Protein–RNA interactions for Protein: O00560

SDCBP, Syntenin-1, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 298 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDCBPO00560 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.64■■□□□ 1.06
SDCBPO00560 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC21.64■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC21.63■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 OSBP-201ENST00000263847 5083 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.62■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC21.62■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 SPTSSA-201ENST00000298130 2777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.61■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.61■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC21.6■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.6■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.59■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.05
SDCBPO00560 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC21.57■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC21.56■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 PLBD2-202ENST00000545182 2321 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 OTUD5-202ENST00000376488 2692 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.54■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC21.53■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC21.52■■□□□ 1.04
SDCBPO00560 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.52■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC21.52■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.51■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC21.51■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC21.51■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 RPS2-209ENST00000529806 993 ntTSL 3 BASIC21.5■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.5■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC21.49■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 ZFPM1-201ENST00000319555 5380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.49■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.48■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC21.48■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.48■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC21.47■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.47■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC21.46■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.46■■□□□ 1.03
SDCBPO00560 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SDCBPO00560 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC21.45■■□□□ 1.02
SDCBPO00560 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.45■■□□□ 1.02
SDCBPO00560 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC21.45■■□□□ 1.02
SDCBPO00560 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC21.45■■□□□ 1.02
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 10.3 ms