RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000428026.6

PTPRU-204, Transcript of protein tyrosine phosphatase, receptor type U, humanhuman

TSL 1 (best) BASIC

Gene PTPRU, Length 5,550 nt, Biotype protein coding, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum .

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RNA Protein Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Gene UniProt Accession Length Protein Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PTPRU-204ENST00000428026 CFAP53Q96M91 514 aa18.68■□□□□ 0.58
PTPRU-204ENST00000428026 FHOD3Q2V2M9 1422 aa18.67■□□□□ 0.58
PTPRU-204ENST00000428026 CC2D1BQ5T0F9 858 aaKnown RBP18.67■□□□□ 0.58
PTPRU-204ENST00000428026 FMN1Q68DA7 1419 aa18.67■□□□□ 0.58
PTPRU-204ENST00000428026 TSHZ2Q9NRE2 1034 aa18.66■□□□□ 0.58
PTPRU-204ENST00000428026 ARID3AQ99856 593 aa18.65■□□□□ 0.58
PTPRU-204ENST00000428026 MSNP26038 577 aaKnown RBP18.63■□□□□ 0.57
PTPRU-204ENST00000428026 L1TD1Q5T7N2 865 aaKnown RBP18.63■□□□□ 0.57
PTPRU-204ENST00000428026 RAD54L2Q9Y4B4 1467 aa18.63■□□□□ 0.57
PTPRU-204ENST00000428026 VPS8Q8N3P4 1428 aa18.63■□□□□ 0.57
PTPRU-204ENST00000428026 HNRNPMP52272 730 aaKnown RBP eCLIP18.62■□□□□ 0.57
PTPRU-204ENST00000428026 HSCBQ8IWL3 235 aa18.61■□□□□ 0.57
PTPRU-204ENST00000428026 ARHGAP35Q9NRY4 1499 aa18.61■□□□□ 0.57
PTPRU-204ENST00000428026 DCAF11Q8TEB1 546 aa18.59■□□□□ 0.57
PTPRU-204ENST00000428026 FGD5Q6ZNL6 1462 aa18.59■□□□□ 0.57
PTPRU-204ENST00000428026 PTPRGP23470 1445 aa18.58■□□□□ 0.57
PTPRU-204ENST00000428026 GZF1Q9H116 711 aaPredicted RBP18.58■□□□□ 0.57
PTPRU-204ENST00000428026 MAPK8IP3Q9UPT6 1336 aa18.58■□□□□ 0.56
PTPRU-204ENST00000428026 AQRO60306 1485 aaKnown RBP eCLIP18.57■□□□□ 0.565e-6■■■■□ 20.5
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PTPRU-204ENST00000428026 KIF3BO15066 747 aa18.57■□□□□ 0.56
PTPRU-204ENST00000428026 RUSC2Q8N2Y8 1516 aa18.56■□□□□ 0.56
PTPRU-204ENST00000428026 GAPVD1Q14C86 1478 aa18.56■□□□□ 0.56
PTPRU-204ENST00000428026 TULP1O00294 542 aaPredicted RBP18.56■□□□□ 0.56
PTPRU-204ENST00000428026 DNAJC5BQ9UF47 199 aa18.56■□□□□ 0.56
PTPRU-204ENST00000428026 NESP48681 1621 aa18.55■□□□□ 0.56
PTPRU-204ENST00000428026 FOXD1Q16676 465 aa18.55■□□□□ 0.56
PTPRU-204ENST00000428026 CC2D2AQ9P2K1 1620 aa18.55■□□□□ 0.56
PTPRU-204ENST00000428026 CDCA8Q53HL2 280 aa18.55■□□□□ 0.56
