
CLN3-260ENST00000637578 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa30.73■■■□□ 2.51
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CLN3-260ENST00000637578 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa30.73■■■□□ 2.51
CLN3-260ENST00000637578 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP30.72■■■□□ 2.51
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CLN3-260ENST00000637578 ADAMTSL3P82987 1691 aa30.68■■■□□ 2.5
CLN3-260ENST00000637578 ABCC1P33527 1531 aa30.67■■■□□ 2.5
CLN3-260ENST00000637578 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa30.67■■■□□ 2.5
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CLN3-260ENST00000637578 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa30.63■■■□□ 2.49
CLN3-260ENST00000637578 ATP10AO60312 1499 aa30.63■■■□□ 2.49
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CLN3-260ENST00000637578 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP30.6■■■□□ 2.49
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CLN3-260ENST00000637578 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa30.58■■■□□ 2.49
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CLN3-260ENST00000637578 HECW2Q9P2P5 1572 aa30.56■■■□□ 2.48
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CLN3-260ENST00000637578 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP30.5■■■□□ 2.47
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CLN3-260ENST00000637578 NCOA2Q15596 1464 aa30.49■■■□□ 2.47
CLN3-260ENST00000637578 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa30.47■■■□□ 2.47
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CLN3-260ENST00000637578 ABCA6Q8N139 1617 aa30.46■■■□□ 2.47
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CLN3-260ENST00000637578 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa30.45■■■□□ 2.46
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CLN3-260ENST00000637578 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP30.33■■■□□ 2.45
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CLN3-260ENST00000637578 PLPPR3Q6T4P5 718 aa30.18■■■□□ 2.42
CLN3-260ENST00000637578 ADGBQ8N7X0 1667 aa30.15■■■□□ 2.42
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CLN3-260ENST00000637578 MAST1Q9Y2H9 1570 aa30.04■■■□□ 2.4
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CLN3-260ENST00000637578 PREX1Q8TCU6 1659 aa30■■■□□ 2.39
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CLN3-260ENST00000637578 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa29.95■■■□□ 2.39
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CLN3-260ENST00000637578 FAM135AQ9P2D6 1515 aa29.89■■■□□ 2.38
CLN3-260ENST00000637578 DAPK1P53355 1430 aa29.88■■■□□ 2.37
CLN3-260ENST00000637578 PTPRKQ15262 1439 aa29.88■■■□□ 2.37
CLN3-260ENST00000637578 DNMT1P26358 1616 aaKnown RBP29.86■■■□□ 2.37
CLN3-260ENST00000637578 CROCC2H7BZ55 1655 aa29.84■■■□□ 2.37
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