Protein–RNA interactions for Protein: Q8N4P3

HDDC3, Guanosine-3',5'-bis(diphosphate) 3'-pyrophosphohydrolase MESH1, humanhuman

Predictions only

Length 179 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
HDDC3Q8N4P3 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 DSG2-201ENST00000261590 5831 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 TALDO1-201ENST00000319006 1346 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 AC135048.1-201ENST00000566056 1318 ntTSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 LACTBL1-201ENST00000426928 1641 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 RBM42-203ENST00000588161 1609 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.98■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 DACT3-202ENST00000391916 2834 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.98■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 RASD1-202ENST00000579152 1404 ntTSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 SEC22C-207ENST00000423701 1458 ntTSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 EPCAM-202ENST00000405271 1530 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 PLAC9-202ENST00000372267 472 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 NXNL2-201ENST00000375854 805 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 DONSON-204ENST00000432378 1618 ntTSL 5 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 BSPRY-201ENST00000374183 2339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.97■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 SMUG1-215ENST00000508394 1697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.97■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 USP45-205ENST00000472914 1617 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 NXT1-201ENST00000254998 1123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 SMCO4-201ENST00000298966 1104 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 URAD-201ENST00000332715 931 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 AC016769.1-201ENST00000409132 1010 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 SDHAP3-201ENST00000436493 736 ntTSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 ZNF696-205ENST00000521537 705 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 NDUFA6-AS1-207ENST00000595777 833 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 AC012313.1-203ENST00000597980 570 ntTSL 4 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 AC080038.1-201ENST00000611274 1154 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 AC092068.2-201ENST00000590491 1708 ntBASIC21.96■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 PLEKHJ1-206ENST00000587962 1311 ntTSL 2 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 SLC19A1-212ENST00000567670 2029 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.96■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 EGR3-203ENST00000519492 1500 ntTSL 5 BASIC21.96■■□□□ 1.11
HDDC3Q8N4P3 NPAS3-203ENST00000357798 2763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 PPP1R12B-202ENST00000356764 1687 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 PPCS-202ENST00000372560 793 ntTSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 IDNK-204ENST00000454393 1210 ntTSL 3 BASIC21.95■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 TUSC3-209ENST00000509380 1266 ntTSL 5 BASIC21.95■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 TMEM64-203ENST00000458549 4997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.95■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 BX005040.4-201ENST00000637145 1518 ntBASIC21.95■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 PCSK1N-201ENST00000218230 1050 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 TCTEX1D4-201ENST00000339355 763 ntAPPRIS P1 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 PHLDA3-201ENST00000367309 896 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 VSX1-201ENST00000376707 943 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 VSX1-206ENST00000444511 1197 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 SMUG1P1-201ENST00000590640 811 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 EHBP1L1-201ENST00000309295 5185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 GPR35-204ENST00000430267 1399 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 CYHR1-201ENST00000306145 1409 ntTSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 TMEM41B-207ENST00000611268 1440 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 OXCT2P1-201ENST00000447263 1535 ntBASIC21.94■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 TNFRSF10B-202ENST00000347739 1723 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.94■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 EEF1D-256ENST00000618139 2238 ntTSL 5 BASIC21.94■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 CTDSPL-206ENST00000443503 4640 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 SIX3-201ENST00000260653 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 UQCR11-203ENST00000591899 1324 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 TPRG1LP1-201ENST00000598702 760 ntBASIC21.93■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 CAPN10-207ENST00000391984 2644 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.93■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 C11orf95-202ENST00000433688 5716 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC21.92■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 CCDC47-204ENST00000582252 1719 ntTSL 2 BASIC21.92■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 FANCE-201ENST00000229769 2554 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 NUDT14-202ENST00000392568 845 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 NDUFB2-207ENST00000465506 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 ETS1-201ENST00000319397 2231 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 PDLIM2-203ENST00000339162 2226 ntTSL 1 (best) BASIC21.92■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 ZNF511-202ENST00000361518 1520 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 MPST-205ENST00000404802 1453 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 MME-202ENST00000382989 1319 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 UBE2D3-201ENST00000321805 1087 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 TESC-201ENST00000335209 1041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 MPRIP-203ENST00000395806 527 ntTSL 3 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 ARHGAP24-206ENST00000503995 1273 ntTSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 AL137779.2-201ENST00000554859 448 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 AC137761.2-201ENST00000561729 223 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 AC145350.3-201ENST00000569033 163 ntBASIC21.91■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 ASPSCR1-211ENST00000581647 720 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 ZYX-201ENST00000322764 2493 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 MEIOB-202ENST00000397344 1792 ntTSL 5 BASIC21.91■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 TUBG1-201ENST00000251413 1611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.91■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 NT5C-201ENST00000245552 954 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 SMIM12-202ENST00000423898 897 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 AL691442.1-201ENST00000505139 1042 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 C11orf24-209ENST00000533310 980 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 SLC25A29-212ENST00000555927 960 ntTSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 GXYLT1P5-201ENST00000614548 1189 ntBASIC21.9■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 BIN1-210ENST00000393041 2272 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 MPND-202ENST00000359935 1475 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC21.9■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC21.9■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 ORAI3-204ENST00000566237 1393 ntTSL 5 BASIC21.89■■□□□ 1.1
HDDC3Q8N4P3 RASGRP2-209ENST00000394429 453 ntTSL 3 BASIC21.89■■□□□ 1.09
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.3 ms