RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568443.2

CLN3-232, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 969 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-232ENST00000568443 ARHGAP5Q13017 1502 aa36.24■■■■□ 3.39
CLN3-232ENST00000568443 POGZQ7Z3K3 1410 aa36.24■■■■□ 3.39
CLN3-232ENST00000568443 MAGI2Q86UL8 1455 aa36.24■■■■□ 3.39
CLN3-232ENST00000568443 ADAMTSL3P82987 1691 aa36.22■■■■□ 3.39
CLN3-232ENST00000568443 ZFYVE16Q7Z3T8 1539 aa36.21■■■■□ 3.39
CLN3-232ENST00000568443 YEATS2Q9ULM3 1422 aa36.2■■■■□ 3.39
CLN3-232ENST00000568443 BCORL1Q5H9F3 1711 aa36.19■■■■□ 3.38
CLN3-232ENST00000568443 PTPRMP28827 1452 aa36.14■■■■□ 3.38
CLN3-232ENST00000568443 HECW2Q9P2P5 1572 aa36.13■■■■□ 3.37
CLN3-232ENST00000568443 CDC42BPBQ9Y5S2 1711 aa36.12■■■■□ 3.37
CLN3-232ENST00000568443 AFAP1Q8N556 730 aa36.11■■■■□ 3.37
CLN3-232ENST00000568443 ZNF518AQ6AHZ1 1483 aa36.11■■■■□ 3.37
CLN3-232ENST00000568443 MADDQ8WXG6 1647 aa36.08■■■■□ 3.37
CLN3-232ENST00000568443 PREX2Q70Z35 1606 aa36.08■■■■□ 3.37
CLN3-232ENST00000568443 CEP162Q5TB80 1403 aa36.08■■■■□ 3.37
CLN3-232ENST00000568443 MYT1LQ9UL68 1186 aa36.07■■■■□ 3.36
CLN3-232ENST00000568443 ATP10AO60312 1499 aa36.05■■■■□ 3.36
CLN3-232ENST00000568443 MLECQ14165 292 aa36.03■■■■□ 3.36
CLN3-232ENST00000568443 CDC42BPAQ5VT25 1732 aa36■■■■□ 3.35
CLN3-232ENST00000568443 SIGLEC1Q9BZZ2 1709 aa36■■■■□ 3.35
CLN3-232ENST00000568443 KDM5CP41229 1560 aa35.99■■■■□ 3.35
CLN3-232ENST00000568443 MTUS2Q5JR59 1369 aa35.99■■■■□ 3.35
CLN3-232ENST00000568443 C9orf84Q5VXU9 1444 aa35.99■■■■□ 3.35
CLN3-232ENST00000568443 ZNF777Q9ULD5 760 aaPredicted RBP35.98■■■■□ 3.35
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CLN3-232ENST00000568443 LOC105371045A0A1W2PR82 267 aa35.96■■■■□ 3.35
CLN3-232ENST00000568443 ABCC1P33527 1531 aa35.95■■■■□ 3.35
CLN3-232ENST00000568443 ARHGEF12Q9NZN5 1544 aa35.94■■■■□ 3.34
CLN3-232ENST00000568443 GPATCH8Q9UKJ3 1502 aaKnown RBP35.94■■■■□ 3.34
CLN3-232ENST00000568443 TRAPPC8Q9Y2L5 1435 aa35.94■■■■□ 3.34
CLN3-232ENST00000568443 MLH3Q9UHC1 1453 aa35.91■■■■□ 3.34
CLN3-232ENST00000568443 CCNB3Q8WWL7 1395 aa35.9■■■■□ 3.34
CLN3-232ENST00000568443 PLPPR3Q6T4P5 718 aa35.9■■■■□ 3.34
CLN3-232ENST00000568443 CFDP1Q9UEE9 299 aaPredicted RBP35.9■■■■□ 3.34
CLN3-232ENST00000568443 ITSN2Q9NZM3 1697 aa35.9■■■■□ 3.34
CLN3-232ENST00000568443 DIP2CQ9Y2E4 1556 aa35.84■■■■□ 3.33
CLN3-232ENST00000568443 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP35.83■■■■□ 3.33
CLN3-232ENST00000568443 SAMD9LQ8IVG5 1584 aa35.83■■■■□ 3.33
CLN3-232ENST00000568443 FER1L4A9Z1Z3 1794 aa35.83■■■■□ 3.33
CLN3-232ENST00000568443 ABCA6Q8N139 1617 aa35.79■■■■□ 3.32
CLN3-232ENST00000568443 EHBP1L1Q8N3D4 1523 aa35.79■■■■□ 3.32
CLN3-232ENST00000568443 SYCP2Q9BX26 1530 aa35.78■■■■□ 3.32
CLN3-232ENST00000568443 PLEKHH2Q8IVE3 1493 aa35.77■■■■□ 3.32
CLN3-232ENST00000568443 REREQ9P2R6 1566 aa35.76■■■■□ 3.32
CLN3-232ENST00000568443 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP35.76■■■■□ 3.31
CLN3-232ENST00000568443 KIAA1107Q9UPP5 1409 aa35.75■■■■□ 3.31
CLN3-232ENST00000568443 KIDINS220Q9ULH0 1771 aa35.74■■■■□ 3.31
