RNA–Protein interactions for RNA: ENST00000464454.1

CLK1-208, Transcript of CDC like kinase 1, human

TSL 2

Gene CLK1, Length 484 nt, Biotype retained intron, Subcellular localisation Nucleus .

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (ENCODE eCLIP)
Transcript Symbol	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	p-Value	Fold Change
CLK1-208	ENST00000464454	CIZ1	Q9ULV3	898 aa	Predicted RBP	11.27	□□□□□ -0.61
CLK1-208	ENST00000464454	RASEF	Q8IZ41	740 aa		11.26	□□□□□ -0.61
CLK1-208	ENST00000464454	DCAF8	Q5TAQ9	597 aa		11.25	□□□□□ -0.61
CLK1-208	ENST00000464454	TRIM41	Q8WV44	630 aa		11.24	□□□□□ -0.61
CLK1-208	ENST00000464454	CD44	P16070	742 aa	Known RBP	11.23	□□□□□ -0.61
CLK1-208	ENST00000464454	TSPYL2	Q9H2G4	693 aa	Predicted RBP	11.2	□□□□□ -0.62
CLK1-208	ENST00000464454	PKD2	Q13563	968 aa		11.19	□□□□□ -0.62
CLK1-208	ENST00000464454	LHX8	Q68G74	356 aa		11.18	□□□□□ -0.62
CLK1-208	ENST00000464454	ECM2	O94769	699 aa	Predicted RBP	11.16	□□□□□ -0.62
CLK1-208	ENST00000464454	ZRANB1	Q9UGI0	708 aa		11.14	□□□□□ -0.63
CLK1-208	ENST00000464454	CCDC61	Q9Y6R9	512 aa		11.12	□□□□□ -0.63
CLK1-208	ENST00000464454	CHRM1	P11229	460 aa	Predicted RBP	11.11	□□□□□ -0.63
CLK1-208	ENST00000464454	ZNF579	Q8NAF0	562 aa	Known RBP	11.1	□□□□□ -0.63
CLK1-208	ENST00000464454	PYGB	P11216	843 aa		11.07	□□□□□ -0.64
CLK1-208	ENST00000464454	DCBLD2	Q96PD2	775 aa		11.07	□□□□□ -0.64
CLK1-208	ENST00000464454	SGIP1	Q9BQI5	828 aa		11.02	□□□□□ -0.65
CLK1-208	ENST00000464454	TAOK2	Q9UL54	1235 aa		11.02	□□□□□ -0.65
CLK1-208	ENST00000464454	ZNF467	Q7Z7K2	595 aa	Predicted RBP	11.01	□□□□□ -0.65
CLK1-208	ENST00000464454	KIF12	Q96FN5	646 aa		11.01	□□□□□ -0.65
CLK1-208	ENST00000464454	RGL2	O15211	777 aa		11	□□□□□ -0.65
CLK1-208	ENST00000464454	PHF12	Q96QT6	1004 aa		11	□□□□□ -0.65
CLK1-208	ENST00000464454	RIOK3	O14730	519 aa	Known RBP	10.99	□□□□□ -0.65
CLK1-208	ENST00000464454	POTEI	P0CG38	1075 aa		10.99	□□□□□ -0.65
CLK1-208	ENST00000464454	DCAF8L2	P0C7V8	631 aa		10.98	□□□□□ -0.65
CLK1-208	ENST00000464454	PCDHB13	Q9Y5F0	798 aa		10.98	□□□□□ -0.65
CLK1-208	ENST00000464454	MAP3K13	O43283	966 aa		10.96	□□□□□ -0.65
CLK1-208	ENST00000464454	RNF25	Q96BH1	459 aa	Predicted RBP	10.95	□□□□□ -0.66
CLK1-208	ENST00000464454	VGF	O15240	615 aa	Predicted RBP	10.94	□□□□□ -0.66
CLK1-208	ENST00000464454	IFNL1	Q8IU54	200 aa		10.91	□□□□□ -0.66
CLK1-208	ENST00000464454	PDAP1	Q13442	181 aa	Known RBP	10.89	□□□□□ -0.67
CLK1-208	ENST00000464454	MS4A3	Q96HJ5	214 aa		10.89	□□□□□ -0.67
