RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000568443.2

CLN3-232, Transcript of CLN3, battenin, humanhuman

TSL 3

Gene CLN3, Length 969 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

Download Table  
RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLN3-232ENST00000568443 NISCHQ9Y2I1 1504 aa55.5■■■■■ 6.47
CLN3-232ENST00000568443 CCDC180Q9P1Z9 1646 aa49.58■■■■■ 5.53
CLN3-232ENST00000568443 ABCC9O60706 1549 aa49.26■■■■■ 5.48
CLN3-232ENST00000568443 RB1CC1Q8TDY2 1594 aa47.05■■■■■ 5.12
CLN3-232ENST00000568443 DCAF8L2P0C7V8 631 aa46.84■■■■■ 5.09
CLN3-232ENST00000568443 NACADO15069 1562 aa46.83■■■■■ 5.09
CLN3-232ENST00000568443 MYO15BQ96JP2 1530 aa46.29■■■■■ 5
CLN3-232ENST00000568443 ZCCHC6Q5VYS8 1495 aaKnown RBP46.05■■■■■ 4.96
CLN3-232ENST00000568443 PABPN1Q86U42 306 aaKnown RBP eCLIP45.99■■■■■ 4.95
CLN3-232ENST00000568443 UNC13AQ9UPW8 1703 aa45.93■■■■■ 4.94
CLN3-232ENST00000568443 DNAJC5BQ9UF47 199 aa45.87■■■■■ 4.93
CLN3-232ENST00000568443 DCAF1Q9Y4B6 1507 aa45.85■■■■■ 4.93
CLN3-232ENST00000568443 BICRAQ9NZM4 1560 aa45.62■■■■■ 4.89
CLN3-232ENST00000568443 SCRIBQ14160 1630 aa45.23■■■■■ 4.83
CLN3-232ENST00000568443 SHROOM4Q9ULL8 1493 aa45.06■■■■■ 4.8
CLN3-232ENST00000568443 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa44.49■■■■■ 4.71
CLN3-232ENST00000568443 EIF4G1Q04637 1599 aaKnown RBP44.48■■■■■ 4.71
CLN3-232ENST00000568443 CECR2Q9BXF3 1484 aa44.34■■■■■ 4.69
CLN3-232ENST00000568443 NCAPD3P42695 1498 aa43.24■■■■■ 4.51
CLN3-232ENST00000568443 SMARCA4P51532 1647 aa43.19■■■■■ 4.5
CLN3-232ENST00000568443 ATAD2BQ9ULI0 1458 aa43.15■■■■■ 4.5
CLN3-232ENST00000568443 SMARCA2P51531 1590 aa43.06■■■■■ 4.48
CLN3-232ENST00000568443 BAZ1AQ9NRL2 1556 aaPredicted RBP43.06■■■■■ 4.48
CLN3-232ENST00000568443 HMGXB3Q12766 1538 aa42.92■■■■■ 4.46
CLN3-232ENST00000568443 BAZ1BQ9UIG0 1483 aaKnown RBP42.78■■■■■ 4.44
CLN3-232ENST00000568443 MROH2BQ7Z745 1585 aa42.76■■■■■ 4.44
CLN3-232ENST00000568443 PEG3Q9GZU2 1588 aa42.75■■■■■ 4.43
CLN3-232ENST00000568443 ERCC6Q03468 1493 aa42.54■■■■■ 4.4
CLN3-232ENST00000568443 NESP48681 1621 aa42.42■■■■■ 4.38
CLN3-232ENST00000568443 CUX2O14529 1486 aa42.27■■■■■ 4.36
CLN3-232ENST00000568443 WIZO95785 1651 aa42.26■■■■■ 4.36
