RNA–Protein interactions for RNA: YDR457W

TOM1, Transcript of E3 ubiquitin ligase of the hect-domain class, yeast

Gene TOM1, Length 9,807 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
TOM1	YDR457W	RHO2	P06781	192 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	TCP1	P12612	559 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	TRX2	P22803	104 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	NPL4	P33755	580 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	DHR2	P36009	735 aa	Predicted RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	RCR1	P38212	213 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	RIM4	P38741	713 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	DDI1	P40087	428 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	SER33	P40510	469 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	LSC2	P53312	427 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	LIP2	Q06005	328 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	YLR146W-A	Q2V2P1	62 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	RPN13	O13563	156 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	ADE5,7	P07244	802 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	MSF1	P08425	469 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	TUB3	P09734	445 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	SKG1	P36169	355 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	MRP21	P38175	177 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	RRF1	P38771	230 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	SNZ3	P43545	298 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	EXG2	P52911	562 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	SNZ2	P53824	298 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	FMP41	P53889	259 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	CDC55	Q00362	526 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	DNL4	Q08387	944 aa	Predicted RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	CPA1	P07258	411 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	CDC6	P09119	513 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	RAP1	P11938	827 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	SNA3	P14359	133 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	SEC18	P18759	758 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	ISY1	P21374	235 aa	Predicted RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	ADY2	P25613	283 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	RPF2	P36160	344 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	END3	P39013	349 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	GIP4	P39732	760 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	AFG3	P39925	761 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	UTP7	P40055	554 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	SFH5	P47008	294 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	DIS3	Q08162	1001 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	ESA1	Q08649	445 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	YPR011C	Q12251	326 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	GAL10	P04397	699 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	EMC1	P25574	760 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	RSC6	P25632	483 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	HIR1	P32479	840 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	TUL1	P36096	758 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	YHR202W	P38887	602 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	SEC72	P39742	193 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	ACA1	P39970	489 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	ASG1	P40467	964 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	PCI8	P40512	444 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	ALT1	P52893	592 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	YLR345W	Q06137	509 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	NOP6	Q07623	225 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	DDC1	Q08949	612 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	HAL9	Q12180	1030 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	PTR2	P32901	601 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	MPE1	P35728	441 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	MED8	P38304	223 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	YHR182W	P38870	785 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	HPA3	P39979	161 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	PEX31	P53203	462 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	MAG2	Q06436	670 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	HPR1	P17629	752 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	PEX1	P24004	1043 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	PUF4	P25339	888 aa	Known RBP RIP-Chip data	2.73	□□□□□ -1.97	not detected
TOM1	YDR457W	UBP11	P36026	717 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	AIM29	P36154	155 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	APL3	P38065	1025 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	EHT1	P38295	451 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	DSS1	P39112	969 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	PRM9	P39551	298 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	YEL025C	P39991	1188 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	VFA1	P40080	203 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	STR2	P47164	639 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	UFD1	P53044	361 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	YTP1	P53584	459 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	TIM44	Q01852	431 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	SWP1	Q02795	286 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	NHX1	Q04121	633 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	YLR225C	Q05948	407 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	HRD1	Q08109	551 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	RAV1	P47104	1357 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	IMA3	P0CW40	589 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	IMA4	P0CW41	589 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	RPS6A	P0CX37	236 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	RPS6B	P0CX38	236 aa	Predicted RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	HIS7	P33734	552 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	PEX6	P33760	1030 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	RGI1	P40043	161 aa	Predicted RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	PYK2	P52489	506 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	RPL22B	P56628	122 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	YPL071C	Q02864	156 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	CWC15	Q03772	175 aa	Known RBP	2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	IMA2	Q08295	589 aa		2.73	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	SEC4	P07560	215 aa	Known RBP	2.72	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	OSM1	P21375	501 aa	Known RBP	2.72	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	CBP3	P21560	335 aa		2.72	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	MYO3	P36006	1272 aa		2.72	□□□□□ -1.97
TOM1	YDR457W	SYG1	P40528	902 aa		2.72	□□□□□ -1.97

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