Protein–RNA interactions for Protein: Q13263

TRIM28, Transcription intermediary factor 1-beta, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 835 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TRIM28Q13263 DUX4L8-201ENST00000629013 1275 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 DUX4L3-201ENST00000630187 1275 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 DUX4L7-201ENST00000630678 1275 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 DUX4L5-201ENST00000630834 1275 ntBASIC27.85■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 CEBPB-201ENST00000303004 1956 ntAPPRIS P1 BASIC27.85■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.85■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 TMEM230-205ENST00000379279 1636 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.85■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 NDUFAF1-201ENST00000260361 1461 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 AL355877.1-204ENST00000451482 1078 ntTSL 1 (best) BASIC27.84■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 ITGA9-AS1-210ENST00000457661 738 ntTSL 4 BASIC27.84■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 POLR2E-214ENST00000619917 932 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 MIR6084-201ENST00000622012 110 ntBASIC27.84■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 PEX11G-203ENST00000593942 1345 ntTSL 5 BASIC27.84■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 ZFAND2B-202ENST00000409097 1765 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 IMPA2-201ENST00000269159 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 FLOT1-201ENST00000376389 1912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 ACYP1-205ENST00000555463 789 ntTSL 2 BASIC27.83■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 SLC25A29-201ENST00000359232 2385 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 CDCP1-202ENST00000425231 1416 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.83■■■□□ 2.05
TRIM28Q13263 ZMYND11-210ENST00000403354 1664 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 GUK1-207ENST00000366726 873 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 TSPAN2-201ENST00000369515 793 ntTSL 3 BASIC27.82■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 AC108002.2-201ENST00000519782 340 ntTSL 4 BASIC27.82■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 AC061979.1-201ENST00000532061 434 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 AL831711.1-201ENST00000636824 569 ntTSL 4 BASIC27.82■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.82■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 CLN3-207ENST00000395653 1430 ntTSL 5 BASIC27.82■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 SH2D3A-202ENST00000437152 2013 ntTSL 2 BASIC27.82■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 MAPK8IP1P2-201ENST00000580257 1472 ntBASIC27.82■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 PRR25-201ENST00000301698 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 POLR2F-203ENST00000407936 582 ntTSL 3 BASIC27.81■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 GLI3-203ENST00000437480 451 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 POLR2F-207ENST00000460648 518 ntTSL 4 BASIC27.81■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 MIR222HG-201ENST00000602461 1379 ntTSL 5 BASIC27.81■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 TRIM14-202ENST00000342043 1479 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 AC096677.1-201ENST00000454651 1516 ntTSL 2 BASIC27.81■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 MRPS2-202ENST00000371785 1640 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.81■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 PARP9-207ENST00000492382 1837 ntTSL 1 (best) BASIC27.81■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 PHPT1-201ENST00000247665 890 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 CDKN2AIPNL-201ENST00000395009 800 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 AC068587.7-201ENST00000641602 218 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 ZNF517-207ENST00000531720 1615 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC27.8■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC27.8■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 AC099805.1-201ENST00000523987 1797 ntTSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.8■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC27.8■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 SPOCK3-222ENST00000512681 1457 ntTSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 STX18-205ENST00000505286 1380 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 UBE2J2-203ENST00000360466 1047 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.79■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 SLC25A45-206ENST00000526432 894 ntTSL 1 (best) BASIC27.79■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 TERF1P2-201ENST00000583350 1212 ntBASIC27.79■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 OAZ2-201ENST00000326005 1934 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.79■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 JAGN1-201ENST00000307768 1693 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 FAM185A-201ENST00000409231 1446 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.78■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 MPST-204ENST00000404393 1329 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 GSR-204ENST00000537535 1323 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 SPOCK2-203ENST00000412663 1284 ntTSL 5 BASIC27.78■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 KRT18P5-201ENST00000436075 1291 ntBASIC27.78■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 LINC02136-201ENST00000567469 530 ntTSL 4 BASIC27.78■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 LRRC37A17P-202ENST00000570478 572 ntTSL 4 BASIC27.78■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 ZNRF1-201ENST00000320619 2479 ntTSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 SLC25A39-201ENST00000225308 1607 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.78■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 OTUD5-203ENST00000396743 2682 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 CAPG-201ENST00000263867 1442 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC27.77■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 HOXD9-201ENST00000249499 1870 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 CCDC92B-201ENST00000575506 885 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 AL133516.1-201ENST00000633012 540 ntTSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 AC105233.4-201ENST00000642045 216 ntBASIC27.77■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 PTPN2-202ENST00000327283 1706 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 LYRM1-201ENST00000219168 1626 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.77■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 ZDHHC16-203ENST00000353979 1647 ntTSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.77■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 FBXL22-201ENST00000360587 1526 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.77■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 GALK1-201ENST00000225614 1445 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.04
TRIM28Q13263 MTX2-201ENST00000249442 1364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 FPGS-202ENST00000373228 1383 ntTSL 5 BASIC27.76■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 PLEKHF1-204ENST00000592810 1357 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 ID2-201ENST00000234091 2041 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 AP2S1-203ENST00000593442 636 ntTSL 2 BASIC27.76■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 UCHL5-201ENST00000367448 1534 ntTSL 1 (best) BASIC27.76■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 RARA-203ENST00000394086 2008 ntTSL 2 BASIC27.75■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 PRKCQ-AS1-202ENST00000445427 1133 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 MRM1-203ENST00000612760 1284 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 KCNMA1-224ENST00000618048 1269 ntTSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 EGR4-201ENST00000436467 2377 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.75■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 LINC02228-203ENST00000641970 1355 ntBASIC27.74■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 RCC2-201ENST00000375433 2030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 SPON2-222ENST00000617421 2156 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 WT1-210ENST00000639563 1494 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.74■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 R3HDM4-201ENST00000361574 1815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.74■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 EI24-211ENST00000534546 1544 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 TBR1-202ENST00000410035 1454 ntTSL 2 BASIC27.73■■■□□ 2.03
TRIM28Q13263 LY6E-201ENST00000292494 1181 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.73■■■□□ 2.03
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