CLN3-232ENST00000568443 LAMC3Q9Y6N6 1575 aa42.18■■■■■ 4.34
CLN3-232ENST00000568443 RSF1Q96T23 1441 aaPredicted RBP42.05■■■■■ 4.32
CLN3-232ENST00000568443 PDS5BQ9NTI5 1447 aa41.98■■■■■ 4.31
CLN3-232ENST00000568443 CADPSQ9ULU8 1353 aa41.97■■■■■ 4.31
CLN3-232ENST00000568443 DNAJC5Q9H3Z4 198 aa41.86■■■■■ 4.29
CLN3-232ENST00000568443 KIF21AQ7Z4S6 1674 aa41.85■■■■■ 4.29
CLN3-232ENST00000568443 THOC2Q8NI27 1593 aaKnown RBP41.84■■■■■ 4.29
CLN3-232ENST00000568443 TOP2AP11388 1531 aaKnown RBP41.75■■■■■ 4.27
CLN3-232ENST00000568443 CFTRP13569 1480 aa41.54■■■■■ 4.24
CLN3-232ENST00000568443 MRC2Q9UBG0 1479 aa41.54■■■■■ 4.24
CLN3-232ENST00000568443 FANCD2Q9BXW9 1451 aa41.47■■■■■ 4.23
CLN3-232ENST00000568443 CEP164Q9UPV0 1460 aa41.47■■■■■ 4.23
CLN3-232ENST00000568443 WDR62O43379 1518 aa41.39■■■■■ 4.22
CLN3-232ENST00000568443 CCDC88BA6NC98 1476 aa41.32■■■■■ 4.2
CLN3-232ENST00000568443 PRDM2Q13029 1718 aa41.1■■■■■ 4.17
CLN3-232ENST00000568443 URB2Q14146 1524 aaKnown RBP41.08■■■■■ 4.17
CLN3-232ENST00000568443 TOPBP1Q92547 1522 aa40.72■■■■■ 4.11
CLN3-232ENST00000568443 ABCC8Q09428 1581 aa40.7■■■■■ 4.11
CLN3-232ENST00000568443 IFT140Q96RY7 1462 aa40.64■■■■■ 4.1
CLN3-232ENST00000568443 SUPT5HO00267 1087 aaKnown RBP40.61■■■■■ 4.09
CLN3-232ENST00000568443 DNMBPQ6XZF7 1577 aa40.59■■■■■ 4.09
CLN3-232ENST00000568443 OSCARQ8IYS5 282 aa40.52■■■■■ 4.08
CLN3-232ENST00000568443 ZNF608Q9ULD9 1512 aaPredicted RBP40.51■■■■■ 4.08
CLN3-232ENST00000568443 POLA1P09884 1462 aaPredicted RBP40.32■■■■■ 4.05
CLN3-232ENST00000568443 TARBP1Q13395 1621 aaKnown RBP40.3■■■■■ 4.04
CLN3-232ENST00000568443 EIF4G3O43432 1585 aaKnown RBP40.27■■■■■ 4.04
CLN3-232ENST00000568443 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP40.24■■■■■ 4.036e-6■■■■□ 25.1
CLN3-232ENST00000568443 TRIM41Q8WV44 630 aa40.23■■■■■ 4.03
CLN3-232ENST00000568443 SOGA1O94964 1423 aa40.21■■■■■ 4.03
CLN3-232ENST00000568443 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa40.19■■■■■ 4.02
CLN3-232ENST00000568443 CUX1P39880 1505 aa40.15■■■■■ 4.02
CLN3-232ENST00000568443 FGD5Q6ZNL6 1462 aa40.13■■■■■ 4.02
CLN3-232ENST00000568443 TDRD9Q8NDG6 1382 aaKnown RBP40.08■■■■■ 4.01
CLN3-232ENST00000568443 FBLN2P98095 1184 aa39.98■■■■□ 3.99
