Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y2N7

HIF3A, Hypoxia-inducible factor 3-alpha, humanhuman

Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HIF3AQ9Y2N7 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 CRIP1-201ENST00000330233 1311 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.68■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 EBPL-202ENST00000378268 680 ntTSL 3 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 DENR-202ENST00000455982 1052 ntTSL 5 BASIC23.68■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 PIK3R2-208ENST00000617642 1446 ntTSL 5 BASIC23.67■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 LRRC75B-201ENST00000318753 1238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 FGF3-201ENST00000334134 892 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 ATRAID-201ENST00000380171 1240 ntTSL 1 (best) BASIC23.67■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 CAHM-201ENST00000604200 896 ntBASIC23.67■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 STUB1-201ENST00000219548 1472 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.66■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 GSTP1-202ENST00000398606 965 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 NADK2-210ENST00000514504 1233 ntTSL 5 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 AC006486.1-201ENST00000594664 634 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.65■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 AC097358.2-201ENST00000607541 1159 ntBASIC23.65■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.65■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC23.64■■□□□ 1.38
HIF3AQ9Y2N7 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC23.64■■□□□ 1.37
HIF3AQ9Y2N7 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.63■■□□□ 1.37
HIF3AQ9Y2N7 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.63■■□□□ 1.37
HIF3AQ9Y2N7 MKNK2-202ENST00000309340 1744 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HIF3AQ9Y2N7 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.62■■□□□ 1.37
HIF3AQ9Y2N7 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HIF3AQ9Y2N7 DUSP14-206ENST00000617516 1537 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HIF3AQ9Y2N7 ZFAND2B-204ENST00000409217 886 ntTSL 2 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HIF3AQ9Y2N7 AL139393.1-201ENST00000417479 573 ntTSL 5 BASIC23.61■■□□□ 1.37
HIF3AQ9Y2N7 DUSP15-202ENST00000339738 1454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HIF3AQ9Y2N7 STUB1-205ENST00000565677 1560 ntTSL 1 (best) BASIC23.61■■□□□ 1.37
HIF3AQ9Y2N7 FZD2-201ENST00000315323 2112 ntAPPRIS P1 BASIC23.6■■□□□ 1.37
HIF3AQ9Y2N7 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HIF3AQ9Y2N7 HSD11B1L-209ENST00000577917 1553 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HIF3AQ9Y2N7 PLEKHG6-206ENST00000536531 1683 ntTSL 1 (best) BASIC23.59■■□□□ 1.37
HIF3AQ9Y2N7 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC23.59■■□□□ 1.37
HIF3AQ9Y2N7 SPIRE1-202ENST00000409402 5665 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.58■■□□□ 1.37
HIF3AQ9Y2N7 INAFM1-201ENST00000552360 1255 ntAPPRIS P1 BASIC23.58■■□□□ 1.37
HIF3AQ9Y2N7 ECI1-207ENST00000570258 1512 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.58■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 TPGS1-201ENST00000359315 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.57■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC23.57■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 PQLC1-203ENST00000397778 2555 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 MYLIP-202ENST00000356840 1666 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.56■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC23.56■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 FTCDNL1-201ENST00000416668 944 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 GSC2-201ENST00000086933 1033 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.55■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC23.55■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 ABHD17A-202ENST00000292577 1757 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.54■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC23.54■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC23.53■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 UBALD2-203ENST00000589240 660 ntTSL 2 BASIC23.53■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.52■■□□□ 1.36
HIF3AQ9Y2N7 BATF3-201ENST00000243440 980 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 ARTN-204ENST00000438616 889 ntTSL 1 (best) BASIC23.51■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 LY6K-203ENST00000519387 963 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.51■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 SHARPIN-202ENST00000398712 1765 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 CIB1-201ENST00000328649 1247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 CIB1-202ENST00000612800 1096 ntTSL 1 (best) BASIC23.5■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 FOXG1-201ENST00000313071 4890 ntAPPRIS P1 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.49■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.49■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 MARCH2-202ENST00000381035 1192 ntTSL 5 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 PSMG4-205ENST00000419065 629 ntTSL 2 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 AC012615.2-201ENST00000586259 447 ntTSL 4 BASIC23.48■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.48■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 NMB-202ENST00000394588 1017 ntTSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 AC092755.2-201ENST00000560199 402 ntTSL 3 BASIC23.47■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 NOXA1-201ENST00000341349 1678 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.47■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC23.46■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.35
HIF3AQ9Y2N7 MZT2B-202ENST00000409255 769 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HIF3AQ9Y2N7 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC23.45■■□□□ 1.34
HIF3AQ9Y2N7 CAPNS1-201ENST00000246533 1918 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.45■■□□□ 1.34
HIF3AQ9Y2N7 ENKD1-201ENST00000243878 1579 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.44■■□□□ 1.34
HIF3AQ9Y2N7 SEC61G-204ENST00000450622 512 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.44■■□□□ 1.34
HIF3AQ9Y2N7 ATP6V1E2-204ENST00000522587 1559 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.44■■□□□ 1.34
HIF3AQ9Y2N7 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC23.43■■□□□ 1.34
HIF3AQ9Y2N7 HNRNPAB-204ENST00000504898 1785 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HIF3AQ9Y2N7 TNFSF12-201ENST00000293825 1553 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HIF3AQ9Y2N7 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.43■■□□□ 1.34
HIF3AQ9Y2N7 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HIF3AQ9Y2N7 CHPT1-201ENST00000229266 1585 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HIF3AQ9Y2N7 VEGFA-231ENST00000640499 1188 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.41■■□□□ 1.34
HIF3AQ9Y2N7 MIR762-201ENST00000390236 83 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
HIF3AQ9Y2N7 LANCL3-203ENST00000614025 1469 ntTSL 2 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HIF3AQ9Y2N7 MISP3-201ENST00000269720 1424 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.4■■□□□ 1.34
HIF3AQ9Y2N7 MNX1-207ENST00000543409 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.4■■□□□ 1.34
HIF3AQ9Y2N7 AC142086.6-201ENST00000621154 1765 ntBASIC23.4■■□□□ 1.34
HIF3AQ9Y2N7 AC012629.2-201ENST00000606513 377 ntTSL 5 BASIC23.39■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 TOMM40-201ENST00000252487 1707 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 TOMM40-202ENST00000405636 1709 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.38■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC23.38■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 MTCH1-201ENST00000373616 2006 ntTSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
HIF3AQ9Y2N7 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.37■■□□□ 1.33
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 14.4 ms