Protein–RNA interactions for Protein: P53618

COPB1, Coatomer subunit beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 953 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COPB1P53618 FBRS-202ENST00000356166 5200 ntTSL 5 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COPB1P53618 PKMYT1-213ENST00000574385 1892 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.71■■□□□ 1.23
COPB1P53618 FP700111.2-201ENST00000619190 1892 ntBASIC22.71■■□□□ 1.23
COPB1P53618 ARHGDIA-201ENST00000269321 1906 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
COPB1P53618 IRF7-205ENST00000397574 1968 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
COPB1P53618 FUT5-202ENST00000588525 1988 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
COPB1P53618 GNA15-201ENST00000262958 2133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
COPB1P53618 VSX1-202ENST00000376709 2192 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
COPB1P53618 TAF15-215ENST00000605844 2191 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.23
COPB1P53618 SENP5-204ENST00000445299 2491 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COPB1P53618 CNR1-203ENST00000369501 6031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COPB1P53618 SIMC1-203ENST00000429602 2694 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COPB1P53618 EIF6-201ENST00000374436 1252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COPB1P53618 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC22.7■■□□□ 1.22
COPB1P53618 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
COPB1P53618 FP565260.3-201ENST00000612610 1162 ntAPPRIS P5 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COPB1P53618 LINC00969-219ENST00000453324 1439 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COPB1P53618 AP004607.4-201ENST00000530158 1459 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
COPB1P53618 HSF4-215ENST00000521374 1515 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COPB1P53618 CERS4-208ENST00000559336 1515 ntTSL 1 (best) BASIC22.7■■□□□ 1.22
COPB1P53618 AL391422.3-201ENST00000603791 2761 ntBASIC22.7■■□□□ 1.22
COPB1P53618 ZFYVE9-201ENST00000287727 5194 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COPB1P53618 SHB-201ENST00000377707 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COPB1P53618 DBNL-220ENST00000494774 2117 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COPB1P53618 PBX1-222ENST00000627490 1769 ntTSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COPB1P53618 TNIP2-203ENST00000503235 1653 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COPB1P53618 RARRES2-202ENST00000466675 1618 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COPB1P53618 UCK2-201ENST00000367879 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COPB1P53618 EPO-201ENST00000252723 1330 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COPB1P53618 EBPL-204ENST00000378272 766 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COPB1P53618 PRDX4-202ENST00000379341 1005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COPB1P53618 LTC4S-202ENST00000401985 486 ntTSL 3 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COPB1P53618 LACTB-202ENST00000413507 2978 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COPB1P53618 PAQR9-201ENST00000340634 2452 ntAPPRIS P1 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COPB1P53618 GNA14-201ENST00000341700 2482 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COPB1P53618 TRPV6-209ENST00000638686 2298 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COPB1P53618 C7orf26-201ENST00000344417 2182 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.69■■□□□ 1.22
COPB1P53618 AC011484.1-201ENST00000377652 1995 ntBASIC22.69■■□□□ 1.22
COPB1P53618 TRIM4-202ENST00000354241 1942 ntTSL 1 (best) BASIC22.69■■□□□ 1.22
COPB1P53618 SPON2-201ENST00000290902 1869 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COPB1P53618 AL445183.2-201ENST00000439621 1871 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COPB1P53618 AGAP4-207ENST00000616763 2784 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COPB1P53618 PRELID3B-201ENST00000355937 2626 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COPB1P53618 JAKMIP1-201ENST00000282924 2585 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COPB1P53618 MEDAG-201ENST00000380482 2374 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COPB1P53618 DET1-207ENST00000564406 2315 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COPB1P53618 SDSL-201ENST00000345635 1397 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COPB1P53618 OGG1-202ENST00000302008 2191 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COPB1P53618 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COPB1P53618 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COPB1P53618 GLI4-210ENST00000523522 1297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COPB1P53618 NFYC-204ENST00000372653 1862 ntTSL 2 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COPB1P53618 PTGER3-212ENST00000628037 1815 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COPB1P53618 RAB5A-201ENST00000273047 2536 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COPB1P53618 MAMSTR-203ENST00000594582 1693 ntTSL 1 (best) BASIC22.68■■□□□ 1.22
