RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000617451.4

PTPRF-216, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type F, human

TSL 5 BASIC

Gene PTPRF, Length 1,129 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
PTPRF-216	ENST00000617451	EFCAB2	Q5VUJ9	269 aa		41.04	■■■■■ 4.16
PTPRF-216	ENST00000617451	RIMS1	Q86UR5	1692 aa	Known RBP	41.01	■■■■■ 4.15
PTPRF-216	ENST00000617451	TRO	Q12816	1431 aa	Predicted RBP	41	■■■■■ 4.15
PTPRF-216	ENST00000617451	MYO5C	Q9NQX4	1742 aa		40.99	■■■■■ 4.15
PTPRF-216	ENST00000617451	SIGLEC1	Q9BZZ2	1709 aa		40.98	■■■■■ 4.15
PTPRF-216	ENST00000617451	KIF14	Q15058	1648 aa		40.98	■■■■■ 4.15
PTPRF-216	ENST00000617451	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	40.97	■■■■■ 4.15
PTPRF-216	ENST00000617451	LMTK3	Q96Q04	1460 aa		40.95	■■■■■ 4.15
PTPRF-216	ENST00000617451	CLIP1	P30622	1438 aa		40.92	■■■■■ 4.14
PTPRF-216	ENST00000617451	LRRIQ1	Q96JM4	1722 aa		40.9	■■■■■ 4.14
PTPRF-216	ENST00000617451	ATP10A	O60312	1499 aa		40.88	■■■■■ 4.13
PTPRF-216	ENST00000617451	MLEC	Q14165	292 aa		40.87	■■■■■ 4.13
PTPRF-216	ENST00000617451	ARHGAP5	Q13017	1502 aa		40.85	■■■■■ 4.13
PTPRF-216	ENST00000617451	CASKIN1	Q8WXD9	1431 aa		40.83	■■■■■ 4.13
PTPRF-216	ENST00000617451	ZNF518A	Q6AHZ1	1483 aa		40.83	■■■■■ 4.13
PTPRF-216	ENST00000617451	C9orf84	Q5VXU9	1444 aa		40.82	■■■■■ 4.12
PTPRF-216	ENST00000617451	PLPPR3	Q6T4P5	718 aa		40.81	■■■■■ 4.12
PTPRF-216	ENST00000617451	AFAP1	Q8N556	730 aa		40.79	■■■■■ 4.12
PTPRF-216	ENST00000617451	CCDC18	Q5T9S5	1454 aa		40.77	■■■■■ 4.12
PTPRF-216	ENST00000617451	KDM5C	P41229	1560 aa		40.76	■■■■■ 4.12
PTPRF-216	ENST00000617451	FER1L4	A9Z1Z3	1794 aa		40.76	■■■■■ 4.12
PTPRF-216	ENST00000617451	ARHGEF12	Q9NZN5	1544 aa		40.75	■■■■■ 4.11
PTPRF-216	ENST00000617451	HSPA2	P54652	639 aa		40.72	■■■■■ 4.11
PTPRF-216	ENST00000617451	FBXO41	Q8TF61	875 aa		40.72	■■■■■ 4.11
PTPRF-216	ENST00000617451	CDC42BPB	Q9Y5S2	1711 aa		40.71	■■■■■ 4.11
PTPRF-216	ENST00000617451	PREX2	Q70Z35	1606 aa		40.65	■■■■■ 4.1
PTPRF-216	ENST00000617451	MYT1L	Q9UL68	1186 aa		40.64	■■■■■ 4.1
PTPRF-216	ENST00000617451	FYCO1	Q9BQS8	1478 aa		40.63	■■■■■ 4.09
PTPRF-216	ENST00000617451	MLH3	Q9UHC1	1453 aa		40.62	■■■■■ 4.09
PTPRF-216	ENST00000617451	DIP2C	Q9Y2E4	1556 aa		40.61	■■■■■ 4.09
PTPRF-216	ENST00000617451	TRAPPC8	Q9Y2L5	1435 aa		40.59	■■■■■ 4.09
PTPRF-216	ENST00000617451	ABCC1	P33527	1531 aa		40.59	■■■■■ 4.09
PTPRF-216	ENST00000617451	RERE	Q9P2R6	1566 aa		40.57	■■■■■ 4.08