CLK1-208	ENST00000464454	PCDHB8	Q9UN66	801 aa		10.89	□□□□□ -0.67
CLK1-208	ENST00000464454	GALR2	O43603	387 aa	Predicted RBP	10.84	□□□□□ -0.67
CLK1-208	ENST00000464454	PSEN1	P49768	467 aa		10.84	□□□□□ -0.67
CLK1-208	ENST00000464454	ZFP91-CNTF	A0A0A6YYC7	529 aa	Predicted RBP	10.83	□□□□□ -0.68
CLK1-208	ENST00000464454	ZFP91	Q96JP5	570 aa	Predicted RBP	10.83	□□□□□ -0.68
CLK1-208	ENST00000464454	STK25	O00506	426 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CLK1-208	ENST00000464454	CHGA	P10645	457 aa	Known RBP	10.82	□□□□□ -0.68
CLK1-208	ENST00000464454	HS6ST3	Q8IZP7	471 aa		10.82	□□□□□ -0.68
CLK1-208	ENST00000464454	TIE1	P35590	1138 aa		10.8	□□□□□ -0.68
CLK1-208	ENST00000464454	BCL11B	Q9C0K0	894 aa	Predicted RBP	10.78	□□□□□ -0.68
CLK1-208	ENST00000464454	TMEM106C	Q9BVX2	250 aa		10.77	□□□□□ -0.69
CLK1-208	ENST00000464454	STK24	Q9Y6E0	443 aa		10.77	□□□□□ -0.69
CLK1-208	ENST00000464454	BBX	Q8WY36	941 aa	Predicted RBP	10.74	□□□□□ -0.69
CLK1-208	ENST00000464454	DNAJC5	Q9H3Z4	198 aa		10.74	□□□□□ -0.69
CLK1-208	ENST00000464454	TRPC6	Q9Y210	931 aa		10.74	□□□□□ -0.69
CLK1-208	ENST00000464454	BMP2K	Q9NSY1	1161 aa	Predicted RBP	10.73	□□□□□ -0.69
CLK1-208	ENST00000464454	TTLL13P	A6NNM8	815 aa		10.72	□□□□□ -0.69
CLK1-208	ENST00000464454	GOLGA2	Q08379	1002 aa		10.72	□□□□□ -0.69
CLK1-208	ENST00000464454	SLC39A7	Q92504	469 aa		10.72	□□□□□ -0.69
CLK1-208	ENST00000464454	ASTL	Q6HA08	431 aa	Predicted RBP	10.71	□□□□□ -0.69
CLK1-208	ENST00000464454	ZBTB4	Q9P1Z0	1013 aa	Predicted RBP	10.71	□□□□□ -0.69
CLK1-208	ENST00000464454	C7	P10643	843 aa		10.7	□□□□□ -0.7
CLK1-208	ENST00000464454	CABP2	Q9NPB3	220 aa		10.7	□□□□□ -0.7
CLK1-208	ENST00000464454	MAMSTR	Q6ZN01	415 aa		10.69	□□□□□ -0.7
CLK1-208	ENST00000464454	ATMIN	O43313	823 aa	Predicted RBP	10.67	□□□□□ -0.7
CLK1-208	ENST00000464454	OTUD5	Q96G74	571 aa		10.67	□□□□□ -0.7
CLK1-208	ENST00000464454	MKRN3	Q13064	507 aa	Known RBP	10.66	□□□□□ -0.7
CLK1-208	ENST00000464454	RYDEN	Q9NUL5	291 aa	Known RBP	10.66	□□□□□ -0.7
CLK1-208	ENST00000464454	TRIM35	Q9UPQ4	493 aa		10.66	□□□□□ -0.7
CLK1-208	ENST00000464454	METRN	Q9UJH8	293 aa		10.65	□□□□□ -0.7
CLK1-208	ENST00000464454	SOX12	O15370	315 aa		10.64	□□□□□ -0.71
CLK1-208	ENST00000464454	ATN1	P54259	1190 aa	Predicted RBP	10.64	□□□□□ -0.71
CLK1-208	ENST00000464454	EFCAB3	Q8N7B9	438 aa		10.63	□□□□□ -0.71
CLK1-208	ENST00000464454	IER5L	Q5T953	404 aa		10.61	□□□□□ -0.71
CLK1-208	ENST00000464454	PELP1	Q8IZL8	1130 aa	Known RBP	10.6	□□□□□ -0.71