PTPRU-204ENST00000428026 SAFB2Q14151 953 aaKnown RBP eCLIP18.55■□□□□ 0.56
PTPRU-204ENST00000428026 PKD2Q13563 968 aa18.54■□□□□ 0.56
PTPRU-204ENST00000428026 CHAF1AQ13111 956 aaPredicted RBP18.54■□□□□ 0.56
PTPRU-204ENST00000428026 SLKQ9H2G2 1235 aaPredicted RBP18.54■□□□□ 0.56
PTPRU-204ENST00000428026 CCER2I3L3R5 266 aa18.52■□□□□ 0.56
PTPRU-204ENST00000428026 SPAG9O60271 1321 aaKnown RBP18.51■□□□□ 0.55
PTPRU-204ENST00000428026 GOLGA6L6A8MZA4 724 aa18.51■□□□□ 0.55
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PTPRU-204ENST00000428026 STK26Q9P289 416 aa18.5■□□□□ 0.55
PTPRU-204ENST00000428026 U2SURPO15042 1029 aaKnown RBP18.5■□□□□ 0.55
PTPRU-204ENST00000428026 NAP1L2Q9ULW6 460 aaPredicted RBP18.49■□□□□ 0.55
PTPRU-204ENST00000428026 FGD1P98174 961 aa18.49■□□□□ 0.55
PTPRU-204ENST00000428026 GOLGA6L4A6NEF3 574 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRU-204ENST00000428026 NUDCQ9Y266 331 aa18.48■□□□□ 0.55
PTPRU-204ENST00000428026 KCNJ4P48050 445 aa18.47■□□□□ 0.55
PTPRU-204ENST00000428026 DRC7Q8IY82 874 aa18.47■□□□□ 0.55
PTPRU-204ENST00000428026 NUP155O75694 1391 aa18.47■□□□□ 0.55
PTPRU-204ENST00000428026 IGF1RP08069 1367 aa18.47■□□□□ 0.55
PTPRU-204ENST00000428026 OS9Q13438 667 aaPredicted RBP18.46■□□□□ 0.55
PTPRU-204ENST00000428026 ANKRD30AQ9BXX3 1397 aa18.45■□□□□ 0.54
PTPRU-204ENST00000428026 WASHC2CQ9Y4E1 1318 aa18.45■□□□□ 0.54
PTPRU-204ENST00000428026 NRDCO43847 1150 aa18.44■□□□□ 0.54
PTPRU-204ENST00000428026 FAM69CQ0P6D2 419 aa18.44■□□□□ 0.54
PTPRU-204ENST00000428026 SOX12O15370 315 aa18.44■□□□□ 0.54
PTPRU-204ENST00000428026 HSPA5P11021 654 aaKnown RBP18.44■□□□□ 0.54
PTPRU-204ENST00000428026 SRPK2P78362 688 aaKnown RBP18.44■□□□□ 0.54
PTPRU-204ENST00000428026 MS4A1P11836 297 aa18.43■□□□□ 0.54
PTPRU-204ENST00000428026 IPO9Q96P70 1041 aaKnown RBP18.42■□□□□ 0.54
PTPRU-204ENST00000428026 CCDC18Q5T9S5 1454 aa18.42■□□□□ 0.54
PTPRU-204ENST00000428026 SETD5Q9C0A6 1442 aa18.42■□□□□ 0.54
PTPRU-204ENST00000428026 NUTM2DQ5VT03 806 aaPredicted RBP18.41■□□□□ 0.54
PTPRU-204ENST00000428026 CHMP4BQ9H444 224 aaKnown RBP18.4■□□□□ 0.54
PTPRU-204ENST00000428026 APBB1O00213 710 aa18.39■□□□□ 0.53
PTPRU-204ENST00000428026 RCAN3Q9UKA8 241 aa18.39■□□□□ 0.53
PTPRU-204ENST00000428026 TCERG1O14776 1098 aaKnown RBP18.38■□□□□ 0.53
PTPRU-204ENST00000428026 MPHOSPH9Q99550 1183 aa18.38■□□□□ 0.53