PTPRF-216	ENST00000617451	CEBPA	P49715	358 aa	Predicted RBP	40.55	■■■■■ 4.08
PTPRF-216	ENST00000617451	ABCA6	Q8N139	1617 aa		40.53	■■■■■ 4.08
PTPRF-216	ENST00000617451	CDC42BPA	Q5VT25	1732 aa		40.52	■■■■■ 4.08
PTPRF-216	ENST00000617451	ITSN2	Q9NZM3	1697 aa		40.51	■■■■■ 4.08
PTPRF-216	ENST00000617451	PREX1	Q8TCU6	1659 aa		40.46	■■■■■ 4.07
PTPRF-216	ENST00000617451	AGL	P35573	1532 aa		40.45	■■■■■ 4.07
PTPRF-216	ENST00000617451	GPATCH8	Q9UKJ3	1502 aa	Known RBP	40.42	■■■■■ 4.06
PTPRF-216	ENST00000617451	KIDINS220	Q9ULH0	1771 aa		40.41	■■■■■ 4.06
PTPRF-216	ENST00000617451	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	40.4	■■■■■ 4.06
PTPRF-216	ENST00000617451	SAMD9L	Q8IVG5	1584 aa		40.37	■■■■■ 4.05
PTPRF-216	ENST00000617451	SETD1B	Q9UPS6	1966 aa	Known RBP	40.36	■■■■■ 4.05
PTPRF-216	ENST00000617451	UHRF1BP1	Q6BDS2	1440 aa		40.33	■■■■■ 4.05
PTPRF-216	ENST00000617451	ESF1	Q9H501	851 aa	Known RBP	40.33	■■■■■ 4.05
PTPRF-216	ENST00000617451	SYCP2	Q9BX26	1530 aa		40.32	■■■■■ 4.04
PTPRF-216	ENST00000617451	HNRNPM	P52272	730 aa	Known RBP eCLIP	40.31	■■■■■ 4.04	2e-6	■■■■□ 25.3
PTPRF-216	ENST00000617451	C3	P01024	1663 aa		40.29	■■■■■ 4.04
PTPRF-216	ENST00000617451	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	40.29	■■■■■ 4.04
PTPRF-216	ENST00000617451	SPAG9	O60271	1321 aa	Known RBP	40.28	■■■■■ 4.04
PTPRF-216	ENST00000617451	CERK	Q8TCT0	537 aa		40.28	■■■■■ 4.04
PTPRF-216	ENST00000617451	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		40.27	■■■■■ 4.04
PTPRF-216	ENST00000617451	CCNB3	Q8WWL7	1395 aa		40.26	■■■■■ 4.04
PTPRF-216	ENST00000617451	MTUS2	Q5JR59	1369 aa		40.25	■■■■■ 4.03
PTPRF-216	ENST00000617451	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		40.24	■■■■■ 4.03
PTPRF-216	ENST00000617451	CNTLN	Q9NXG0	1405 aa		40.24	■■■■■ 4.03
PTPRF-216	ENST00000617451	DMRT2	Q9Y5R5	561 aa		40.22	■■■■■ 4.03
PTPRF-216	ENST00000617451	STRC	Q7RTU9	1775 aa		40.21	■■■■■ 4.03
PTPRF-216	ENST00000617451	ATP7A	Q04656	1500 aa		40.16	■■■■■ 4.02
PTPRF-216	ENST00000617451	INO80	Q9ULG1	1556 aa	Predicted RBP	40.12	■■■■■ 4.01
PTPRF-216	ENST00000617451	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	40.09	■■■■■ 4.01
PTPRF-216	ENST00000617451	A2M	P01023	1474 aa		40.08	■■■■■ 4.01
PTPRF-216	ENST00000617451	EHBP1L1	Q8N3D4	1523 aa		40.08	■■■■■ 4.01
PTPRF-216	ENST00000617451	PLXNC1	O60486	1568 aa		40.08	■■■■■ 4.01
PTPRF-216	ENST00000617451	ZMYM3	Q14202	1370 aa		40.08	■■■■■ 4.01
