RNA–Protein interactions for RNA: YHL028W

WSC4, Transcript of Endoplasmic reticulum (ER) membrane protein, yeast

Gene WSC4, Length 1,818 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
WSC4	YHL028W	SSM4	P40318	1319 aa		11.17	□□□□□ -0.62
WSC4	YHL028W	TY1B-JR2	P47100	1755 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
WSC4	YHL028W	TY1B-ER2	Q03619	1755 aa		11.17	□□□□□ -0.62
WSC4	YHL028W	TY1B-MR1	Q04214	1755 aa		11.17	□□□□□ -0.62
WSC4	YHL028W	TY1B-MR2	Q04670	1755 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
WSC4	YHL028W	TY1B-LR1	Q12088	1755 aa	Known RBP	11.17	□□□□□ -0.62
WSC4	YHL028W	TY1B-NL1	Q12112	1755 aa		11.17	□□□□□ -0.62
WSC4	YHL028W	TY1B-GR1	Q12141	1755 aa		11.17	□□□□□ -0.62
WSC4	YHL028W	TY1B-BL	Q12490	1755 aa		11.17	□□□□□ -0.62
WSC4	YHL028W	NUP170	P38181	1502 aa		11.13	□□□□□ -0.63
WSC4	YHL028W	TY3B-G	Q99315	1547 aa		11.12	□□□□□ -0.63
WSC4	YHL028W	PRI1	P10363	409 aa		11.12	□□□□□ -0.63
WSC4	YHL028W	SNT2	P53127	1403 aa		11.11	□□□□□ -0.63
WSC4	YHL028W	DNF1	P32660	1571 aa		11.08	□□□□□ -0.64
WSC4	YHL028W	RPA190	P10964	1664 aa	Known RBP	11.07	□□□□□ -0.64
WSC4	YHL028W	NTE1	Q04958	1679 aa		11.05	□□□□□ -0.64
WSC4	YHL028W	RPG1	P38249	964 aa	Known RBP	11.03	□□□□□ -0.64
WSC4	YHL028W	YBT1	P32386	1661 aa		11.02	□□□□□ -0.65
WSC4	YHL028W	RPO21	P04050	1733 aa	Known RBP	11.01	□□□□□ -0.65
WSC4	YHL028W	TFA1	P36100	482 aa		11.01	□□□□□ -0.65
WSC4	YHL028W	RTT106	P40161	455 aa		11.01	□□□□□ -0.65
WSC4	YHL028W	VPS15	P22219	1454 aa		10.99	□□□□□ -0.65
WSC4	YHL028W	IRC20	Q06554	1556 aa		10.98	□□□□□ -0.65
WSC4	YHL028W	GEA2	P39993	1459 aa	Known RBP	10.97	□□□□□ -0.65
WSC4	YHL028W	NUP159	P40477	1460 aa		10.92	□□□□□ -0.66
WSC4	YHL028W	AAD16	Q02895	342 aa		10.92	□□□□□ -0.66
WSC4	YHL028W	GDB1	Q06625	1536 aa		10.91	□□□□□ -0.66
WSC4	YHL028W	CAT8	P39113	1433 aa		10.89	□□□□□ -0.67
WSC4	YHL028W	ARO1	P08566	1588 aa	Known RBP	10.85	□□□□□ -0.67
WSC4	YHL028W	YRF1-1	P0CX20	1796 aa		10.85	□□□□□ -0.67
WSC4	YHL028W	YRF1-5	P0CX21	1796 aa		10.85	□□□□□ -0.67
WSC4	YHL028W	YRF1-8	P0CX22	1796 aa		10.85	□□□□□ -0.67
WSC4	YHL028W	SPO14	P36126	1683 aa		10.85	□□□□□ -0.67
WSC4	YHL028W	PDR10	P51533	1564 aa		10.84	□□□□□ -0.67
WSC4	YHL028W	CKB1	P43639	278 aa		10.84	□□□□□ -0.67
WSC4	YHL028W	BUD3	P25558	1636 aa		10.81	□□□□□ -0.68
WSC4	YHL028W	SRB8	P25648	1427 aa		10.8	□□□□□ -0.68
WSC4	YHL028W	NUP157	P40064	1391 aa	Known RBP	10.8	□□□□□ -0.68
WSC4	YHL028W	NSR1	P27476	414 aa	Known RBP RIP-Chip data	10.79	□□□□□ -0.68	not detected
WSC4	YHL028W	MET10	P39692	1035 aa		10.79	□□□□□ -0.68
WSC4	YHL028W	PDR12	Q02785	1511 aa		10.79	□□□□□ -0.68
WSC4	YHL028W	NOP2	P40991	618 aa	Known RBP	10.79	□□□□□ -0.68
WSC4	YHL028W	MET5	P47169	1442 aa		10.71	□□□□□ -0.69
WSC4	YHL028W	GCN2	P15442	1659 aa		10.69	□□□□□ -0.7
WSC4	YHL028W	YSP2	Q06681	1438 aa		10.68	□□□□□ -0.7
WSC4	YHL028W	POL5	P39985	1022 aa	Known RBP	10.68	□□□□□ -0.7
WSC4	YHL028W	BUD21	Q08492	214 aa	Predicted RBP	10.68	□□□□□ -0.7
WSC4	YHL028W	PRY3	P47033	881 aa		10.63	□□□□□ -0.71