PTPRU-204ENST00000428026 RSPH4AQ5TD94 716 aa18.38■□□□□ 0.53
PTPRU-204ENST00000428026 GBP4Q96PP9 640 aa18.37■□□□□ 0.53
PTPRU-204ENST00000428026 GOLGA6L3A6NEY3 463 aa18.36■□□□□ 0.53
PTPRU-204ENST00000428026 CFTRP13569 1480 aa18.36■□□□□ 0.53
PTPRU-204ENST00000428026 MRC2Q9UBG0 1479 aa18.35■□□□□ 0.53
PTPRU-204ENST00000428026 TMF1P82094 1093 aa18.35■□□□□ 0.53
PTPRU-204ENST00000428026 KIAA2012Q0VF49 1180 aa18.34■□□□□ 0.53
PTPRU-204ENST00000428026 MCCP23508 829 aa18.33■□□□□ 0.52
PTPRU-204ENST00000428026 EID1Q9Y6B2 187 aa18.32■□□□□ 0.52
PTPRU-204ENST00000428026 GRIN2BQ13224 1484 aa18.31■□□□□ 0.52
PTPRU-204ENST00000428026 MFAP1P55081 439 aaKnown RBP18.31■□□□□ 0.52
PTPRU-204ENST00000428026 RAB3GAP2Q9H2M9 1393 aa18.3■□□□□ 0.52
PTPRU-204ENST00000428026 PAK3O75914 559 aaPredicted RBP18.29■□□□□ 0.52
PTPRU-204ENST00000428026 FOXD4L1Q9NU39 408 aa18.29■□□□□ 0.52
PTPRU-204ENST00000428026 MORC1Q86VD1 984 aa18.27■□□□□ 0.52
PTPRU-204ENST00000428026 TIMELESSQ9UNS1 1208 aa18.27■□□□□ 0.52
PTPRU-204ENST00000428026 SLC4A3P48751 1232 aa18.26■□□□□ 0.51
PTPRU-204ENST00000428026 ITPRIPQ8IWB1 547 aa18.26■□□□□ 0.51
PTPRU-204ENST00000428026 HSP90AA2PQ14568 343 aaPredicted RBP18.25■□□□□ 0.51
PTPRU-204ENST00000428026 KTN1Q86UP2 1357 aaKnown RBP18.25■□□□□ 0.51
PTPRU-204ENST00000428026 HMGXB3Q12766 1538 aa18.24■□□□□ 0.51
PTPRU-204ENST00000428026 RWDD1Q9H446 243 aaPredicted RBP18.24■□□□□ 0.51
PTPRU-204ENST00000428026 TNNT3P45378 269 aaPredicted RBP18.24■□□□□ 0.51
PTPRU-204ENST00000428026 IFT140Q96RY7 1462 aa18.23■□□□□ 0.51
PTPRU-204ENST00000428026 PTMSP20962 102 aa18.23■□□□□ 0.51
PTPRU-204ENST00000428026 VSIG10Q8N0Z9 540 aa18.23■□□□□ 0.51
PTPRU-204ENST00000428026 PRG4Q92954 1404 aaPredicted RBP18.22■□□□□ 0.51
PTPRU-204ENST00000428026 BICRAQ9NZM4 1560 aa18.22■□□□□ 0.51
PTPRU-204ENST00000428026 NUTM2FA1L443 756 aa18.21■□□□□ 0.51
PTPRU-204ENST00000428026 TOPBP1Q92547 1522 aa18.21■□□□□ 0.51
PTPRU-204ENST00000428026 ROCK2O75116 1388 aaKnown RBP18.2■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 HDGFL2Q7Z4V5 671 aaPredicted RBP18.19■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 CLUAP1Q96AJ1 413 aa18.19■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 CALD1Q05682 793 aaKnown RBP18.18■□□□□ 0.5
PTPRU-204ENST00000428026 AEBP2Q6ZN18 517 aaPredicted RBP18.18■□□□□ 0.5
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