COPB1P53618 MAPK9-203ENST00000393360 4326 ntTSL 5 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COPB1P53618 H2AFX-202ENST00000530167 1614 ntAPPRIS P1 BASIC22.68■■□□□ 1.22
COPB1P53618 ZFP64-206ENST00000371523 2234 ntTSL 2 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COPB1P53618 SDHA-220ENST00000617470 1952 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COPB1P53618 IRX5-202ENST00000394636 2401 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COPB1P53618 ADM-206ENST00000528655 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COPB1P53618 CHTF8-210ENST00000523421 766 ntTSL 3 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COPB1P53618 CDKN3-207ENST00000543789 610 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COPB1P53618 TMPRSS5-212ENST00000545579 2163 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COPB1P53618 OR10C1-203ENST00000444197 1672 ntAPPRIS P1 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COPB1P53618 NRXN2-203ENST00000377551 6373 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COPB1P53618 LHX9-206ENST00000561173 2144 ntTSL 5 BASIC22.67■■□□□ 1.22
COPB1P53618 UBE2F-201ENST00000272930 2009 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.67■■□□□ 1.22
COPB1P53618 CPT2-203ENST00000635862 2319 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COPB1P53618 HNRNPUL2-201ENST00000301785 5106 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COPB1P53618 LINC00454-202ENST00000430978 1327 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COPB1P53618 SCO2-201ENST00000252785 992 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COPB1P53618 STOML2-202ENST00000452248 1296 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COPB1P53618 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COPB1P53618 STOML2-205ENST00000619795 1293 ntTSL 3 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COPB1P53618 CPT2-209ENST00000636935 803 ntTSL 5 BASIC22.66■■□□□ 1.22
COPB1P53618 BRD4-202ENST00000360016 3240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COPB1P53618 CBWD3-201ENST00000360171 2165 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COPB1P53618 EGLN2-202ENST00000406058 2150 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COPB1P53618 PRKCD-202ENST00000394729 2810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.66■■□□□ 1.22
COPB1P53618 MAP3K3-201ENST00000361357 4818 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COPB1P53618 DUX4-204ENST00000569241 1574 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COPB1P53618 GLTPD2-201ENST00000331264 1023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COPB1P53618 SUSD1-202ENST00000374263 2973 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COPB1P53618 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COPB1P53618 UAP1-201ENST00000271469 2377 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COPB1P53618 SLC41A3-201ENST00000315891 1797 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COPB1P53618 BCL7A-201ENST00000261822 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COPB1P53618 AR-204ENST00000504326 3615 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COPB1P53618 YTHDF3-214ENST00000621890 2296 ntTSL 5 BASIC22.65■■□□□ 1.22
COPB1P53618 PMPCB-202ENST00000428154 1714 ntTSL 1 (best) BASIC22.65■■□□□ 1.22
COPB1P53618 CHRDL2-203ENST00000376332 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
COPB1P53618 DACT2-203ENST00000607983 1620 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
COPB1P53618 FAM43B-201ENST00000332947 2572 ntAPPRIS P1 BASIC22.64■■□□□ 1.22
COPB1P53618 ACBD4-201ENST00000321854 1806 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
COPB1P53618 EPHA8-202ENST00000374644 1802 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
COPB1P53618 ADM-207ENST00000530439 1839 ntTSL 2 BASIC22.64■■□□□ 1.22
COPB1P53618 PELI3-202ENST00000349459 2783 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
COPB1P53618 ILKAP-211ENST00000612675 1335 ntTSL 1 (best) BASIC22.64■■□□□ 1.22
COPB1P53618 CPED1-202ENST00000340646 1056 ntTSL 5 BASIC22.64■■□□□ 1.21
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 44.8 ms