Protein–RNA interactions for Protein: P18827

SDC1, Syndecan-1, humanhuman

Predictions only

Length 310 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SDC1P18827 TOX2-201ENST00000341197 1880 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.98■□□□□ 0.95
SDC1P18827 ZPBP2-201ENST00000348931 1543 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
SDC1P18827 SIRT7-201ENST00000328666 1743 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
SDC1P18827 MMEL1-206ENST00000502556 1943 ntTSL 1 (best) BASIC20.98■□□□□ 0.95
SDC1P18827 AC137767.1-201ENST00000602918 1920 ntBASIC20.98■□□□□ 0.95
SDC1P18827 RHOT1-205ENST00000545287 2516 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC20.98■□□□□ 0.95
SDC1P18827 GMPPB-202ENST00000308388 1582 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
SDC1P18827 KLC3-204ENST00000585434 1764 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
SDC1P18827 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
SDC1P18827 BARHL1-201ENST00000263610 2341 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
SDC1P18827 PYCARD-201ENST00000247470 990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
SDC1P18827 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
SDC1P18827 PRELID1-203ENST00000503216 1171 ntTSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
SDC1P18827 AL117209.1-201ENST00000560931 828 ntTSL 3 BASIC20.97■□□□□ 0.95
SDC1P18827 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
SDC1P18827 FAHD1-201ENST00000382666 1964 ntTSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
SDC1P18827 TMEM25-205ENST00000411589 2442 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC20.97■□□□□ 0.95
SDC1P18827 RNF149-201ENST00000295317 2458 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.97■□□□□ 0.95
SDC1P18827 PLPP5-203ENST00000424479 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
SDC1P18827 ORAI1-202ENST00000617316 2138 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
SDC1P18827 ZNF584-203ENST00000593920 2187 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
SDC1P18827 LTK-202ENST00000355166 2940 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
SDC1P18827 AL391650.1-201ENST00000448923 1468 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
SDC1P18827 LAYN-209ENST00000533265 1703 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
SDC1P18827 ACVRL1-201ENST00000388922 1971 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
SDC1P18827 U2AF2-202ENST00000450554 3022 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
SDC1P18827 SPSB3-208ENST00000566339 1784 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
SDC1P18827 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC20.96■□□□□ 0.95
SDC1P18827 TSPAN17-204ENST00000503045 1019 ntTSL 5 BASIC20.96■□□□□ 0.95
SDC1P18827 CERS5-201ENST00000317551 2051 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
SDC1P18827 HOXC8-201ENST00000040584 1889 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
SDC1P18827 RALGPS1-207ENST00000394022 1672 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
SDC1P18827 TMEM200B-202ENST00000521452 2501 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.96■□□□□ 0.95
SDC1P18827 SLC12A5-AS1-202ENST00000535913 1957 ntTSL 2 BASIC20.96■□□□□ 0.95
SDC1P18827 AKT2-234ENST00000579047 2029 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
SDC1P18827 SMOX-212ENST00000621355 2322 ntTSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
SDC1P18827 SLC35D3-201ENST00000331858 2359 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
SDC1P18827 MPST-202ENST00000397225 2116 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.95■□□□□ 0.94
SDC1P18827 MADCAM1-205ENST00000613880 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
SDC1P18827 SLC16A10-206ENST00000612036 1231 ntTSL 5 BASIC20.95■□□□□ 0.94
SDC1P18827 SLC4A3-203ENST00000358055 4454 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
SDC1P18827 NPY4R-201ENST00000374312 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
SDC1P18827 NPY4R2-201ENST00000576178 1956 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
SDC1P18827 POTED-202ENST00000620442 1988 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
SDC1P18827 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.95■□□□□ 0.94
SDC1P18827 IDH2-202ENST00000540499 1453 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
SDC1P18827 KREMEN2-203ENST00000571007 1877 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
SDC1P18827 DNAJC25-201ENST00000313525 2268 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SDC1P18827 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
