Protein–RNA interactions for Protein: P55347

PKNOX1, Homeobox protein PKNOX1, humanhuman

Predictions only

Length 436 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PKNOX1P55347 MADCAM1-210ENST00000622462 1461 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.09■■□□□ 1.13
PKNOX1P55347 PFKFB3-201ENST00000317350 1999 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PKNOX1P55347 CITED4-201ENST00000372638 1316 ntAPPRIS P1 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PKNOX1P55347 AKT1S1-204ENST00000391832 1911 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PKNOX1P55347 SPANXA2-OT1-201ENST00000622372 1686 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PKNOX1P55347 DUSP8P3-201ENST00000399571 1760 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
PKNOX1P55347 C5orf49-201ENST00000399810 2385 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PKNOX1P55347 YWHAZ-205ENST00000395956 2974 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PKNOX1P55347 LBH-205ENST00000407930 756 ntTSL 2 BASIC22.08■■□□□ 1.13
PKNOX1P55347 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC22.08■■□□□ 1.13
PKNOX1P55347 PRODH-203ENST00000357068 2462 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.13
PKNOX1P55347 WRNIP1-204ENST00000380773 2670 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 PITX1-201ENST00000265340 2406 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 PRKAR1B-211ENST00000537384 2533 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 ZNF668-205ENST00000426488 2282 ntTSL 5 BASIC22.08■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 NEURL4-201ENST00000315614 5182 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.08■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 PON2-218ENST00000633531 1653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 USP36-218ENST00000590546 1771 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 EVX1-201ENST00000222761 1500 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 CRTC2-203ENST00000368633 2644 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 LINC00092-201ENST00000412122 1726 ntTSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC22.07■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 EPHA10-211ENST00000540011 720 ntTSL 5 BASIC22.07■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 POLDIP2-201ENST00000540200 2121 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.07■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 MED25-211ENST00000617849 1548 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 KCNQ5-208ENST00000414165 6236 ntTSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 FAM129C-211ENST00000600871 1822 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 AMER2-202ENST00000515384 3197 ntAPPRIS P1 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 ZNF213-208ENST00000576416 2240 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 H2AFY-204ENST00000423969 924 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 CT47A7-201ENST00000434883 1288 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 AC092807.3-205ENST00000467666 531 ntTSL 3 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.06■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 FAM83D-202ENST00000619850 2361 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 PDLIM2-202ENST00000308354 2236 ntTSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 CNPY3-201ENST00000372836 1704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.06■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 CCDC92-209ENST00000545891 1790 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.05■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 RAB11FIP3-201ENST00000262305 4831 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 SNRNP70-206ENST00000598441 1574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 KRT18P24-201ENST00000344739 1156 ntBASIC22.05■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 B3GAT3-201ENST00000265471 1641 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 AC073188.6-202ENST00000616616 2281 ntTSL 1 (best) BASIC22.05■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 ARL2BP-201ENST00000219204 2130 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 ZFYVE19-201ENST00000299173 1555 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 IKBIP-202ENST00000342502 1645 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 IRF3-227ENST00000600911 1637 ntTSL 5 BASIC22.04■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 KAT5-201ENST00000341318 2296 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 C19orf12-204ENST00000392276 1912 ntTSL 1 (best) BASIC22.04■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 TBX1-202ENST00000332710 2084 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 WRNIP1-203ENST00000380771 2595 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 KCNIP2-206ENST00000356640 1989 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 UBTF-213ENST00000533177 3011 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC22.03■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 NOX4-204ENST00000393282 560 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 NDUFA10-204ENST00000407129 699 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 CLIC3-203ENST00000494426 1017 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 THA1P-201ENST00000590384 1145 ntBASIC22.03■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 NKIRAS2-206ENST00000393885 1909 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 SMARCD2-201ENST00000225742 1800 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 PTOV1-220ENST00000601675 1587 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 TBC1D22A-202ENST00000355704 1886 ntTSL 1 (best) BASIC22.03■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 DIXDC1-205ENST00000529225 1945 ntTSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 IGF2-AS-201ENST00000381361 2063 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 UFD1-201ENST00000263202 1814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 NKX6-2-201ENST00000368592 2673 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 C2orf72-201ENST00000373640 3657 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 MIR4281-201ENST00000580852 62 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC22.02■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.02■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 CACNA1H-210ENST00000638323 8048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.02■■□□□ 1.12
PKNOX1P55347 IQSEC3-201ENST00000382841 2701 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 OLIG2-202ENST00000382357 2578 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 IKZF1-207ENST00000413698 1808 ntTSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 AF131216.4-201ENST00000638924 1588 ntBASIC22.01■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.01■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 CIDEB-201ENST00000258807 2294 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 HOMER3-204ENST00000539827 1979 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.01■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 EID2B-201ENST00000326282 1865 ntAPPRIS P1 BASIC22■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 ADORA2B-201ENST00000304222 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 ROGDI-201ENST00000322048 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 C7orf26-202ENST00000359073 1762 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 GPR161-203ENST00000367836 1983 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 CDKN2A-214ENST00000579755 1283 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 ANXA8-204ENST00000583911 1874 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 C1orf229-201ENST00000623686 2258 ntBASIC22■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 TERT-206ENST00000508104 2486 ntTSL 5 BASIC22■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 LHPP-201ENST00000368839 1522 ntTSL 1 (best) BASIC22■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 H19-210ENST00000439725 1929 ntTSL 2 BASIC22■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 FRAT1-201ENST00000371021 2649 ntAPPRIS P1 BASIC21.99■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 TRIM3-201ENST00000345851 2879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
PKNOX1P55347 ZKSCAN7-206ENST00000431636 1692 ntTSL 1 (best) BASIC21.99■■□□□ 1.11
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 48.5 ms