Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 NDOR1-203ENST00000427047 2315 ntTSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COPB1P53618 NECAB3-202ENST00000375238 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COPB1P53618 COL15A1-201ENST00000375001 5496 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COPB1P53618 PFKFB3-204ENST00000379785 2181 ntTSL 5 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COPB1P53618 KRT78-201ENST00000304620 1778 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COPB1P53618 CCDC71-201ENST00000321895 1781 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COPB1P53618 SLC52A2-209ENST00000530047 1757 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COPB1P53618 GRTP1-203ENST00000375431 1384 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COPB1P53618 RSAD1-201ENST00000258955 2528 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.58■■□□□ 1.04
COPB1P53618 ZKSCAN7-205ENST00000426540 2791 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.58■■□□□ 1.04
COPB1P53618 MVB12A-201ENST00000317040 2223 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 TSPAN3-207ENST00000559494 1326 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 FA2H-201ENST00000219368 2424 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 P2RY6-212ENST00000618468 2431 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 IDUA-201ENST00000247933 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 FN3K-201ENST00000300784 1434 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 KCNH2-202ENST00000330883 3267 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 CRACR2B-207ENST00000528542 1792 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 SCARF2-203ENST00000623402 3248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 PSMB11-201ENST00000408907 2110 ntAPPRIS P1 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 SDCBP-204ENST00000447182 2103 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 AC000035.1-201ENST00000634116 343 ntTSL 5 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 SLC35A2-211ENST00000634461 533 ntTSL 4 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 LAG3-201ENST00000203629 1974 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 MAGED2-203ENST00000375053 2066 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 IRF7-203ENST00000397566 2051 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 SPEG-203ENST00000396688 1457 ntTSL 3 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 MUTYH-203ENST00000372098 1839 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 MUTYH-204ENST00000372104 1823 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 MUTYH-205ENST00000372110 1809 ntTSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 NOP14-202ENST00000398071 2535 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 BTD-202ENST00000383778 2261 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 TM9SF1-203ENST00000524835 1938 ntTSL 2 BASIC21.57■■□□□ 1.04
COPB1P53618 WDR37-203ENST00000381329 1307 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 ALDOA-212ENST00000564546 2104 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 SMIM4-203ENST00000477703 1770 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 ANKDD1B-204ENST00000601380 2569 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 RMND5A-201ENST00000283632 6301 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 SYT7-208ENST00000542670 1887 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 PRKCSH-209ENST00000589838 1898 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 CCDC88B-202ENST00000356786 4915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 MON1A-202ENST00000417270 2527 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 LRPPRC-202ENST00000409659 1610 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 SERPINF2-201ENST00000324015 2284 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 SOCS1-201ENST00000332029 1225 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 UNC50-201ENST00000357765 1143 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 FBXL8-203ENST00000518148 1054 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 ZNF436-AS1-206ENST00000518821 461 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 LOXL1-AS1-208ENST00000565756 885 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 PDCD5-204ENST00000586035 601 ntTSL 3 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 PQLC2-202ENST00000375155 1805 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 PLD4-204ENST00000540372 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 ARHGDIA-202ENST00000400721 1568 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 LIPG-203ENST00000577628 2323 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 CHMP6-201ENST00000325167 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 ST3GAL4-205ENST00000449406 1669 ntTSL 5 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 PIK3R1-201ENST00000320694 2625 ntTSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 FAM160A2-201ENST00000265978 3481 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 TMEM214-203ENST00000404032 2830 ntTSL 2 BASIC21.56■■□□□ 1.04
COPB1P53618 SPESP1-201ENST00000310673 1431 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 FAM170B-201ENST00000311787 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 DBNDD2-203ENST00000372710 1417 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 EIF2B1-201ENST00000424014 2477 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 CERS5-203ENST00000422340 2855 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 RETREG2-203ENST00000430297 4618 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 ZNF394-203ENST00000426306 2017 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 PLCL1-201ENST00000428675 5125 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 ADAMTS19-205ENST00000638972 5089 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 FAM20B-201ENST00000263733 5984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 TNFRSF18-203ENST00000379268 1179 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 C19orf73-201ENST00000408991 744 ntAPPRIS P1 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 AL512625.2-201ENST00000417533 625 ntBASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 BEAN1-AS1-201ENST00000564618 533 ntTSL 4 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 ANAPC11-208ENST00000572851 686 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 ZNF263-205ENST00000574253 1139 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 RWDD4-206ENST00000512740 1393 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 IKBKG-214ENST00000618670 2069 ntTSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 MBD3-207ENST00000590550 2782 ntTSL 2 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 EIF3B-202ENST00000397011 2966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 P2RX5-202ENST00000345901 2031 ntTSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 SLC25A41-201ENST00000321510 1532 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.55■■□□□ 1.04
COPB1P53618 ORAI2-204ENST00000473939 2493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COPB1P53618 METRN-204ENST00000568223 3325 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COPB1P53618 SLC5A10-205ENST00000417251 1984 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COPB1P53618 TBXA2R-202ENST00000411851 1494 ntTSL 2 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COPB1P53618 P2RY2-201ENST00000311131 2660 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COPB1P53618 ZDHHC16-202ENST00000352634 1718 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COPB1P53618 MTX1-202ENST00000368376 1632 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COPB1P53618 CASP6-201ENST00000265164 1548 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COPB1P53618 SCAMP3-201ENST00000302631 1446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COPB1P53618 AC245041.2-204ENST00000610809 1962 ntTSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COPB1P53618 NXN-202ENST00000537628 1340 ntTSL 3 BASIC21.54■■□□□ 1.04
COPB1P53618 ZBTB33-202ENST00000557385 2346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.54■■□□□ 1.04
COPB1P53618 WIPF1-205ENST00000409415 1772 ntTSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COPB1P53618 FAM198A-202ENST00000430121 3121 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COPB1P53618 MIXL1-201ENST00000366810 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
COPB1P53618 SEPT7-206ENST00000435235 1584 ntTSL 2 BASIC21.53■■□□□ 1.04
COPB1P53618 TRIP6-201ENST00000200457 1942 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.53■■□□□ 1.04
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 33 ms