Protein–RNA interactions for Protein: Q8N8U3

RTL3, Retrotransposon Gag-like protein 3, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 475 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RTL3Q8N8U3 NECTIN2-202ENST00000252485 2112 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 PTH1R-201ENST00000313049 2123 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 DVL1-201ENST00000378888 3239 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 CBWD3-213ENST00000618217 1611 ntTSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 AK8-201ENST00000298545 2072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 NR2F6-201ENST00000291442 2404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.32■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 ZDHHC20-203ENST00000400590 1869 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.32■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 VSTM4-201ENST00000298454 2170 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 C1QTNF1-207ENST00000580454 1396 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 AL117348.2-201ENST00000432920 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.31■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 SPAG16-201ENST00000272898 1059 ntTSL 5 BASIC23.31■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 MOSPD3-204ENST00000424091 1115 ntTSL 1 (best) BASIC23.31■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 TTLL1-201ENST00000266254 1645 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 THRA-202ENST00000394121 2260 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 KCTD15-207ENST00000589786 1625 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 ADRM1-205ENST00000620230 1361 ntTSL 5 BASIC23.3■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 DHH-201ENST00000266991 1936 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 MID1IP1-203ENST00000457894 1902 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC23.3■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 AC004540.2-202ENST00000451264 508 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 PRSS21-201ENST00000005995 1101 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 AL117332.1-201ENST00000622628 974 ntBASIC23.3■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 PKM-204ENST00000449901 2526 ntTSL 2 BASIC23.3■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 GJD4-201ENST00000321660 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 P4HA3-201ENST00000331597 2274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 UROS-204ENST00000368797 1313 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.3■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 FZD9-201ENST00000344575 2338 ntAPPRIS P1 BASIC23.3■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 TMED4-205ENST00000481238 1755 ntTSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC23.29■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 CAMK2N1-201ENST00000375078 2336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 LRRC34-206ENST00000522526 1899 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 SLC25A39-203ENST00000537904 1274 ntTSL 2 BASIC23.29■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 GATS-205ENST00000436886 2726 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.29■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 SPG21-202ENST00000416889 1533 ntTSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 LSR-201ENST00000347609 1880 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 LSR-213ENST00000605618 1885 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 CRYAA-201ENST00000291554 1139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 MIR3621-201ENST00000580529 85 ntBASIC23.28■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 ZFP91-CNTF-201ENST00000389919 2319 ntAPPRIS P5 TSL 2 BASIC23.28■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 PREB-201ENST00000260643 2166 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.28■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 PTH1R-202ENST00000418619 2070 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.28■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 ACAA1-219ENST00000625927 1760 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 SETD9-201ENST00000285947 1619 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 AK3-203ENST00000447596 705 ntTSL 2 BASIC23.27■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 ERRFI1-204ENST00000474874 479 ntTSL 3 BASIC23.27■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 TCEA1-214ENST00000640382 1234 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 NIPSNAP2-201ENST00000322090 1999 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 SPEF1-201ENST00000379756 1580 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.27■■□□□ 1.32
RTL3Q8N8U3 PLPP2-202ENST00000327790 1397 ntTSL 5 BASIC23.27■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 AC136475.3-202ENST00000534742 812 ntTSL 2 BASIC23.26■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 AL356740.2-201ENST00000601559 647 ntBASIC23.26■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC23.26■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 HMGA2-206ENST00000536545 1788 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 HES5-201ENST00000378453 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 RNF19B-202ENST00000356990 2598 ntTSL 1 (best) BASIC23.26■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 PXK-202ENST00000356151 2037 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 CHKB-AS1-201ENST00000380711 578 ntTSL 2 BASIC23.25■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 IRF3-228ENST00000601291 1556 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 TMSB15B-202ENST00000436583 2186 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 CA9-204ENST00000617161 1374 ntTSL 1 (best) BASIC23.25■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 AC096541.1-201ENST00000445070 1807 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 DYRK3-203ENST00000367109 2163 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 CRIM1-201ENST00000280527 5912 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 JAG2-202ENST00000347004 5720 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 GPX4-213ENST00000622390 1002 ntTSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 OSCAR-209ENST00000616215 2016 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.24■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 GRK4-202ENST00000398051 2068 ntTSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 RAX2-202ENST00000555978 2145 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.24■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 LINC01116-201ENST00000295549 1407 ntTSL 2 BASIC23.24■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 SEPT4-205ENST00000426861 1906 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 TMEM102-201ENST00000323206 1973 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 TMEM102-202ENST00000396568 1962 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 AC064853.3-201ENST00000641801 1658 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 MYBL1-201ENST00000517885 1714 ntTSL 5 BASIC23.23■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 EPDR1-202ENST00000423717 638 ntTSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 RNF225-201ENST00000601382 990 ntAPPRIS P1 BASIC23.23■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 PYCR1-203ENST00000402252 1346 ntTSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 C20orf27-202ENST00000379772 1886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 ARF1-213ENST00000540651 1972 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.23■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 TADA2B-201ENST00000310074 4350 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 TMEM44-202ENST00000347147 2245 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.23■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 RNPEP-202ENST00000367286 2282 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 SNUPN-207ENST00000567134 1641 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 ENTPD4-201ENST00000356206 2097 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 ENTPD4-203ENST00000417069 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 CDKN2A-207ENST00000497750 565 ntTSL 4 BASIC23.22■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 TRAF7-203ENST00000565383 799 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 CDKN2A-212ENST00000578845 678 ntTSL 2 BASIC23.22■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 AL117336.3-202ENST00000605499 489 ntTSL 3 BASIC23.22■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 NBPF26-209ENST00000624419 1133 ntTSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 DTNB-206ENST00000404103 2384 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.22■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 AMZ2-219ENST00000612294 1498 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 PLPP1-202ENST00000307259 1597 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 DXO-201ENST00000337523 1628 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
RTL3Q8N8U3 ADARB2-202ENST00000381310 1810 ntTSL 1 (best) BASIC23.22■■□□□ 1.31
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 29.3 ms