RNA–Protein interactions for RNA: Q0140

VAR1, Transcript of Mitochondrial ribosomal protein of the small subunit, yeast

Gene VAR1, Length 1,197 nt, Biotype protein coding.

RNA		Protein				Prediction (catRAPID)		Interaction (RIP-Chip)
Gene	Ensembl Transcript ID	Gene	UniProt Accession	Length	Protein Status	Prediction Score	Prediction z-Score	Detected Interaction
VAR1	Q0140	TIM23	P32897	222 aa		4.45	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	ATG33	Q06485	197 aa		4.45	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	BUD7	Q08754	746 aa		4.45	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	RPS9B	P05755	195 aa	Known RBP	4.44	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	ATG36	P46983	293 aa		4.44	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	AIM14	P53109	570 aa		4.44	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	VBA4	Q04602	768 aa	Known RBP	4.44	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	DCS2	Q12123	353 aa		4.44	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	HMG1	P12683	1054 aa		4.43	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	PMA2	P19657	947 aa		4.43	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	NUG1	P40010	520 aa	Known RBP	4.43	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	NNF1	P47149	201 aa		4.43	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	TRS23	Q03784	219 aa		4.43	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	HER1	Q12276	1246 aa		4.43	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	MRPL9	P31334	269 aa		4.42	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	RIM4	P38741	713 aa		4.42	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	THI6	P41835	540 aa		4.42	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	GIN4	Q12263	1142 aa		4.42	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	YPR089W	O13585	888 aa		4.41	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	PCL2	P25693	308 aa		4.41	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	PIH1	P38768	344 aa		4.41	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	BEM4	P39011	633 aa		4.41	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	RPN4	Q03465	531 aa		4.41	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	ZPS1	Q12512	249 aa		4.41	□□□□□ -1.7
VAR1	Q0140	IMG2	P25642	146 aa	Predicted RBP	4.4	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	PCM1	P38628	557 aa	Known RBP	4.4	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	UGO1	Q03327	502 aa		4.4	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	RPL7A	P05737	244 aa	Known RBP	4.39	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	YAP1	P19880	650 aa	Known RBP	4.39	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	PRP22	P24384	1145 aa	Known RBP	4.39	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	MSH2	P25847	964 aa		4.39	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	SRP40	P32583	406 aa	Predicted RBP	4.39	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	OAF1	P39720	1047 aa	Predicted RBP	4.39	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	YLR125W	Q12138	136 aa		4.39	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	RPL7B	Q12213	244 aa	Known RBP	4.39	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	YOL098C	Q12496	1037 aa		4.39	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	HEM1	P09950	548 aa	Predicted RBP	4.38	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	YKR075C	P36155	307 aa		4.38	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	PBP2	P38151	413 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.38	□□□□□ -1.71	not detected
VAR1	Q0140	MAL31	P38156	614 aa		4.38	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	RCR2	Q03446	210 aa	Known RBP	4.38	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	CRC1	Q12289	327 aa		4.38	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	CPA2	P03965	1118 aa	Known RBP	4.37	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	SFL1	P20134	766 aa		4.37	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	FLO5	P38894	1075 aa		4.37	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	NUP82	P40368	713 aa		4.37	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	YMR210W	Q03649	449 aa		4.37	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	SRL1	Q08673	210 aa		4.37	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	YKU70	P32807	602 aa		4.36	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	RPC34	P32910	317 aa		4.36	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	APD1	P38281	316 aa		4.36	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	TMN3	P40071	706 aa		4.36	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	BUD6	P41697	788 aa		4.36	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	YIP4	P53093	235 aa		4.36	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	AQY1	P0CD91	305 aa		4.35	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	PHO8	P11491	566 aa		4.35	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	YKL091C	P33324	310 aa	Known RBP	4.35	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	PPE1	P38796	400 aa		4.35	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	PXA1	P41909	870 aa		4.35	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	COQ6	P53318	479 aa		4.35	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	IDP3	P53982	420 aa	Known RBP	4.35	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	YLR407W	Q06070	228 aa		4.35	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	YDL073W	Q07454	984 aa		4.35	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	YMR084W	A2P2R3	262 aa		4.34	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	IME1	P21190	360 aa		4.34	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	CNE1	P27825	502 aa		4.34	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	MGM1	P32266	881 aa		4.34	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	BUD8	P41698	603 aa		4.34	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	BST1	P43571	1029 aa		4.34	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	SPO1	P53541	631 aa		4.34	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	YNL018C	P53976	612 aa		4.34	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	MFM1	Q02783	413 aa		4.34	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	FDC1	Q03034	503 aa		4.34	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	CEF1	Q03654	590 aa	Predicted RBP	4.34	□□□□□ -1.71
VAR1	Q0140	YJL043W	P47053	257 aa		4.33	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	AAT1	Q01802	451 aa		4.33	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	EFR3	Q03653	782 aa	Known RBP	4.33	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	YPS7	Q06325	596 aa		4.33	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	WHI2	P12611	486 aa		4.32	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	URE2	P23202	354 aa	Known RBP	4.32	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	THI4	P32318	326 aa		4.32	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	MRPL7	P36519	292 aa		4.32	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	BFA1	P47113	574 aa		4.32	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	PPN1	Q04119	674 aa		4.32	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	SNA4	Q07549	140 aa		4.32	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	EXO1	P39875	702 aa		4.31	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	YGR054W	P53235	642 aa	Known RBP	4.31	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	YPL216W	Q08964	1102 aa		4.31	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	SSD1	P24276	1250 aa	Known RBP RIP-Chip data	4.3	□□□□□ -1.72	not detected
VAR1	Q0140	ATO2	P32907	282 aa		4.3	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	BUD17	P53727	317 aa		4.3	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	GUD1	Q07729	489 aa		4.3	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	YER190C-B	P0CX94	160 aa		4.29	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	YEL077W-A	P0CX95	160 aa		4.29	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	YGR296C-B	P0CX96	160 aa		4.29	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	YPL283W-B	P0CX97	160 aa		4.29	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	YPR204C-A	P0CX98	160 aa		4.29	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	MRPL1	Q04599	285 aa		4.29	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	BSP1	Q06604	576 aa		4.29	□□□□□ -1.72
VAR1	Q0140	SEC3	P33332	1336 aa	Known RBP	4.28	□□□□□ -1.72

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