Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC29.7■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC29.7■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.7 ms