PTPRF-216	ENST00000617451	CEP162	Q5TB80	1403 aa		40.08	■■■■■ 4.01
PTPRF-216	ENST00000617451	TIAM1	Q13009	1591 aa		40.07	■■■■■ 4.01
PTPRF-216	ENST00000617451	MROH2A	A6NES4	1674 aa		40.07	■■■■■ 4
PTPRF-216	ENST00000617451	ZNF644	Q9H582	1327 aa	Predicted RBP	40.07	■■■■■ 4
PTPRF-216	ENST00000617451	NPAT	Q14207	1427 aa		40.06	■■■■■ 4
PTPRF-216	ENST00000617451	PTPRT	O14522	1441 aa		40.05	■■■■■ 4
PTPRF-216	ENST00000617451	MBD5	Q9P267	1494 aa		40.01	■■■■■ 4
PTPRF-216	ENST00000617451	NCOA1	Q15788	1441 aa		39.97	■■■■□ 3.99
PTPRF-216	ENST00000617451	GGT6	Q6P531	493 aa		39.96	■■■■□ 3.99
PTPRF-216	ENST00000617451	CLTC	Q00610	1675 aa	Known RBP	39.94	■■■■□ 3.98
PTPRF-216	ENST00000617451	ADGB	Q8N7X0	1667 aa		39.93	■■■■□ 3.98
PTPRF-216	ENST00000617451	RTEL1-TNFRSF6B	F6WH68	1400 aa		39.91	■■■■□ 3.98
PTPRF-216	ENST00000617451	PPP6R1	Q9UPN7	881 aa		39.91	■■■■□ 3.98
PTPRF-216	ENST00000617451	PTPRK	Q15262	1439 aa		39.87	■■■■□ 3.97
PTPRF-216	ENST00000617451	CAMSAP1	Q5T5Y3	1602 aa		39.87	■■■■□ 3.97
PTPRF-216	ENST00000617451	NCOA2	Q15596	1464 aa		39.86	■■■■□ 3.97
PTPRF-216	ENST00000617451	DHX29	Q7Z478	1369 aa	Known RBP	39.84	■■■■□ 3.97
PTPRF-216	ENST00000617451	LTBP4	Q8N2S1	1624 aa		39.8	■■■■□ 3.96
PTPRF-216	ENST00000617451	CCDC141	Q6ZP82	1450 aa		39.79	■■■■□ 3.96
PTPRF-216	ENST00000617451	CAMSAP2	Q08AD1	1489 aa		39.78	■■■■□ 3.96
PTPRF-216	ENST00000617451	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		39.78	■■■■□ 3.96
PTPRF-216	ENST00000617451	MYO3A	Q8NEV4	1616 aa		39.78	■■■■□ 3.96
PTPRF-216	ENST00000617451	NCKAP5L	Q9HCH0	1330 aa		39.76	■■■■□ 3.96
PTPRF-216	ENST00000617451	ZNF142	P52746	1687 aa	Predicted RBP	39.76	■■■■□ 3.96
PTPRF-216	ENST00000617451	CEP170B	Q9Y4F5	1589 aa	Predicted RBP	39.73	■■■■□ 3.95
PTPRF-216	ENST00000617451	PLA2R1	Q13018	1463 aa		39.72	■■■■□ 3.95
PTPRF-216	ENST00000617451	KIF3B	O15066	747 aa		39.7	■■■■□ 3.95
PTPRF-216	ENST00000617451	PKD2	Q13563	968 aa		39.7	■■■■□ 3.95
PTPRF-216	ENST00000617451	VPS8	Q8N3P4	1428 aa		39.68	■■■■□ 3.94
PTPRF-216	ENST00000617451	LOC105371045	A0A1W2PR82	267 aa		39.68	■■■■□ 3.94
PTPRF-216	ENST00000617451	IQSEC2	Q5JU85	1478 aa		39.67	■■■■□ 3.94
PTPRF-216	ENST00000617451	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	39.66	■■■■□ 3.94
PTPRF-216	ENST00000617451	ARHGEF5	Q12774	1597 aa		39.64	■■■■□ 3.94
PTPRF-216	ENST00000617451	LRRC9	Q6ZRR7	1453 aa		39.64	■■■■□ 3.94

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