RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000636228.1

CLN3-246, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene CLN3, Length 1,224 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-246ENST00000636228 ZMYM4Q5VZL5 1548 aa26.48■■□□□ 1.83
CLN3-246ENST00000636228 POGZQ7Z3K3 1410 aa26.48■■□□□ 1.83
CLN3-246ENST00000636228 TROQ12816 1431 aaPredicted RBP26.46■■□□□ 1.83
CLN3-246ENST00000636228 KIF14Q15058 1648 aa26.45■■□□□ 1.82
CLN3-246ENST00000636228 MAGI2Q86UL8 1455 aa26.44■■□□□ 1.82
CLN3-246ENST00000636228 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa26.42■■□□□ 1.82
CLN3-246ENST00000636228 RIMS1Q86UR5 1692 aaKnown RBP26.42■■□□□ 1.82
CLN3-246ENST00000636228 AFAP1Q8N556 730 aa26.41■■□□□ 1.82
CLN3-246ENST00000636228 CLIP1P30622 1438 aa26.4■■□□□ 1.82
CLN3-246ENST00000636228 ARHGAP5Q13017 1502 aa26.38■■□□□ 1.81
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CLN3-246ENST00000636228 MYO5CQ9NQX4 1742 aa26.36■■□□□ 1.81
CLN3-246ENST00000636228 ATP10AO60312 1499 aa26.36■■□□□ 1.81
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CLN3-246ENST00000636228 C9orf84Q5VXU9 1444 aa26.31■■□□□ 1.8
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CLN3-246ENST00000636228 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa26.24■■□□□ 1.79
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CLN3-246ENST00000636228 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP26.23■■□□□ 1.79
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CLN3-246ENST00000636228 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa26.22■■□□□ 1.79
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CLN3-246ENST00000636228 PREX2Q70Z35 1606 aa26.17■■□□□ 1.78
CLN3-246ENST00000636228 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa26.17■■□□□ 1.78
CLN3-246ENST00000636228 MLH3Q9UHC1 1453 aa26.17■■□□□ 1.78
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CLN3-246ENST00000636228 ITSN2Q9NZM3 1697 aa26.09■■□□□ 1.77
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CLN3-246ENST00000636228 MTUS2Q5JR59 1369 aa26.04■■□□□ 1.76
CLN3-246ENST00000636228 SYCP2Q9BX26 1530 aa26.04■■□□□ 1.76
CLN3-246ENST00000636228 AGLP35573 1532 aa26.03■■□□□ 1.76
CLN3-246ENST00000636228 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa26.02■■□□□ 1.76
CLN3-246ENST00000636228 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa26■■□□□ 1.75
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CLN3-246ENST00000636228 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa25.96■■□□□ 1.75
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CLN3-246ENST00000636228 STRCQ7RTU9 1775 aa25.87■■□□□ 1.73
CLN3-246ENST00000636228 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa25.86■■□□□ 1.73
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CLN3-246ENST00000636228 PLXNC1O60486 1568 aa25.79■■□□□ 1.72
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CLN3-246ENST00000636228 NCOA1Q15788 1441 aa25.75■■□□□ 1.71
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CLN3-246ENST00000636228 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa25.72■■□□□ 1.71
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CLN3-246ENST00000636228 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa25.7■■□□□ 1.7
CLN3-246ENST00000636228 ADGBQ8N7X0 1667 aa25.68■■□□□ 1.7
CLN3-246ENST00000636228 CCDC141Q6ZP82 1450 aa25.67■■□□□ 1.7
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CLN3-246ENST00000636228 RSPH4AQ5TD94 716 aa25.65■■□□□ 1.7
CLN3-246ENST00000636228 FBXO31Q5XUX0 539 aaPredicted RBP25.65■■□□□ 1.7
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CLN3-246ENST00000636228 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa25.62■■□□□ 1.69
CLN3-246ENST00000636228 TSPY4P0CV99 314 aa25.62■■□□□ 1.69
CLN3-246ENST00000636228 TSPY10P0CW01 314 aa25.62■■□□□ 1.69
CLN3-246ENST00000636228 MYO3AQ8NEV4 1616 aa25.61■■□□□ 1.69
CLN3-246ENST00000636228 ZNF335Q9H4Z2 1342 aaPredicted RBP25.61■■□□□ 1.69
CLN3-246ENST00000636228 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa25.6■■□□□ 1.69
CLN3-246ENST00000636228 PKD2Q13563 968 aa25.59■■□□□ 1.69
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