RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000592790.1

VMP1-216, Transcript of vacuole membrane protein 1, human

Gene VMP1, Length 4,325 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Nucleus .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
VMP1-216	ENST00000592790	MAPK8IP2	Q13387	824 aa	Predicted RBP	4.67	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	TSPY4	P0CV99	314 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	TSPY10	P0CW01	314 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	RALBP1	Q15311	655 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	UPF2	Q9HAU5	1272 aa	Known RBP	4.67	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	NUDC	Q9Y266	331 aa		4.67	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	IRX6	P78412	446 aa	Predicted RBP	4.66	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	DEK	P35659	375 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	CDCA8	Q53HL2	280 aa		4.66	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	WDR97	A6NE52	1622 aa		4.66	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	SUPT6H	Q7KZ85	1726 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	NBR1	Q14596	966 aa		4.66	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	CFAP43	Q8NDM7	1665 aa		4.66	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	PDS5B	Q9NTI5	1447 aa		4.66	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	GLIPR1L2	Q4G1C9	344 aa		4.65	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	IPO9	Q96P70	1041 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	MPHOSPH9	Q99550	1183 aa		4.65	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	NPM2	Q86SE8	214 aa	Known RBP	4.65	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	FANCD2	Q9BXW9	1451 aa		4.65	□□□□□ -1.66
VMP1-216	ENST00000592790	CNGB1	Q14028	1251 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	MIA2	Q96PC5	1412 aa		4.65	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	BECN1	Q14457	450 aa		4.65	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	PRKRIP1	Q9H875	184 aa	Predicted RBP	4.65	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	CANX	P27824	592 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	WDR43	Q15061	677 aa	Known RBP eCLIP	4.64	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	AKNA	Q7Z591	1439 aa		4.64	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	MAPKBP1	O60336	1514 aa		4.64	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	B4GALNT3	Q6L9W6	998 aa		4.64	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	KIF15	Q9NS87	1388 aa		4.64	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	NCOA2	Q15596	1464 aa		4.64	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	MS4A1	P11836	297 aa		4.64	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	CFDP1	Q9UEE9	299 aa	Predicted RBP	4.64	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	PCF11	O94913	1555 aa	Known RBP	4.64	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	DNMBP	Q6XZF7	1577 aa		4.63	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	CARD11	Q9BXL7	1154 aa		4.63	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	CCDC7	Q96M83	1385 aa		4.63	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	ANKRD30A	Q9BXX3	1397 aa		4.63	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	HECW1	Q76N89	1606 aa		4.63	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	DNAJC5B	Q9UF47	199 aa		4.63	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	KCNH8	Q96L42	1107 aa		4.63	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	ZNF777	Q9ULD5	760 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	PLEKHG5	O94827	1062 aa		4.63	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	ABCA10	Q8WWZ4	1543 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	L3MBTL2	Q969R5	705 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	KDM2A	Q9Y2K7	1162 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	PLEKHD1	A6NEE1	506 aa		4.62	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	NEFM	P07197	916 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	SMG6	Q86US8	1419 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	MYBBP1A	Q9BQG0	1328 aa	Known RBP	4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	PTPN23	Q9H3S7	1636 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	ROCK1	Q13464	1354 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	KIF21A	Q7Z4S6	1674 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	CARMIL2	Q6F5E8	1435 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	RSPH4A	Q5TD94	716 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	NLRP13	Q86W25	1043 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	RCAN3	Q9UKA8	241 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	GAPVD1	Q14C86	1478 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	NAIP	Q13075	1403 aa		4.61	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	ANP32B	Q92688	251 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	BRD4	O60885	1362 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	TMF1	P82094	1093 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	NGEF	Q8N5V2	710 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	WASHC2A	Q641Q2	1341 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	CTTNBP2	Q8WZ74	1663 aa		4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	L1TD1	Q5T7N2	865 aa	Known RBP	4.6	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	KLHL34	Q8N239	644 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	CNKSR2	Q8WXI2	1034 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	KNSTRN	Q9Y448	316 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	WASHC2C	Q9Y4E1	1318 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	USP47	Q96K76	1375 aa		4.59	□□□□□ -1.67
VMP1-216	ENST00000592790	TOPBP1	Q92547	1522 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	NCOA1	Q15788	1441 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	EIF3A	Q14152	1382 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	KIF7	Q2M1P5	1343 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	PTMS	P20962	102 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	PKD2	Q13563	968 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	ARID3C	A6NKF2	412 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	RRP1	P56182	461 aa	Known RBP	4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	CHMP7	Q8WUX9	453 aa	Predicted RBP	4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	STAC3	Q96MF2	364 aa		4.58	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	POLA1	P09884	1462 aa	Predicted RBP	4.57	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	AAMP	Q13685	434 aa		4.57	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	CHMP4B	Q9H444	224 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	PODXL2	Q9NZ53	605 aa		4.57	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	CENPQ	Q7L2Z9	268 aa	Predicted RBP	4.57	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	TDRD9	Q8NDG6	1382 aa	Known RBP	4.57	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	PLEKHH2	Q8IVE3	1493 aa		4.57	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	LAMC3	Q9Y6N6	1575 aa		4.57	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	NUP155	O75694	1391 aa		4.57	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	TCOF1	Q13428	1488 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	RPRD2	Q5VT52	1461 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	RAD54L2	Q9Y4B4	1467 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	KIAA1107	Q9UPP5	1409 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	UGGT2	Q9NYU1	1516 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	PDE4A	P27815	886 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	CFAP53	Q96M91	514 aa		4.56	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	DCAF11	Q8TEB1	546 aa		4.55	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	DAPK1	P53355	1430 aa		4.55	□□□□□ -1.68
VMP1-216	ENST00000592790	SALL2	Q9Y467	1007 aa	Predicted RBP	4.55	□□□□□ -1.68

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