Protein–RNA interactions for Protein: Q8IVD9

NUDCD3, NudC domain-containing protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 361 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NUDCD3Q8IVD9 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
NUDCD3Q8IVD9 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
NUDCD3Q8IVD9 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
NUDCD3Q8IVD9 VIPR2-203ENST00000402066 1926 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC25.64■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 OTUD5-208ENST00000610466 2487 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 RAB40C-204ENST00000538492 2569 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 HECA-201ENST00000367658 5614 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 CDH23-208ENST00000461841 2000 ntTSL 5 BASIC25.62■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 FADD-201ENST00000301838 1841 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 POU3F3-201ENST00000361360 3064 ntAPPRIS P1 BASIC25.61■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC25.61■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 DPY19L1-209ENST00000638088 5075 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 MBD2-202ENST00000398398 1237 ntTSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 MBD2-205ENST00000583046 1182 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 CAMKK1-201ENST00000158166 2459 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 FAM107B-205ENST00000378467 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 UBE2L6-201ENST00000287156 1354 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 MXI1-201ENST00000239007 2424 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
NUDCD3Q8IVD9 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 NRTN-201ENST00000303212 1109 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 AC079305.1-201ENST00000428541 499 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 SIGMAR1-205ENST00000477726 840 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 BMP8A-201ENST00000331593 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 CYB5R3-201ENST00000352397 2124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 NRGN-202ENST00000412681 1106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 TMEM266-201ENST00000388942 2520 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.56■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 C1orf122-204ENST00000468084 1234 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.54■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 BTBD19-203ENST00000450269 1572 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 HDGFL1-201ENST00000510882 2174 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 PCK2-202ENST00000396973 1830 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.53■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 DNAJC21-201ENST00000342382 2309 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 SLC25A6-201ENST00000381401 2062 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
NUDCD3Q8IVD9 GNPTAB-202ENST00000392919 760 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC25.51■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC25.5■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 FRAT2-201ENST00000371019 2213 ntAPPRIS P1 BASIC25.49■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 MXRA7-203ENST00000449428 1881 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 INPP5A-202ENST00000368593 1432 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 NDEL1-202ENST00000380025 2181 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 CDK2AP1-203ENST00000535979 1281 ntTSL 3 BASIC25.46■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 CHSY1-201ENST00000254190 4550 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.67
NUDCD3Q8IVD9 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.45■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC25.45■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.44■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC25.43■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 LINC01089-207ENST00000538335 630 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.43■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.43■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 CPNE1-202ENST00000352393 2147 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC25.42■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 RAPGEF1-203ENST00000372195 6256 ntTSL 1 (best) BASIC25.42■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.41■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 COMMD3-201ENST00000376836 1342 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.4■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.4■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.39■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.39■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.39■■□□□ 1.66
NUDCD3Q8IVD9 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NUDCD3Q8IVD9 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NUDCD3Q8IVD9 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NUDCD3Q8IVD9 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NUDCD3Q8IVD9 CCNYL1-205ENST00000420822 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.38■■□□□ 1.65
NUDCD3Q8IVD9 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.38■■□□□ 1.65
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 96.9 ms