Protein–RNA interactions for Protein: Q9UFE4

CCDC39, Coiled-coil domain-containing protein 39, humanhuman

Predictions only

Length 941 aa.

Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CCDC39Q9UFE4 AL133346.1-201ENST00000435287 495 ntTSL 2 BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 HNRNPAB-202ENST00000358344 1796 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.75■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 MRAP2-201ENST00000257776 2153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.74■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC29.73■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC29.73■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 LACTB-201ENST00000261893 1972 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 CARS2-201ENST00000257347 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.72■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC29.71■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 BTBD7-201ENST00000298896 2621 ntTSL 1 (best) BASIC29.7■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 PDCD2-215ENST00000614056 1287 ntTSL 2 BASIC29.7■■■□□ 2.35
CCDC39Q9UFE4 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC29.7■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 NOG-201ENST00000332822 1892 ntAPPRIS P1 BASIC29.7■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.69■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 GAL3ST1-204ENST00000402369 1712 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.68■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 PELI3-203ENST00000524466 1671 ntTSL 1 (best) BASIC29.66■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 PPP3CC-204ENST00000518852 1598 ntTSL 2 BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC29.65■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 AC010864.1-201ENST00000609407 1511 ntBASIC29.64■■■□□ 2.34
CCDC39Q9UFE4 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 LMO1-202ENST00000428101 1038 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.63■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 SUZ12P1-203ENST00000578195 985 ntBASIC29.62■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC29.61■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 CCKBR-201ENST00000334619 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 CARM1-202ENST00000344150 2722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 HDGF-201ENST00000357325 2380 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.6■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.58■■■□□ 2.33
CCDC39Q9UFE4 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 NFYB-205ENST00000551727 1727 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC29.57■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 HOPX-206ENST00000503639 1248 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.56■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 CHML-205ENST00000638160 705 ntTSL 3 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.55■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.54■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC29.53■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC29.52■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC29.51■■■□□ 2.32
CCDC39Q9UFE4 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.51■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 H2AFV-205ENST00000381124 628 ntTSL 3 BASIC29.5■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 HNRNPLP2-201ENST00000568980 1570 ntBASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.49■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 GFRA4-202ENST00000319242 900 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 LYNX1-208ENST00000615007 1293 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 ZNF768-201ENST00000380412 2315 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC29.48■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC29.47■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.46■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 DRD5P2-201ENST00000421395 2012 ntBASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.45■■■□□ 2.31
CCDC39Q9UFE4 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC29.45■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC29.45■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 S100A10-202ENST00000368811 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC29.44■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 SCX-201ENST00000567180 999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC29.43■■■□□ 2.3
CCDC39Q9UFE4 AC005559.1-201ENST00000589661 871 ntBASIC29.43■■■□□ 2.3
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 68.7 ms