Protein–RNA interactions for Protein: Q9UBR4

LHX3, LIM/homeobox protein Lhx3, humanhuman

Predictions only

Length 397 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LHX3Q9UBR4 C3orf58-207ENST00000495414 1876 ntTSL 2 BASIC22.53■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC22.53■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 BRD3-202ENST00000371834 2529 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 SLC22A17-201ENST00000206544 2284 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 PRSS22-201ENST00000161006 1386 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 PLPP1-201ENST00000264775 1550 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 SERGEF-219ENST00000532265 1124 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 BAG1-212ENST00000641048 1038 ntAPPRIS P3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 ATAD3B-201ENST00000308647 2448 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 LDB1-201ENST00000361198 2285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 NKIRAS2-204ENST00000393880 1644 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 PCYT2-201ENST00000331285 2147 ntTSL 2 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 ERF-201ENST00000222329 2698 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 SPAG7-205ENST00000573366 1668 ntTSL 3 BASIC22.52■■□□□ 1.2
LHX3Q9UBR4 GET4-201ENST00000265857 2090 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 AL121749.1-201ENST00000635993 1768 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 TMEM150C-201ENST00000449862 1990 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 FAM66C-205ENST00000456135 1216 ntTSL 5 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 FAM174B-207ENST00000555748 866 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 D2HGDH-203ENST00000403782 2208 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 AP002761.3-201ENST00000546324 1695 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 ACP4-201ENST00000270593 1347 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 FBXW4-201ENST00000331272 2483 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 CCDC151-203ENST00000591179 1943 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 AF117829.1-201ENST00000519655 1398 ntTSL 5 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 SRPK3-203ENST00000370104 1753 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 ARMC10-204ENST00000425331 2443 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 RBPMS2-201ENST00000300069 2008 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 NIPA2-205ENST00000539711 1412 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 ABHD16B-201ENST00000369916 1491 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 EDA-201ENST00000338901 1233 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 C15orf61-202ENST00000557807 769 ntTSL 2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC22.5■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 CBWD5-207ENST00000382405 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 MVD-201ENST00000301012 1823 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 NFKBID-201ENST00000396901 1834 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 NFKBID-211ENST00000641389 1834 ntAPPRIS ALT2 BASIC22.5■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 MTMR14-206ENST00000420925 1427 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 VPS53-211ENST00000571805 2356 ntTSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 NUDT16L1-204ENST00000586536 1406 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 HSPBP1-206ENST00000587922 1449 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 NFE2L3P1-201ENST00000588207 1959 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 ASPSCR1-208ENST00000580534 1776 ntTSL 2 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 SNUPN-201ENST00000308588 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 UBA5-208ENST00000473651 1513 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 GRAMD4P4-201ENST00000613563 1115 ntBASIC22.49■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 CORO1A-201ENST00000219150 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 SPINT2-201ENST00000301244 1802 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 BTBD17-201ENST00000375366 1805 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 FAM136A-201ENST00000037869 1810 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 PRSS29P-202ENST00000568091 1864 ntTSL 5 BASIC22.49■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 C1orf122-202ENST00000373043 2229 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 ST3GAL4-202ENST00000356132 1745 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 SCAND1-202ENST00000373991 1727 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 H1FX-201ENST00000333762 1507 ntAPPRIS P1 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 SIAH2-201ENST00000312960 2517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 AP001330.3-201ENST00000520123 633 ntBASIC22.48■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 CBWD3-212ENST00000616550 721 ntTSL 2 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 CBWD6-216ENST00000617933 721 ntTSL 3 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 IL15RA-204ENST00000379977 1626 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 PCDH1-204ENST00000503492 2373 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 MESP2-201ENST00000341735 1552 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 EN1-201ENST00000295206 2457 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 CTBP1-203ENST00000382952 2467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 MAP2K5-204ENST00000395476 1689 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 SNX3-202ENST00000349379 890 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 SUDS3P1-201ENST00000505831 966 ntBASIC22.47■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 AC009097.2-201ENST00000562763 465 ntTSL 2 BASIC22.47■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 DLL3-201ENST00000205143 2332 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 KCNS1-202ENST00000537075 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 AC004687.1-201ENST00000579003 1625 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 CTU2-201ENST00000312060 1672 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 CAMTA1-208ENST00000473578 567 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 AF213884.3-201ENST00000563833 479 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 AL355001.2-201ENST00000620617 1191 ntBASIC22.46■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 SMAD1-201ENST00000302085 1966 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 GBX2-201ENST00000306318 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 SYT8-201ENST00000341958 1556 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 C21orf2-203ENST00000397956 1634 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 FJX1-201ENST00000317811 2450 ntAPPRIS P1 BASIC22.46■■□□□ 1.19
LHX3Q9UBR4 IRX5-201ENST00000320990 2061 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 RASSF5-202ENST00000579436 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 FGF8-204ENST00000347978 823 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 SLC47A1P1-202ENST00000449666 945 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 SCO2-204ENST00000543927 1051 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 C17orf74-202ENST00000574034 1287 ntTSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 AC010525.1-201ENST00000585559 441 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 UQCR11-202ENST00000589880 504 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 CFP-202ENST00000377005 1435 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 GLT8D2-205ENST00000548660 1835 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 AMZ2-202ENST00000359904 2402 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.45■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 ARMC10-208ENST00000441711 2524 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 LKAAEAR1-201ENST00000302096 761 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.44■■□□□ 1.18
LHX3Q9UBR4 LKAAEAR1-202ENST00000308906 868 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 113.7 ms