WSC4	YHL028W	RPL17A	P05740	184 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
WSC4	YHL028W	RPL17B	P46990	184 aa	Known RBP	10.62	□□□□□ -0.71
WSC4	YHL028W	IQG1	Q12280	1495 aa		10.62	□□□□□ -0.71
WSC4	YHL028W	MMS1	Q06211	1407 aa		10.6	□□□□□ -0.71
WSC4	YHL028W	NOP7	P53261	605 aa	Known RBP	10.58	□□□□□ -0.72
WSC4	YHL028W	BNR1	P40450	1375 aa		10.56	□□□□□ -0.72
WSC4	YHL028W	YOR093C	Q12275	1648 aa		10.55	□□□□□ -0.72
WSC4	YHL028W	SEC7	P11075	2009 aa	Known RBP	10.54	□□□□□ -0.72
WSC4	YHL028W	ORC1	P54784	914 aa	Predicted RBP	10.51	□□□□□ -0.73
WSC4	YHL028W	TSR3	Q12094	313 aa	Known RBP	10.51	□□□□□ -0.73
WSC4	YHL028W	SPT7	P35177	1332 aa		10.51	□□□□□ -0.73
WSC4	YHL028W	CHC1	P22137	1653 aa	Known RBP	10.5	□□□□□ -0.73
WSC4	YHL028W	PAF1	P38351	445 aa		10.49	□□□□□ -0.73
WSC4	YHL028W	LTE1	P07866	1435 aa		10.48	□□□□□ -0.73
WSC4	YHL028W	REB1	P21538	810 aa		10.48	□□□□□ -0.73
WSC4	YHL028W	PDR5	P33302	1511 aa	Known RBP	10.48	□□□□□ -0.73
WSC4	YHL028W	ENP1	P38333	483 aa	Known RBP	10.47	□□□□□ -0.73
WSC4	YHL028W	VMR1	P38735	1592 aa		10.45	□□□□□ -0.74
WSC4	YHL028W	PDR11	P40550	1411 aa		10.45	□□□□□ -0.74
WSC4	YHL028W	DOP1	Q03921	1698 aa		10.44	□□□□□ -0.74
WSC4	YHL028W	LEU3	P08638	886 aa		10.41	□□□□□ -0.74
WSC4	YHL028W	SEC3	P33332	1336 aa	Known RBP	10.4	□□□□□ -0.74
WSC4	YHL028W	DRS2	P39524	1355 aa		10.39	□□□□□ -0.75
WSC4	YHL028W	RAV1	P47104	1357 aa		10.38	□□□□□ -0.75
WSC4	YHL028W	TRM3	Q07527	1436 aa		10.38	□□□□□ -0.75
WSC4	YHL028W	NUP188	P52593	1655 aa	Known RBP	10.38	□□□□□ -0.75
WSC4	YHL028W	TAF5	P38129	798 aa		10.37	□□□□□ -0.75
WSC4	YHL028W	IML1	P47170	1584 aa		10.37	□□□□□ -0.75
WSC4	YHL028W	RTC1	Q08281	1341 aa		10.35	□□□□□ -0.75
WSC4	YHL028W	MHP1	P43638	1398 aa		10.35	□□□□□ -0.75
WSC4	YHL028W	PSD2	P53037	1138 aa	Known RBP	10.35	□□□□□ -0.75
WSC4	YHL028W	TY3B-I	Q7LHG5	1498 aa	Known RBP	10.33	□□□□□ -0.76
WSC4	YHL028W	DNF2	Q12675	1612 aa		10.32	□□□□□ -0.76
WSC4	YHL028W	ITT1	Q04638	464 aa		10.31	□□□□□ -0.76
WSC4	YHL028W	NUP192	P47054	1683 aa		10.31	□□□□□ -0.76
WSC4	YHL028W	BNI1	P41832	1953 aa		10.3	□□□□□ -0.76
WSC4	YHL028W	SPT21	P35209	758 aa		10.28	□□□□□ -0.76
WSC4	YHL028W	KIP3	P53086	805 aa	Known RBP	10.28	□□□□□ -0.76
WSC4	YHL028W	TYS1	P36421	394 aa	Known RBP	10.27	□□□□□ -0.77
WSC4	YHL028W	YLR419W	Q06698	1435 aa	Known RBP	10.26	□□□□□ -0.77
WSC4	YHL028W	ESL2	P36168	1195 aa		10.24	□□□□□ -0.77
WSC4	YHL028W	NST1	P53935	1240 aa		10.24	□□□□□ -0.77
WSC4	YHL028W	PDS5	Q04264	1277 aa		10.24	□□□□□ -0.77
WSC4	YHL028W	PRS1	P32895	427 aa	Known RBP	10.21	□□□□□ -0.77
WSC4	YHL028W	IPL1	P38991	367 aa		10.2	□□□□□ -0.78
WSC4	YHL028W	SPE2	P21182	396 aa		10.17	□□□□□ -0.78
WSC4	YHL028W	RAD9	P14737	1309 aa		10.16	□□□□□ -0.78
WSC4	YHL028W	YAP3	P38749	330 aa		10.16	□□□□□ -0.78
WSC4	YHL028W	YCK3	P39962	524 aa		10.14	□□□□□ -0.79
WSC4	YHL028W	TAF8	Q03750	510 aa		10.14	□□□□□ -0.79
WSC4	YHL028W	URN1	Q06525	465 aa	Known RBP	10.12	□□□□□ -0.79
WSC4	YHL028W	BCK1	Q01389	1478 aa		10.11	□□□□□ -0.79

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