SDC1P18827 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC20.94■□□□□ 0.94
SDC1P18827 OR2A1-AS1-204ENST00000470435 602 ntBASIC20.94■□□□□ 0.94
SDC1P18827 CHTF8-205ENST00000519520 856 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
SDC1P18827 RASGRP2-210ENST00000394430 2174 ntTSL 2 BASIC20.94■□□□□ 0.94
SDC1P18827 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SDC1P18827 TLX3-201ENST00000296921 1493 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SDC1P18827 HOXD4-201ENST00000306324 1464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SDC1P18827 VGLL3-201ENST00000383698 2475 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.94■□□□□ 0.94
SDC1P18827 GPR143-203ENST00000467482 1762 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SDC1P18827 RBM38-203ENST00000356208 2382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SDC1P18827 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SDC1P18827 RBMS1-205ENST00000409972 1815 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
SDC1P18827 CLYBL-202ENST00000376354 1127 ntTSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
SDC1P18827 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC20.93■□□□□ 0.94
SDC1P18827 HADH-201ENST00000309522 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SDC1P18827 DCTD-201ENST00000357067 1931 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SDC1P18827 TTC9-201ENST00000256367 5217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SDC1P18827 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SDC1P18827 ANKHD1-205ENST00000394723 2135 ntTSL 1 (best) BASIC20.93■□□□□ 0.94
SDC1P18827 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC20.93■□□□□ 0.94
SDC1P18827 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SDC1P18827 ZNF410-206ENST00000540593 1722 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
SDC1P18827 DUX4-203ENST00000565211 1710 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SDC1P18827 CDK5-204ENST00000485972 1758 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SDC1P18827 CNTD2-202ENST00000430325 1817 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
SDC1P18827 PSPH-202ENST00000395471 2178 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SDC1P18827 TSPAN17-207ENST00000508164 2457 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SDC1P18827 OIP5-AS1-208ENST00000560706 473 ntTSL 5 BASIC20.92■□□□□ 0.94
SDC1P18827 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC20.92■□□□□ 0.94
SDC1P18827 FAM19A5-202ENST00000358295 2638 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
SDC1P18827 ADGRA2-202ENST00000412232 5651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SDC1P18827 HNRNPAB-201ENST00000355836 1602 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SDC1P18827 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
SDC1P18827 ZSWIM7-201ENST00000399277 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SDC1P18827 AC133065.2-201ENST00000573379 2147 ntTSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
SDC1P18827 MANEAL-203ENST00000397631 2327 ntTSL 1 (best) BASIC20.92■□□□□ 0.94
SDC1P18827 ABCG4-204ENST00000615496 2459 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC20.92■□□□□ 0.94
SDC1P18827 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
SDC1P18827 PRPSAP2-201ENST00000268835 1910 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
SDC1P18827 IGFBP1-201ENST00000275525 1653 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
SDC1P18827 KRT16P3-201ENST00000439127 1283 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
SDC1P18827 HAGHL-212ENST00000564537 1667 ntTSL 2 BASIC20.91■□□□□ 0.94
SDC1P18827 AL499627.2-201ENST00000606283 725 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
SDC1P18827 NUDT18-201ENST00000611621 1497 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
SDC1P18827 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC20.91■□□□□ 0.94
SDC1P18827 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC20.91■□□□□ 0.94
SDC1P18827 KCNK15-201ENST00000372861 2599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.91■□□□□ 0.94
SDC1P18827 PLD4-201ENST00000392593 6515 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
SDC1P18827 TBC1D22A-206ENST00000407381 1949 ntTSL 5 BASIC20.9■□□□□ 0.94
SDC1P18827 AC090377.1-201ENST00000585691 1762 ntTSL 3 BASIC20.9■□□□□ 0.94
SDC1P18827 SDC3-202ENST00000339394 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC20.9■□□□□ 0.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 26.4 ms