CLN3-232ENST00000568443 WDR97A6NE52 1622 aa39.91■■■■□ 3.98
CLN3-232ENST00000568443 CHD1O14646 1710 aa39.91■■■■□ 3.98
CLN3-232ENST00000568443 RIMBP3CA6NJZ7 1639 aa39.82■■■■□ 3.96
CLN3-232ENST00000568443 RIMBP3BA6NNM3 1639 aa39.82■■■■□ 3.96
CLN3-232ENST00000568443 RIMBP3Q9UFD9 1639 aa39.82■■■■□ 3.96
CLN3-232ENST00000568443 SNAPC4Q5SXM2 1469 aa39.81■■■■□ 3.96
CLN3-232ENST00000568443 GRIN2BQ13224 1484 aa39.78■■■■□ 3.96
CLN3-232ENST00000568443 CHMP7Q8WUX9 453 aaPredicted RBP39.75■■■■□ 3.95
CLN3-232ENST00000568443 ARHGEF11O15085 1522 aa39.75■■■■□ 3.95
CLN3-232ENST00000568443 MAGI1Q96QZ7 1491 aaPredicted RBP39.73■■■■□ 3.95
CLN3-232ENST00000568443 ABCA10Q8WWZ4 1543 aa39.7■■■■□ 3.95
CLN3-232ENST00000568443 GAPVD1Q14C86 1478 aa39.7■■■■□ 3.95
CLN3-232ENST00000568443 WRNQ14191 1432 aaPredicted RBP eCLIP39.68■■■■□ 3.94
CLN3-232ENST00000568443 TOP2BQ02880 1626 aa39.62■■■■□ 3.93
CLN3-232ENST00000568443 SYNJ2O15056 1496 aa39.6■■■■□ 3.93
CLN3-232ENST00000568443 BIVM-ERCC5R4GMW8 1640 aa39.59■■■■□ 3.93
CLN3-232ENST00000568443 PBRM1Q86U86 1689 aa39.59■■■■□ 3.93
CLN3-232ENST00000568443 SYNJ1O43426 1573 aa39.56■■■■□ 3.92
CLN3-232ENST00000568443 ABCA5Q8WWZ7 1642 aa39.56■■■■□ 3.92
CLN3-232ENST00000568443 CYB5RLQ6IPT4 315 aa39.55■■■■□ 3.92
CLN3-232ENST00000568443 CLASP1Q7Z460 1538 aa39.45■■■■□ 3.91
CLN3-232ENST00000568443 ARAP1Q96P48 1450 aa39.38■■■■□ 3.9
CLN3-232ENST00000568443 GRIN2AQ12879 1464 aa39.25■■■■□ 3.87
CLN3-232ENST00000568443 ADAMTS12P58397 1594 aa39.24■■■■□ 3.87
CLN3-232ENST00000568443 FHAD1B1AJZ9 1412 aa39.22■■■■□ 3.87
CLN3-232ENST00000568443 ERICH3Q5RHP9 1530 aa39.21■■■■□ 3.87
CLN3-232ENST00000568443 NUP160Q12769 1436 aa39.09■■■■□ 3.85
CLN3-232ENST00000568443 CEP170Q5SW79 1584 aa39.07■■■■□ 3.84
CLN3-232ENST00000568443 TRHP20396 242 aaPredicted RBP39.01■■■■□ 3.84
CLN3-232ENST00000568443 KIF27Q86VH2 1401 aa38.92■■■■□ 3.82
CLN3-232ENST00000568443 ERCC6L2Q5T890 1561 aa38.87■■■■□ 3.81
CLN3-232ENST00000568443 IGF1RP08069 1367 aa38.86■■■■□ 3.81
CLN3-232ENST00000568443 SHROOM2Q13796 1616 aa38.84■■■■□ 3.81
CLN3-232ENST00000568443 JPH4Q96JJ6 628 aa38.8■■■■□ 3.8
CLN3-232ENST00000568443 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP38.73■■■■□ 3.79
Retrieved 100 of 20,778 RNA–protein pairs in 14.3 ms