Protein–RNA interactions for Protein: P35548

MSX2, Homeobox protein MSX-2, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 267 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
MSX2P35548 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.42■■□□□ 1.5
MSX2P35548 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
MSX2P35548 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
MSX2P35548 SNTA1-201ENST00000217381 2342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
MSX2P35548 FAM78B-202ENST00000354422 1475 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.41■■□□□ 1.5
MSX2P35548 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
MSX2P35548 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
MSX2P35548 OXSR1-203ENST00000446845 1908 ntTSL 5 BASIC24.41■■□□□ 1.5
MSX2P35548 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
MSX2P35548 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.41■■□□□ 1.5
MSX2P35548 SHD-201ENST00000543264 2577 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
MSX2P35548 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC24.41■■□□□ 1.5
MSX2P35548 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSX2P35548 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSX2P35548 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSX2P35548 ARTN-201ENST00000372354 1003 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSX2P35548 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSX2P35548 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSX2P35548 ECI1-201ENST00000301729 1541 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.4■■□□□ 1.5
MSX2P35548 ANAPC11-203ENST00000392376 687 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
MSX2P35548 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
MSX2P35548 TP53I13-201ENST00000301057 1530 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
MSX2P35548 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
MSX2P35548 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.39■■□□□ 1.49
MSX2P35548 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.38■■□□□ 1.49
MSX2P35548 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
MSX2P35548 DHRS13-201ENST00000378895 1921 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.37■■□□□ 1.49
MSX2P35548 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
MSX2P35548 DNAJB2-202ENST00000392086 1946 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
MSX2P35548 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.37■■□□□ 1.49
MSX2P35548 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
MSX2P35548 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC24.36■■□□□ 1.49
MSX2P35548 ARTN-211ENST00000498139 1303 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
MSX2P35548 AP002365.1-201ENST00000603448 772 ntBASIC24.35■■□□□ 1.49
MSX2P35548 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.34■■□□□ 1.49
MSX2P35548 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
MSX2P35548 AL133380.1-201ENST00000506013 324 ntBASIC24.34■■□□□ 1.49
MSX2P35548 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
MSX2P35548 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
MSX2P35548 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
MSX2P35548 HRH3-201ENST00000317393 1419 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
MSX2P35548 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.49
MSX2P35548 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC24.33■■□□□ 1.49
MSX2P35548 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC24.33■■□□□ 1.49
MSX2P35548 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
MSX2P35548 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
MSX2P35548 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC24.31■■□□□ 1.48
MSX2P35548 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
MSX2P35548 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
MSX2P35548 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
MSX2P35548 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSX2P35548 ZNF653-201ENST00000293771 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSX2P35548 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSX2P35548 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSX2P35548 LINC01578-204ENST00000554894 556 ntTSL 3 BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSX2P35548 LINC01578-207ENST00000556895 802 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSX2P35548 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
MSX2P35548 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
MSX2P35548 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
MSX2P35548 ZDHHC16-207ENST00000393760 2014 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
MSX2P35548 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
MSX2P35548 NR6A1-203ENST00000416460 1898 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
MSX2P35548 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
MSX2P35548 ESRRA-203ENST00000406310 2218 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
MSX2P35548 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.28■■□□□ 1.48
MSX2P35548 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
MSX2P35548 MAP6D1-202ENST00000431348 890 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
MSX2P35548 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
MSX2P35548 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
MSX2P35548 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
MSX2P35548 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC24.26■■□□□ 1.47
MSX2P35548 ZNF692-201ENST00000306601 1931 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
MSX2P35548 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.25■■□□□ 1.47
MSX2P35548 HTRA1-201ENST00000368984 2120 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
MSX2P35548 UNCX-201ENST00000316333 2048 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
MSX2P35548 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
MSX2P35548 FSD1-201ENST00000221856 1831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
MSX2P35548 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
MSX2P35548 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
MSX2P35548 MAF-203ENST00000569649 1217 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.22■■□□□ 1.47
MSX2P35548 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
MSX2P35548 VRK2-202ENST00000412104 1916 ntTSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
MSX2P35548 TSKU-201ENST00000333090 2712 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MSX2P35548 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
MSX2P35548 KLF16-203ENST00000592313 508 ntTSL 3 BASIC24.21■■□□□ 1.47
MSX2P35548 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
MSX2P35548 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.47
MSX2P35548 MXRA7-202ENST00000375036 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSX2P35548 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC24.2■■□□□ 1.46
MSX2P35548 PRKAR1B-203ENST00000403562 1917 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
MSX2P35548 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSX2P35548 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSX2P35548 MAP3K3-210ENST00000584573 2480 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSX2P35548 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSX2P35548 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSX2P35548 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.19■■□□□ 1.46
MSX2P35548 C11orf80-210ENST00000527634 1666 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSX2P35548 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSX2P35548 DNMT3A-206ENST00000406659 1775 ntTSL 1 (best) BASIC24.18■■□□□ 1.46
MSX2P35548 AC091060.1-201ENST00000623524 1766 ntBASIC24.18■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 41.2 ms