RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000488520.5

USP4-213, Transcript of ubiquitin specific peptidase 4, human

TSL 3

Gene USP4, Length 1,155 nt, Biotype processed transcript, Subcellular localisation Endoplasmic reticulum, Ribosome .

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RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
USP4-213	ENST00000488520		H3BT86	120 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP4-213	ENST00000488520		K7EP34	96 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP4-213	ENST00000488520	RPS29	P62273	56 aa	Known RBP	4.97	□□□□□ -1.61
USP4-213	ENST00000488520	TEN1	Q86WV5	123 aa		4.97	□□□□□ -1.61
USP4-213	ENST00000488520	IGLV7-46	A0A075B6I9	117 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP4-213	ENST00000488520	IGKV2D-30	A0A075B6S6	120 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP4-213	ENST00000488520		A0A0G2JQZ4	141 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP4-213	ENST00000488520	PDE6G	P18545	87 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP4-213	ENST00000488520	VPS25	Q9BRG1	176 aa		4.96	□□□□□ -1.62
USP4-213	ENST00000488520	TPRXL	Q17RH7	258 aa		4.95	□□□□□ -1.62
USP4-213	ENST00000488520		F8W1H4	67 aa		4.94	□□□□□ -1.62
USP4-213	ENST00000488520	CCK	P06307	115 aa		4.94	□□□□□ -1.62
USP4-213	ENST00000488520	MTURN	Q8N3F0	131 aa		4.94	□□□□□ -1.62
USP4-213	ENST00000488520	SS18L2	Q9UHA2	77 aa		4.94	□□□□□ -1.62
USP4-213	ENST00000488520	TRBV7-4	A0A0J9YYF1	115 aa		4.93	□□□□□ -1.62
USP4-213	ENST00000488520	TRBV7-7	A0A0K0K1E9	115 aa		4.93	□□□□□ -1.62
USP4-213	ENST00000488520		Q6Q795	121 aa		4.93	□□□□□ -1.62
USP4-213	ENST00000488520	FSIP2	Q5CZC0	6907 aa		4.93	□□□□□ -1.62
USP4-213	ENST00000488520	CRCT1	Q9UGL9	99 aa		4.92	□□□□□ -1.62
USP4-213	ENST00000488520		Q5XG85	94 aa		4.91	□□□□□ -1.62
USP4-213	ENST00000488520	FP248	Q71RG6	208 aa	Predicted RBP	4.91	□□□□□ -1.62
USP4-213	ENST00000488520		A0A087WSZ3	146 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP4-213	ENST00000488520		A0A1W2PNM2	257 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP4-213	ENST00000488520	C14orf132	Q9NPU4	83 aa		4.9	□□□□□ -1.63
USP4-213	ENST00000488520	LOC110117498	A0A087WWA1	95 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP4-213	ENST00000488520		A0A1B0GW54	56 aa		4.89	□□□□□ -1.63
USP4-213	ENST00000488520	ASB16-AS1	Q495Z4	193 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZQT0	140 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP4-213	ENST00000488520	OBSCN-AS1	Q96MR7	158 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP4-1	Q9BYQ7	146 aa		4.88	□□□□□ -1.63
USP4-213	ENST00000488520		A0A1B0GV90	55 aa		4.87	□□□□□ -1.63
USP4-213	ENST00000488520	NREP	Q16612	68 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP4-213	ENST00000488520	C1orf195	Q5TG92	126 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP4-213	ENST00000488520	PRO0461	Q9UI25	63 aa		4.86	□□□□□ -1.63
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP13-3	Q3SY46	172 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP4-213	ENST00000488520	ETDB	Q3ZM63	59 aa		4.84	□□□□□ -1.63
USP4-213	ENST00000488520	IGKV4-1	P06312	121 aa		4.83	□□□□□ -1.64
USP4-213	ENST00000488520		J3KT08	172 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP4-213	ENST00000488520	NDUFB1	O75438	58 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP4-213	ENST00000488520	SEC61B	P60468	96 aa	Known RBP	4.82	□□□□□ -1.64
USP4-213	ENST00000488520	SIGMAR1	Q99720	223 aa		4.82	□□□□□ -1.64
USP4-213	ENST00000488520	DEFB116	Q30KQ4	102 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP2-2	Q9BYT5	123 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP4-213	ENST00000488520	UBL5	Q9BZL1	73 aa		4.81	□□□□□ -1.64
USP4-213	ENST00000488520	C9orf92	A6NGG3	77 aa		4.79	□□□□□ -1.64
USP4-213	ENST00000488520	LINC00472	Q9H8W2	130 aa		4.79	□□□□□ -1.64
USP4-213	ENST00000488520	ACYP1	P07311	99 aa		4.78	□□□□□ -1.64