CLN3-232ENST00000568443 LMTK3Q96Q04 1460 aa35.73■■■■□ 3.31
CLN3-232ENST00000568443 TIAM1Q13009 1591 aa35.7■■■■□ 3.31
CLN3-232ENST00000568443 AGLP35573 1532 aa35.68■■■■□ 3.3
CLN3-232ENST00000568443 VPS8Q8N3P4 1428 aa35.68■■■■□ 3.3
CLN3-232ENST00000568443 ZNF644Q9H582 1327 aaPredicted RBP35.67■■■■□ 3.3
CLN3-232ENST00000568443 CEBPAP49715 358 aaPredicted RBP35.67■■■■□ 3.3
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CLN3-232ENST00000568443 NCOA2Q15596 1464 aa35.6■■■■□ 3.29
CLN3-232ENST00000568443 SUPT6HQ7KZ85 1726 aaKnown RBP35.6■■■■□ 3.29
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CLN3-232ENST00000568443 INO80Q9ULG1 1556 aaPredicted RBP35.54■■■■□ 3.28
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CLN3-232ENST00000568443 LRRC9Q6ZRR7 1453 aa35.52■■■■□ 3.28
CLN3-232ENST00000568443 A2MP01023 1474 aa35.5■■■■□ 3.27
CLN3-232ENST00000568443 CNTLNQ9NXG0 1405 aa35.49■■■■□ 3.27
CLN3-232ENST00000568443 SETD1BQ9UPS6 1966 aaKnown RBP35.48■■■■□ 3.27
CLN3-232ENST00000568443 PREX1Q8TCU6 1659 aa35.47■■■■□ 3.27
CLN3-232ENST00000568443 RSPH4AQ5TD94 716 aa35.46■■■■□ 3.27
CLN3-232ENST00000568443 KANK4Q5T7N3 995 aaPredicted RBP35.45■■■■□ 3.27
CLN3-232ENST00000568443 MAP3K1Q13233 1512 aa35.45■■■■□ 3.27
CLN3-232ENST00000568443 C3P01024 1663 aa35.45■■■■□ 3.27
CLN3-232ENST00000568443 CAMSAP2Q08AD1 1489 aa35.44■■■■□ 3.26
CLN3-232ENST00000568443 RTEL1-TNFRSF6BF6WH68 1400 aa35.44■■■■□ 3.26
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CLN3-232ENST00000568443 UHRF1BP1Q6BDS2 1440 aa35.41■■■■□ 3.26
CLN3-232ENST00000568443 GGT6Q6P531 493 aa35.41■■■■□ 3.26
CLN3-232ENST00000568443 ADGBQ8N7X0 1667 aa35.4■■■■□ 3.26
CLN3-232ENST00000568443 CCDC141Q6ZP82 1450 aa35.4■■■■□ 3.26
CLN3-232ENST00000568443 APLP2Q06481 763 aa35.38■■■■□ 3.25
CLN3-232ENST00000568443 ZMYM3Q14202 1370 aa35.36■■■■□ 3.25
CLN3-232ENST00000568443 TSPY4P0CV99 314 aa35.34■■■■□ 3.25
CLN3-232ENST00000568443 TSPY10P0CW01 314 aa35.34■■■■□ 3.25
CLN3-232ENST00000568443 DHX29Q7Z478 1369 aaKnown RBP35.34■■■■□ 3.25
CLN3-232ENST00000568443 PPP6R1Q9UPN7 881 aa35.33■■■■□ 3.25
CLN3-232ENST00000568443 MROH2AA6NES4 1674 aa35.32■■■■□ 3.24
CLN3-232ENST00000568443 ARHGEF5Q12774 1597 aa35.29■■■■□ 3.24
CLN3-232ENST00000568443 CLTCQ00610 1675 aaKnown RBP35.27■■■■□ 3.24
CLN3-232ENST00000568443 NPATQ14207 1427 aa35.26■■■■□ 3.24
CLN3-232ENST00000568443 MYOM3Q5VTT5 1437 aa35.26■■■■□ 3.24
CLN3-232ENST00000568443 KIF3BO15066 747 aa35.25■■■■□ 3.23
CLN3-232ENST00000568443 MIA2Q96PC5 1412 aa35.24■■■■□ 3.23
CLN3-232ENST00000568443 DMRT2Q9Y5R5 561 aa35.24■■■■□ 3.23
CLN3-232ENST00000568443 FBXO41Q8TF61 875 aa35.21■■■■□ 3.23
CLN3-232ENST00000568443 STRCQ7RTU9 1775 aa35.17■■■■□ 3.22
CLN3-232ENST00000568443 PTPRKQ15262 1439 aa35.14■■■■□ 3.22
CLN3-232ENST00000568443 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa35.1■■■■□ 3.21
CLN3-232ENST00000568443 MAST1Q9Y2H9 1570 aa35.1■■■■□ 3.21
CLN3-232ENST00000568443 CERKQ8TCT0 537 aa35.07■■■■□ 3.2
CLN3-232ENST00000568443 KDM5DQ9BY66 1539 aa35.03■■■■□ 3.2
CLN3-232ENST00000568443 PTPRTO14522 1441 aa35.03■■■■□ 3.2
CLN3-232ENST00000568443 NCOA1Q15788 1441 aa35.03■■■■□ 3.2
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