CLK1-208	ENST00000464454	POTEB2	H3BUK9	544 aa		10.59	□□□□□ -0.71
CLK1-208	ENST00000464454	NKX1-1	Q15270	411 aa	Predicted RBP	10.59	□□□□□ -0.71
CLK1-208	ENST00000464454	SPRYD3	Q8NCJ5	442 aa		10.59	□□□□□ -0.71
CLK1-208	ENST00000464454	NLRP6	P59044	892 aa		10.58	□□□□□ -0.72
CLK1-208	ENST00000464454	SCUBE2	Q9NQ36	999 aa		10.57	□□□□□ -0.72
CLK1-208	ENST00000464454	PLSCR2	Q9NRY7	297 aa		10.57	□□□□□ -0.72
CLK1-208	ENST00000464454	PCDH10	Q9P2E7	1040 aa		10.57	□□□□□ -0.72
CLK1-208	ENST00000464454	PLCB2	Q00722	1185 aa		10.56	□□□□□ -0.72
CLK1-208	ENST00000464454	PAXIP1	Q6ZW49	1069 aa	Predicted RBP	10.56	□□□□□ -0.72
CLK1-208	ENST00000464454	MFRP	Q9BY79	579 aa		10.55	□□□□□ -0.72
CLK1-208	ENST00000464454	CFAP44	Q96MT7	982 aa		10.54	□□□□□ -0.72
CLK1-208	ENST00000464454	BCLAF1	Q9NYF8	920 aa	Known RBP eCLIP	10.54	□□□□□ -0.72	4e-13	■■□□□ 11.9
CLK1-208	ENST00000464454	PHF8	Q9UPP1	1060 aa		10.53	□□□□□ -0.72
CLK1-208	ENST00000464454	POTEM	A6NI47	508 aa		10.52	□□□□□ -0.73
CLK1-208	ENST00000464454	GTPBP6	O43824	516 aa	Predicted RBP	10.52	□□□□□ -0.73
CLK1-208	ENST00000464454	SEC24B	O95487	1268 aa		10.51	□□□□□ -0.73
CLK1-208	ENST00000464454	PLCG2	P16885	1265 aa		10.51	□□□□□ -0.73
CLK1-208	ENST00000464454	ILDR1	Q86SU0	546 aa	Predicted RBP	10.51	□□□□□ -0.73
CLK1-208	ENST00000464454	FBXO22	Q8NEZ5	403 aa		10.51	□□□□□ -0.73
CLK1-208	ENST00000464454	OCEL1	Q9H607	264 aa		10.51	□□□□□ -0.73
CLK1-208	ENST00000464454	IRX5	P78411	483 aa	Predicted RBP	10.5	□□□□□ -0.73
CLK1-208	ENST00000464454	POTEG	Q6S5H5	508 aa		10.48	□□□□□ -0.73
CLK1-208	ENST00000464454	PDCD7	Q8N8D1	485 aa	Known RBP	10.45	□□□□□ -0.74
CLK1-208	ENST00000464454	MS4A4A	Q96JQ5	239 aa		10.45	□□□□□ -0.74
CLK1-208	ENST00000464454		G3V3G9	751 aa		10.42	□□□□□ -0.74
CLK1-208	ENST00000464454	L3MBTL3	Q96JM7	780 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
CLK1-208	ENST00000464454	COLQ	Q9Y215	455 aa	Predicted RBP	10.41	□□□□□ -0.74
CLK1-208	ENST00000464454	POTEJ	P0CG39	1038 aa		10.4	□□□□□ -0.74
CLK1-208	ENST00000464454	HAP1	P54257	671 aa	Predicted RBP	10.4	□□□□□ -0.74
CLK1-208	ENST00000464454	POTEF	A5A3E0	1075 aa		10.38	□□□□□ -0.75
CLK1-208	ENST00000464454	PPP1R37	O75864	691 aa		10.38	□□□□□ -0.75
CLK1-208	ENST00000464454	DPY19L2	Q6NUT2	758 aa		10.37	□□□□□ -0.75
CLK1-208	ENST00000464454	BOLA1	Q9Y3E2	137 aa		10.37	□□□□□ -0.75
CLK1-208	ENST00000464454	SLC24A1	O60721	1099 aa		10.36	□□□□□ -0.75

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