USP4-213	ENST00000488520		J3QR89	54 aa		4.77	□□□□□ -1.65
USP4-213	ENST00000488520	BPY2	O14599	106 aa		4.77	□□□□□ -1.65
USP4-213	ENST00000488520	LINC00313	P59037	77 aa		4.77	□□□□□ -1.65
USP4-213	ENST00000488520	IGHV6-1	A0A0B4J1U7	121 aa		4.76	□□□□□ -1.65
USP4-213	ENST00000488520		Q96NJ1	140 aa		4.76	□□□□□ -1.65
USP4-213	ENST00000488520		Q6ZVQ6	151 aa		4.75	□□□□□ -1.65
USP4-213	ENST00000488520	C8orf87	E5RJ46	101 aa		4.74	□□□□□ -1.65
USP4-213	ENST00000488520	PCP4	P48539	62 aa		4.74	□□□□□ -1.65
USP4-213	ENST00000488520	MT1H	P80294	61 aa		4.74	□□□□□ -1.65
USP4-213	ENST00000488520	LINC00846	Q9NV44	126 aa		4.74	□□□□□ -1.65
USP4-213	ENST00000488520		A0A1B0GVX0	72 aa		4.73	□□□□□ -1.65
USP4-213	ENST00000488520		A8MWP4	228 aa		4.73	□□□□□ -1.65
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP19-2	Q3LHN2	52 aa		4.73	□□□□□ -1.65
USP4-213	ENST00000488520	DSCR10	P59022	87 aa		4.72	□□□□□ -1.65
USP4-213	ENST00000488520	SVIP	Q8NHG7	77 aa		4.71	□□□□□ -1.66
USP4-213	ENST00000488520	FAM240A	A0A1B0GVK7	77 aa		4.7	□□□□□ -1.66
USP4-213	ENST00000488520	PCOTH	Q58A44	107 aa		4.7	□□□□□ -1.66
USP4-213	ENST00000488520	ATP11AUN	Q6ZP68	121 aa		4.7	□□□□□ -1.66
USP4-213	ENST00000488520	PRR15	Q8IV56	129 aa		4.7	□□□□□ -1.66
USP4-213	ENST00000488520	IGKV3D-7	A0A0C4DH55	119 aa		4.69	□□□□□ -1.66
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP10-6	P60371	365 aa	Predicted RBP	4.69	□□□□□ -1.66
USP4-213	ENST00000488520	C8orf17	Q9NRJ1	99 aa		4.68	□□□□□ -1.66
USP4-213	ENST00000488520		K7ERU9	68 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP4-213	ENST00000488520		M0R2T5	61 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP4-213	ENST00000488520	CXCL6	P80162	114 aa		4.67	□□□□□ -1.66
USP4-213	ENST00000488520		K7EQZ3	153 aa		4.66	□□□□□ -1.66
USP4-213	ENST00000488520	RPL37	P61927	97 aa	Known RBP	4.66	□□□□□ -1.66
USP4-213	ENST00000488520		Q75L30	129 aa		4.66	□□□□□ -1.66
USP4-213	ENST00000488520	hDV103S1	A0JD37	113 aa		4.65	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520	NDUFS5	O43920	106 aa		4.65	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520	NOTCH2NL	Q7Z3S9	236 aa		4.65	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520	ATP5EP2	Q5VTU8	51 aa		4.64	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520	CASC2	Q6XLA1	102 aa		4.64	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520	LINC00643	Q86TS7	51 aa		4.64	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520		Q8N9L7	120 aa		4.64	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520	FLG	P20930	4061 aa	Predicted RBP	4.63	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520		A0A0A0MQY5	61 aa		4.63	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520		A8MUU9	505 aa		4.63	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520	HIST1H4A	P62805	103 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520	TMEM254	Q8TBM7	123 aa		4.63	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520	C20orf166-AS1	Q96NR2	134 aa		4.63	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520	MRPL34	Q9BQ48	92 aa	Known RBP	4.63	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520	MT3	P25713	68 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520	WFDC13	Q8IUB5	93 aa		4.62	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520	MMP24-AS1	A0A0U1RRL7	71 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520	HCG22	E2RYF7	251 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520	COX6B2	Q6YFQ2	88 aa		4.61	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP16-1	A8MUX0	517 aa		4.6	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520	KRTAP10-7	P60409	375 aa	Predicted RBP	4.6	□□□□□ -1.67
USP4-213	ENST00000488520	ZCCHC13	Q8WW36	166 aa	Known RBP	4.56	□□□□□ -1.68
USP4-213	ENST00000488520	TP53AIP1	Q9HCN2	124 aa		4.55	□□□□□ -1.68
USP4-213	ENST00000488520	SCGB1A1	P11684	91 aa		4.53	□□□□□ -1.68
USP4-213	ENST00000488520	IMUP	Q9GZP8	106 aa		4.51	□□□□□ -1.69

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